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万見
- EMDB-22803: Cryo-EM 3D map of the Saccharomyces cerevisiae replicative polyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22803
タイトルCryo-EM 3D map of the Saccharomyces cerevisiae replicative polymerase delta in complex with a primer/template and the PCNA clamp
マップデータReplicative polymerase delta in complex with a primer/template and the PCNA clamp
試料
  • 複合体: Pol delta-PCNA-DNA
    • 複合体: dsDNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
      • DNA: DNA (25-MER)
    • 複合体: Proteins
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: POL31 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: POL32 isoform 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate ...delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / DNA replication, removal of RNA primer / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / DNA replication proofreading / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / DNA strand elongation involved in DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / molecular adaptor activity / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / : ...DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / : / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / : / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BJ4_G0010060.mRNA.1.CDS.1 / POL31 isoform 1 / DNA polymerase / Proliferating cell nuclear antigen / DNA polymerase delta catalytic subunit / Proliferating cell nuclear antigen / DNA polymerase delta small subunit / DNA polymerase delta subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zheng F / Georgescu R / Li H / O'Donnell ME
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of eukaryotic DNA polymerase δ bound to the PCNA clamp while encircling DNA.
著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
要旨: The DNA polymerase (Pol) δ of (S.c.) is composed of the catalytic subunit Pol3 along with two regulatory subunits, Pol31 and Pol32. Pol δ binds to proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and ...The DNA polymerase (Pol) δ of (S.c.) is composed of the catalytic subunit Pol3 along with two regulatory subunits, Pol31 and Pol32. Pol δ binds to proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and functions in genome replication, repair, and recombination. Unique among DNA polymerases, the Pol3 catalytic subunit contains a 4Fe-4S cluster that may sense the cellular redox state. Here we report the 3.2-Å cryo-EM structure of S.c. Pol δ in complex with primed DNA, an incoming ddTTP, and the PCNA clamp. Unexpectedly, Pol δ binds only one subunit of the PCNA trimer. This singular yet extensive interaction holds DNA such that the 2-nm-wide DNA threads through the center of the 3-nm interior channel of the clamp without directly contacting the protein. Thus, a water-mediated clamp and DNA interface enables the PCNA clamp to "waterskate" along the duplex with minimum drag. Pol31 and Pol32 are positioned off to the side of the catalytic Pol3-PCNA-DNA axis. We show here that Pol31-Pol32 binds single-stranded DNA that we propose underlies polymerase recycling during lagging strand synthesis, in analogy to replicase. Interestingly, the 4Fe-4S cluster in the C-terminal CysB domain of Pol3 forms the central interface to Pol31-Pol32, and this strategic location may explain the regulation of the oxidation state on Pol δ activity, possibly useful during cellular oxidative stress. Importantly, human cancer and other disease mutations map to nearly every domain of Pol3, suggesting that all aspects of Pol δ replication are important to human health and disease.
履歴
登録2020年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kc0
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22803.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Replicative polymerase delta in complex with a primer/template and the PCNA clamp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 346.92 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 346.92 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 346.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.44814953 - 1.967878
平均 (標準偏差)0.00042513688 (±0.032276735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 346.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z346.920346.920346.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.4481.9680.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pol delta-PCNA-DNA

全体名称: Pol delta-PCNA-DNA
要素
  • 複合体: Pol delta-PCNA-DNA
    • 複合体: dsDNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
      • DNA: DNA (25-MER)
    • 複合体: Proteins
      • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: POL31 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: POL32 isoform 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Pol delta-PCNA-DNA

超分子名称: Pol delta-PCNA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: dsDNA

超分子名称: dsDNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: Proteins

超分子名称: Proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.681985 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #2: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.677539 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)

+
分子 #3: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.944051 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLEAKFEEAS LFKRIIDGFK DCVQLVNFQC KEDGIIAQAV DDSRVLLVSL EIGVEAFQEY RCDHPVTLGM DLTSLSKILR CGNNTDTLT LIADNTPDSI ILLFEDTKKD RIAEYSLKLM DIDADFLKIE ELQYDSTLSL PSSEFSKIVR DLSQLSDSIN I MITKETIK ...文字列:
MLEAKFEEAS LFKRIIDGFK DCVQLVNFQC KEDGIIAQAV DDSRVLLVSL EIGVEAFQEY RCDHPVTLGM DLTSLSKILR CGNNTDTLT LIADNTPDSI ILLFEDTKKD RIAEYSLKLM DIDADFLKIE ELQYDSTLSL PSSEFSKIVR DLSQLSDSIN I MITKETIK FVADGDIGSG SVIIKPFVDM EHPETSIKLE MDQPVDLTFG AKYLLDIIKG SSLSDRVGIR LSSEAPALFQ FD LKSGFLQ FFLAPKFNDE E

