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- EMDB-23052: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23052 | |||||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine | |||||||||
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![]() | Pathogen / small ribosomal subunit / spermidine / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
![]() | Belinite M / Khusainov I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stabilization of Ribosomal RNA of the Small Subunit by Spermidine in . 著者: Margarita Belinite / Iskander Khusainov / Heddy Soufari / Stefano Marzi / Pascale Romby / Marat Yusupov / Yaser Hashem / ![]() ![]() 要旨: Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution ...Cryo-electron microscopy is now used as a method of choice in structural biology for studying protein synthesis, a process mediated by the ribosome machinery. In order to achieve high-resolution structures using this approach, one needs to obtain homogeneous and stable samples, which requires optimization of ribosome purification in a species-dependent manner. This is especially critical for the bacterial small ribosomal subunit that tends to be unstable in the absence of ligands. Here, we report a protocol for purification of stable 30 S from the Gram-positive bacterium and its cryo-EM structures: in presence of spermidine at a resolution ranging between 3.4 and 3.6 Å and in its absence at 5.3 Å. Using biochemical characterization and cryo-EM, we demonstrate the importance of spermidine for stabilization of the 30 S preserving favorable conformation of the helix 44. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 70.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31.2 KB 31.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 562 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 561.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
+超分子 #1: Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine
+分子 #1: mRNA
+分子 #2: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 30S ribosomal protein S2
+分子 #4: 30S ribosomal protein S3
+分子 #5: 30S ribosomal protein S4
+分子 #6: 30S ribosomal protein S5
+分子 #7: 30S ribosomal protein S6
+分子 #8: 30S ribosomal protein S7
+分子 #9: 30S ribosomal protein S8
+分子 #10: 30S ribosomal protein S9
+分子 #11: 30S ribosomal protein S10
+分子 #12: 30S ribosomal protein S11
+分子 #13: 30S ribosomal protein S12
+分子 #14: 30S ribosomal protein S13
+分子 #15: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #16: 30S ribosomal protein S15
+分子 #17: 30S ribosomal protein S16
+分子 #18: 30S ribosomal protein S17
+分子 #19: 30S ribosomal protein S18
+分子 #20: 30S ribosomal protein S19
+分子 #21: 30S ribosomal protein S20
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 529602 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |