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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22775 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Sec complex from T. lanuginosus, wild-type, class with Sec62, plug-closed conformation | |||||||||
![]() | unsharpened, lowpass-filtered map | |||||||||
![]() |
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![]() | Sec61 / translocon / endoplasmic reticulum / protein translocation / Sec62 / Sec63 / channel / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / protein transmembrane import into intracellular organelle / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / filamentous growth / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / RNA binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Itskanov S / Park E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stepwise gating of the Sec61 protein-conducting channel by Sec63 and Sec62. 著者: Samuel Itskanov / Katie M Kuo / James C Gumbart / Eunyong Park / ![]() 要旨: Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their ...Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their functions are poorly defined. In the present study, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of several variants of Sec61-Sec62-Sec63 complexes from Saccharomyces cerevisiae and Thermomyces lanuginosus and show that Sec62 and Sec63 induce opening of the Sec61 channel. Without Sec62, the translocation pore of Sec61 remains closed by the plug domain, rendering the channel inactive. We further show that the lateral gate of Sec61 must first be partially opened by interactions between Sec61 and Sec63 in cytosolic and luminal domains, a simultaneous disruption of which completely closes the channel. The structures and molecular dynamics simulations suggest that Sec62 may also prevent lipids from invading the channel through the open lateral gate. Our study shows how Sec63 and Sec62 work together in a hierarchical manner to activate Sec61 for post-translational protein translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 30.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 59.5 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7kamMC ![]() 7kahC ![]() 7kaiC ![]() 7kajC ![]() 7kakC ![]() 7kalC ![]() 7kanC ![]() 7kaoC ![]() 7kapC ![]() 7kaqC ![]() 7karC ![]() 7kasC ![]() 7katC ![]() 7kauC ![]() 7kb5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened, lowpass-filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_22775_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_22775_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_22775_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...
全体 | 名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus |
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要素 |
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-超分子 #1: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...
超分子 | 名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.42743 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ...文字列: MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ELLQKGYGLG SGISLFIATN ICESIVWKAF SPTTINTGRG PEFEGAIIAL FHLLLTWPDK QRALREAFYR QS LPNIMNL LATLLVFAAV IYLQGFRVEI PVKSARQRGV RGSYPVRLFY TSNMPIMLQS ALCSNVFLIS QMLYSRFSDN LLV RLLGVW EPREGSAQLH AASGIAYYMS PPLNFKEALL DPVHTVVYIT FMLVACALFS KTWIEVSGSS PRDVAKQLKD QGLV MAGHR EQSMYKELKR VIPTAAAFGG ACIGALSVAS DLLGALGSGT GILLAVTIIY GYFEMAAREG DFGQGLRGLV PGNGS |
-分子 #2: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1) タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.852352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSEQVQELLD IPRDFLKDGM QFIHKCQKPD RKEFKKVCQA VAIGFVAMGA IGYIVKLVHI PINNILVAGS |
-分子 #3: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1) タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.491097 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASSGAESGS ESKSPNPGAG SGPGSASGSS AGVIRPSSPT PPGGPRAAIR RRAAADHKES LRNARPSSTR AAGAGGSSGT MLKLYTDES PGLRVDPVVV LVLSLCFIFS VVGLHVIAKI TRKFSS |
-分子 #4: Protein transport protein Sec63
分子 | 名称: Protein transport protein Sec63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 79.976703 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ ...文字列: GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ RFVELTKAYK ALTDEEIRNN YLQYGHPDGK QSYSIGIALP KLIIEEGSGK YVLMLYASLL GILLPYIVGR WW YGSQRYT REKVLAASAG NMFREYEGTM IGGPIVNALS TGEEYKEMLS GPKAEEGLAK VEKKVLALDE KILSAKDREV LRK IDNPVR RKALALLWAY LNRIDLEDPV LNEEKYEAGS IALSLTESFT AIALAFGNLI PIIGAYRISQ CIVQAISPGS SPLL QLPYF TPKVVESVEG ADVKTHLSVQ KYLDMPEERR RSLTVGPGLL TEDQYNSAIA VAKQLPLFAI SKAFFKVAGE RVVTP SSLV QLVIKGRIIP PGSTGVPDVT EKDLEDIDPD EADVNAIIGR KGATKPSGKS GDENDGDRVQ PPLAHAPYLP RDHPPR WHI FLADAKQGKI AVPPFTFTTF DKPIFDEQGK PTFNMQTLRM QFQAPPQVGN FSFVLHMISD SYMGFDVKQE ITLQVED PS KAAVLQEEDD ISEPDEDSIA GQMQALKTGV PPKKKKVVES DDDESDTEGD EEDTSETDTE TDTDEEGSGT GENLYFQ |
-分子 #5: Protein transport protein Sec66/Sec71
分子 | 名称: Protein transport protein Sec66/Sec71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.555285 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT ...文字列: MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT VAEERAWWDK KRASIQEGFM KELDAEKERP ATAASTATNT TSTTSDDDAV LVEAEKEGTS SPAPGKKKKK GK KGS |
-分子 #6: Protein transport protein Sec72
分子 | 名称: Protein transport protein Sec72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.382234 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV ...文字列: MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV EMGRYDEARA WIEQALGIEG PASDGGKELA ALLEEIKAGS QRRQGS |
-分子 #7: Protein transport protein Sec62
分子 | 名称: Protein transport protein Sec62 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 44.460074 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAPPPGMTP QQFAALQQHM QQQIAAEAAK RGMTVEEFSK MQREQLNAEA AKAGMTPEQY INQLRMRALQ QRAAMQQQMQ QQQQQGGQG QTQGQGQGQG QQGQGQPQVQ HVQHVQQQVS VNPNAPPNPK AIALAKWLRS QNLKARTCIL DGQRREMFKV K RALRALES ...文字列: MAAPPPGMTP QQFAALQQHM QQQIAAEAAK RGMTVEEFSK MQREQLNAEA AKAGMTPEQY INQLRMRALQ QRAAMQQQMQ QQQQQGGQG QTQGQGQGQG QQGQGQPQVQ HVQHVQQQVS VNPNAPPNPK AIALAKWLRS QNLKARTCIL DGQRREMFKV K RALRALES PEYQKAAAKN KLLPPVTDRA SAENAFKLLP LSFLALRVSK VSSNYNKGKR VKGLWTVKVE QHQDTDPMTH YV WLYEGPQ WKQKALAAAF VIGIFAIVLF PLWPIMLRQG VWYLSVGMLG LLGLFFALAI VRLILFCVTV FVVPPGIWLF PNL FEDVGF IDSFKPLWAW NEKKKKPKKA KAAVSKSQEK GAAPTTAAPE APTATTTSSE AQPSSSSGTA SKRNLAASVE DAEE GS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 43860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |