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- EMDB-23110: Cryo-EM structure of S. Pombe NatC complex with a Bisubstrate inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23110
タイトルCryo-EM structure of S. Pombe NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
マップデータNatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
試料
  • 複合体: heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
    • 複合体: N-alpha-acetyltransferase NatC, catalytic subunit NAA30, auxiliary subunits NAA35 and NAA38
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 30
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit
    • 複合体: CoA-Ac-MLGP bi-substrate
      • タンパク質・ペプチド: MLGP peptide
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: CARBOXYMETHYL COENZYME *A
キーワードNatB / NAA20 / NAA25 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatC / NatC complex / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / inositol hexakisphosphate binding / protein maturation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
LSM domain containing 1 / -alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit / N-alpha-acetyltransferase 30-like / Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase / : / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. ...LSM domain containing 1 / -alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit / N-alpha-acetyltransferase 30-like / Mak10 subunit, NatC N(alpha)-terminal acetyltransferase / : / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit / N-alpha-acetyltransferase 30 / N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Deng S / Marmorstein R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118090 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism of N-terminal acetylation by the ternary NatC complex.
著者: Sunbin Deng / Leah Gottlieb / Buyan Pan / Julianna Supplee / Xuepeng Wei / E James Petersson / Ronen Marmorstein /
要旨: Protein N-terminal acetylation is predominantly a ribosome-associated modification, with NatA-E serving as the major enzymes. NatC is the most unusual of these enzymes, containing one Naa30 catalytic ...Protein N-terminal acetylation is predominantly a ribosome-associated modification, with NatA-E serving as the major enzymes. NatC is the most unusual of these enzymes, containing one Naa30 catalytic subunit and two auxiliary subunits, Naa35 and Naa38; and substrate selectivity profile that overlaps with NatE. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of S. pombe NatC with a NatE/C-type bisubstrate analog and inositol hexaphosphate (IP), and associated biochemistry studies. We find that the presence of three subunits is a prerequisite for normal NatC acetylation activity in yeast and that IP binds tightly to NatC to stabilize the complex. We also describe the molecular basis for IP-mediated NatC complex stabilization and the overlapping yet distinct substrate profiles of NatC and NatE.
履歴
登録2020年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l1k
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å		0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å		0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.252 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-1.4852304 - 2.416325
平均 (標準偏差)0.0013826761 (±0.11161481)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-1.4852.4160.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23110_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate

ファイルemd_23110_half_map_1.map
注釈NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate

ファイルemd_23110_half_map_2.map
注釈NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor a...

全体名称: heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
要素
  • 複合体: heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
    • 複合体: N-alpha-acetyltransferase NatC, catalytic subunit NAA30, auxiliary subunits NAA35 and NAA38
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 30
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit
      • タンパク質・ペプチド: N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit
    • 複合体: CoA-Ac-MLGP bi-substrate
      • タンパク質・ペプチド: MLGP peptide
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: CARBOXYMETHYL COENZYME *A

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超分子 #1: heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor a...

超分子名称: heterotimeric S.pombe NatC complex with a bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: N-alpha-acetyltransferase NatC, catalytic subunit NAA30, auxiliar...

超分子名称: N-alpha-acetyltransferase NatC, catalytic subunit NAA30, auxiliary subunits NAA35 and NAA38
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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超分子 #3: CoA-Ac-MLGP bi-substrate

超分子名称: CoA-Ac-MLGP bi-substrate / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

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分子 #1: N-alpha-acetyltransferase 30

分子名称: N-alpha-acetyltransferase 30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatC
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 17.72135 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVTIVPYSHQ YLKDICQLIQ KDLSEPYSKY VYRYFVHQWP EFSFVALDND RFIGAVICKQ DVHRGTTLRG YIAMLAIVKE YRGQGIATK LTQASLDVMK NRGAQEIVLE TEVDNEAAMS FYERLGFCRY KRLYRYYLNG TDAFRYILYP N

UniProtKB: N-alpha-acetyltransferase 30

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分子 #2: N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit

分子名称: N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 80.541312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSVKESLSLL NSMQGNVKIG NVEPAKGNEG YVDNAGYVDC TKSYFEATKS LKEEQLVCDP KFTLLDSISA FEIMEPKMDS GIDYQPLRV DFSRDLSYLE ILALMDLIVS AEKEWHYGSP LSESLLCSAH VFSICKSPIS QVGDSGFSSG SGRNTTDIVL F PFVLAVIK ...文字列:
MSVKESLSLL NSMQGNVKIG NVEPAKGNEG YVDNAGYVDC TKSYFEATKS LKEEQLVCDP KFTLLDSISA FEIMEPKMDS GIDYQPLRV DFSRDLSYLE ILALMDLIVS AEKEWHYGSP LSESLLCSAH VFSICKSPIS QVGDSGFSSG SGRNTTDIVL F PFVLAVIK CCDIVHREFL MGNLYDEEDI SSFSYHMSFL QNYPIEKLNY LLQSSIEYLA SEVIKFSAEL RQIIEGILNR IQ LRIGILR VYERSDIKTT IDALHLIKNL VPEIQNTVSV VDSSIKESIL KQYWDFRVQA QLVATAPVRN IPPTGIEHSY QRI LYFADD MLLILNSHTL ASSLAVYQFC LDFTRLNRTP EPYVRSSLQA LITANNAVNL RDQPTSYMLE CIREFSGLPS NFYN PNTRT VIEKNSISSA YGPLVESLIA HSTNIMVDLV RICSHNPCRF RRNLINLLPE ITVAHFEAEA LDLKFVAKSL PSNGP FSSF IYHVKLNAIE HILLSSFEQK LHQPYQWPHF FAVLDHVFSI HQTHLELHGK DRNTPPMAKT FVTYLHRILN AIKETY SGY LLLTVLCMRL NIIKTPSFTL DEKIQESYYM AHYRPLINLR QPKPLLRSEA DCIIKNLQNF STDDLIIKSN EKFTAAK NS LINVIKSGFE QNEFINPYFL QTNYLKNLLC CCITNLVSLA ILSKDHSANL KIVEIPGNPL PSLSRT

UniProtKB: N-alpha-acetyltransferase 35, NatC auxiliary subunit

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分子 #3: N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit

分子名称: N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 13.258555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALHYFLQYD VQILCIALMF SIFRVCISTA IDFTSPKLDE FSLIMEMGEI LLTSWLNRSV HIEIFDERKF IGKFLCTDRE GAAILSNTT EYNKGFSRAL GLVVIPGKHI KSFSVRA

UniProtKB: N-alpha-acetyltransferase 38, NatC auxiliary subunit

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分子 #4: MLGP peptide

分子名称: MLGP peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 416.535 Da
配列文字列:
MLGP

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分子 #5: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #6: CARBOXYMETHYL COENZYME *A

分子名称: CARBOXYMETHYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CMC
分子量理論値: 825.57 Da
Chemical component information

ChemComp-CMC:
CARBOXYMETHYL COENZYME *A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium cloride
25.0 mMHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
1.0 mMDTTDithiothreitol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 1.6 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
詳細5397 images
粒子像選択選択した数: 3289528
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2) / 使用した粒子像数: 607131
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7l1k:
Cryo-EM structure of S. Pombe NatC complex with a Bisubstrate inhibitor and inositol hexaphosphate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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