+
分子 #4: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 124.707359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEKRSLPMV DVKIDDEDTP QLEKKIKRQS IDHGVGSEPV STIEIIPSDS FRKYNSQGFK AKDTDLMGTQ LESTFEQELS QMEHDMADQ EEHDLSSFER KKLPTDFDPS LYDISFQQID AEQSVLNGIK DENTSTVVRF FGVTSEGHSV LCNVTGFKNY L YVPAPNSS ...文字列:
MSEKRSLPMV DVKIDDEDTP QLEKKIKRQS IDHGVGSEPV STIEIIPSDS FRKYNSQGFK AKDTDLMGTQ LESTFEQELS QMEHDMADQ EEHDLSSFER KKLPTDFDPS LYDISFQQID AEQSVLNGIK DENTSTVVRF FGVTSEGHSV LCNVTGFKNY L YVPAPNSS DANDQEQINK FVHYLNETFD HAIDSIEVVS KQSIWGYSGD TKLPFWKIYV TYPHMVNKLR TAFERGHLSF NS WFSNGTT TYDNIAYTLR LMVDCGIVGM SWITLPKGKY SMIEPNNRVS SCQLEVSINY RNLIAHPAEG DWSHTAPLRI MSF SISCAG RIGVFPEPEY DPVIQIANVV SIAGAKKPFI RNVFTLNTCS PITGSMIFSH ATEEEMLSNW RNFIIKVDPD VIIG YNTTN FDIPYLLNRA KALKVNDFPY FGRLKTVKQE IKESVFSSKA YGTRETKNVN IDGRLQLDLL QFIQREYKLR SYTLN AVSA HFLGEQKEDV HYSIISDLQN GDSETRRRLA VYCLKDAYLP LRLMEKLMAL VNYTEMARVT GVPFSYLLAR GQQIKV VSQ LFRKCLEIDT VIPNMQSQAS DDQYEGATVI EPIRGYYDVP IATLDFNSLY PSIMMAHNLC YTTLCNKATV ERLNLKI DE DYVITPNGDY FVTTKRRRGI LPIILDELIS ARKRAKKDLR DEKDPFKRDV LNGRQLALKI SANSVYGFTG ATVGKLPC L AISSSVTAYG RTMILKTKTA VQEKYCIKNG YKHDAVVVYG DTDSVMVKFG TTDLKEAMDL GTEAAKYVST LFKHPINLE FEKAYFPYLL INKKRYAGLF WTNPDKFDKL DQKGLASVRR DSCSLVSIVM NKVLKKILIE RNVDGALAFV RETINDILHN RVDISKLII SKTLAPNYTN PQPHAVLAER MKRREGVGPN VGDRVDYVII GGNDKLYNRA EDPLFVLENN IQVDSRYYLT N QLQNPIIS IVAPIIGDKQ ANGMFVVKSI KINTGSQKGG LMSFIKKVEA CKSCKGPLRK GEGPLCSNCL ARSGELYIKA LY DVRDLEE KYSRLWTQCQ RCAGNLHSEV LCSNKNCDIF YMRVKVKKEL QEKVEQLSKW

+
分子 #5: POL31 isoform 1

分子名称: POL31 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.352688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDALLTKFNE DRSLQDENLS QPRTRVRIVD DNLYNKSNPF QLCYKKRDYG SQYYHIYQYR LKTFRERVLK ECDKRWDAGF TLNGQLVLK KDKVLDIQGN QPCWCVGSIY CEMKYKPNVL DEVINDTYGA PDLTKSYTDK EGGSDEIMLE DESGRVLLVG D FIRSTPFI ...文字列:
MDALLTKFNE DRSLQDENLS QPRTRVRIVD DNLYNKSNPF QLCYKKRDYG SQYYHIYQYR LKTFRERVLK ECDKRWDAGF TLNGQLVLK KDKVLDIQGN QPCWCVGSIY CEMKYKPNVL DEVINDTYGA PDLTKSYTDK EGGSDEIMLE DESGRVLLVG D FIRSTPFI TGVVVGILGM EAEAGTFQVL DICYPTPLPQ NPFPAPIATC PTRGKIALVS GLNLNNTSPD RLLRLEILRE FL MGRINNK IDDISLIGRL LICGNSVDFD IKSVNKDELM ISLTEFSKFL HNILPSISVD IMPGTNDPSD KSLPQQPFHK SLF DKSLES YFNGSNKEIL NLVTNPYEFS YNGVDVLAVS GKNINDICKY VIPSNDNGES ENKVEEGESN DFKDDIEHRL DLME CTMKW QNIAPTAPDT LWCYPYTDKD PFVLDKWPHV YIVANQPYFG TRVVEIGGKN IKIISVPEFS STGMIILLDL ETLEA ETVK IDI

+
分子 #6: POL32 isoform 1

分子名称: POL32 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 40.377715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL ...文字列:
MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL LAKMKKDRDD KETSRQNELR KRKEENLQKI NKQNPEREAQ MKELNNLFVE DDLDTEEVNG GSKPNSPKET DS NDKDKNN DDLEDLLETT AEDSLMDVPK IQQTKPSETE HSKEPKSEEE PSSFIDEDGY IVTKRPATST PPRKPSPVVK RAL SSSKKQ ETPSSNKRLK KQGTLESFFK RKAK

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #9: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: D3T
分子量理論値: 466.169 Da
Chemical component information

ChemComp-23T:
2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133468
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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