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万見
- EMDB-2273: Cryo-EM structures of two intermediates provide insight into aden... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2273
タイトルCryo-EM structures of two intermediates provide insight into adenovirus assembly and disassembly
マップデータAssembly intermediate of Bovine Adenovirus type 3
試料
  • 試料: Bovine Adenovirus type 3
  • ウイルス: Bovine adenovirus 3 (ウイルス)
キーワードAdenovirus / assembly intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / hexon binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein ...Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Hexon-associated protein IX / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII
類似検索 - ドメイン・相同性
Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Hexon protein / PIX
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine adenovirus 3 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Cheng L / Huang X / Li X / Xiong W / Sun W / Yang C / Zhang K / Wang Y / Liu H / Ji G ...Cheng L / Huang X / Li X / Xiong W / Sun W / Yang C / Zhang K / Wang Y / Liu H / Ji G / Sun F / Zheng C / Zhu P
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Cryo-EM structures of two bovine adenovirus type 3 intermediates.
著者: Lingpeng Cheng / Xiaoxing Huang / Xiaomin Li / Wei Xiong / Wei Sun / Chongwen Yang / Kai Zhang / Ying Wang / Hongrong Liu / Xiaojun Huang / Gang Ji / Fei Sun / Congyi Zheng / Ping Zhu /
要旨: Adenoviruses (Ads) infect hosts from all vertebrate species and have been investigated as vaccine vectors. We report here near-atomic structures of two bovine Ad type 3 (BAd3) intermediates obtained ...Adenoviruses (Ads) infect hosts from all vertebrate species and have been investigated as vaccine vectors. We report here near-atomic structures of two bovine Ad type 3 (BAd3) intermediates obtained by cryo-electron microscopy. A comparison between the two intermediate structures reveals that the differences are localized in the fivefold vertex region, while their facet structures are identical. The overall facet structure of BAd3 exhibits a similar structure to human Ads; however, BAd3 protein IX has a unique conformation. Mass spectrometry and cryo-electron tomography analyses indicate that one intermediate structure represents the stage during DNA encapsidation, whilst the other intermediate structure represents a later stage. These results also suggest that cleavage of precursor protein VI occurs during, rather than after, the DNA encapsidation process. Overall, our results provide insights into the mechanism of Ad assembly, and allow the first structural comparison between human and nonhuman Ads at backbone level.
履歴
登録2013年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年2月6日-
マップ公開2014年1月22日-
更新2016年3月2日-
現状2016年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zif
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3zif
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2273-B1P.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Assembly intermediate of Bovine Adenovirus type 3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 800 pix.
= 928. Å		1.16 Å/pix.
x 800 pix.
= 928. Å		1.16 Å/pix.
x 800 pix.
= 928. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.0 / ムービー #1: 9
最小 - 最大-25.395584110000001 - 34.82930374
平均 (標準偏差)0.15943675 (±3.83022094)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-412-412-412
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 928.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z928.000928.000928.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-412-412-412
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-25.39634.8290.159

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine Adenovirus type 3

全体名称: Bovine Adenovirus type 3
要素
  • 試料: Bovine Adenovirus type 3
  • ウイルス: Bovine adenovirus 3 (ウイルス)

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超分子 #1000: Bovine Adenovirus type 3

超分子名称: Bovine Adenovirus type 3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60-mer / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bovine adenovirus 3

超分子名称: Bovine adenovirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10510 / 生物種: Bovine adenovirus 3 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2011年2月2日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.16 µm / 実像数: 1275 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 125390 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0035 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / ソフトウェア - 名称: ISAFs / 使用した粒子像数: 11910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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