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- EMDB-22602: Human serine palmitoyltransferase complex SPTLC1/SPLTC2/ssSPTa/OR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22602
タイトルHuman serine palmitoyltransferase complex SPTLC1/SPLTC2/ssSPTa/ORMDL3, class 1
マップデータSharpened_map
試料
  • 複合体: human serine palmitoyltransferase complexes
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase small subunit A
  • タンパク質・ペプチド: ORM1-like protein 3
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process ...sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / regulation of smooth muscle contraction / sphingolipid biosynthetic process / sphingolipid metabolic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / ceramide biosynthetic process / negative regulation of B cell apoptotic process / motor behavior / positive regulation of lipophagy / adipose tissue development / specific granule membrane / positive regulation of autophagy / myelination / secretory granule membrane / positive regulation of protein localization to nucleus / protein localization / pyridoxal phosphate binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II ...: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / ORM1-like protein 3 / Serine palmitoyltransferase small subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang Y / Niu Y / Zhang Z / Zhao H / Myasnikov A / Kalathur R / Lee CH
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the regulation of human serine palmitoyltransferase complexes.
著者: Yingdi Wang / Yiming Niu / Zhe Zhang / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Niranjanakumari Somashekarappa / Gongshe Han / Hongtu Zhao / Alexander G Myasnikov / Ravi C Kalathur / Teresa M Dunn / Chia-Hsueh Lee /
要旨: Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which ...Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which consists of catalytic components (SPTLC1 and SPTLC2) and regulatory components (ssSPTa and ORMDL3). However, the assembly, substrate processing and regulation of the complex are unclear. Here, we present 8 cryo-electron microscopy structures of the human serine palmitoyltransferase holocomplex in various functional states at resolutions of 2.6-3.4 Å. The structures reveal not only how catalytic components recognize the substrate, but also how regulatory components modulate the substrate-binding tunnel to control enzyme activity: ssSPTa engages SPTLC2 and shapes the tunnel to determine substrate specificity. ORMDL3 blocks the tunnel and competes with substrate binding through its amino terminus. These findings provide mechanistic insights into sphingolipid biogenesis governed by the serine palmitoyltransferase complex.
履歴
登録2020年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年3月24日-
現状2021年3月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k0m
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22602.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22602.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened_map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 352 pix.
= 353.76 Å		1.01 Å/pix.
x 352 pix.
= 353.76 Å		1.01 Å/pix.
x 352 pix.
= 353.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.005 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-4.1511927 - 5.9264727
平均 (標準偏差)0.00048447095 (±0.12064046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 353.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0051.0051.005
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.760353.760353.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-4.1515.9260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human serine palmitoyltransferase complexes

全体名称: human serine palmitoyltransferase complexes
要素
  • 複合体: human serine palmitoyltransferase complexes
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
  • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase small subunit A
  • タンパク質・ペプチド: ORM1-like protein 3
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: human serine palmitoyltransferase complexes

超分子名称: human serine palmitoyltransferase complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine palmitoyltransferase 1

分子名称: Serine palmitoyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.80677 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATATEQWVL VEMVQALYEA PAYHLILEGI LILWIIRLLF SKTYKLQERS DLTVKEKEEL IEEWQPEPLV PPVPKDHPAL NYNIVSGPP SHKTVVNGKE CINFASFNFL GLLDNPRVKA AALASLKKYG VGTCGPRGFY GTFDVHLDLE DRLAKFMKTE E AIIYSYGF ...文字列:
MATATEQWVL VEMVQALYEA PAYHLILEGI LILWIIRLLF SKTYKLQERS DLTVKEKEEL IEEWQPEPLV PPVPKDHPAL NYNIVSGPP SHKTVVNGKE CINFASFNFL GLLDNPRVKA AALASLKKYG VGTCGPRGFY GTFDVHLDLE DRLAKFMKTE E AIIYSYGF ATIASAIPAY SKRGDIVFVD RAACFAIQKG LQASRSDIKL FKHNDMADLE RLLKEQEIED QKNPRKARVT RR FIVVEGL YMNTGTICPL PELVKLKYKY KARIFLEESL SFGVLGEHGR GVTEHYGINI DDIDLISANM ENALASIGGF CCG RSFVID HQRLSGQGYC FSASLPPLLA AAAIEALNIM EENPGIFAVL KEKCGQIHKA LQGISGLKVV GESLSPAFHL QLEE STGSR EQDVRLLQEI VDQCMNRSIA LTQARYLEKE EKCLPPPSIR VVVTVEQTEE ELERAASTIK EVAQAVLL

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分子 #2: Serine palmitoyltransferase 2

分子名称: Serine palmitoyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.851902 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPEPGGCCC RRTVRANGCV ANGEVRNGYV RSSAAAAAAA AAGQIHHVTQ NGGLYKRPFN EAFEETPMLV AVLTYVGYGV LTLFGYLRD FLRYWRIEKC HHATEREEQK DFVSLYQDFE NFYTRNLYMR IRDNWNRPIC SVPGARVDIM ERQSHDYNWS F KYTGNIIK ...文字列:
MRPEPGGCCC RRTVRANGCV ANGEVRNGYV RSSAAAAAAA AAGQIHHVTQ NGGLYKRPFN EAFEETPMLV AVLTYVGYGV LTLFGYLRD FLRYWRIEKC HHATEREEQK DFVSLYQDFE NFYTRNLYMR IRDNWNRPIC SVPGARVDIM ERQSHDYNWS F KYTGNIIK GVINMGSYNY LGFARNTGSC QEAAAKVLEE YGAGVCSTRQ EIGNLDKHEE LEELVARFLG VEAAMAYGMG FA TNSMNIP ALVGKGCLIL SDELNHASLV LGARLSGATI RIFKHNNMQS LEKLLKDAIV YGQPRTRRPW KKILILVEGI YSM EGSIVR LPEVIALKKK YKAYLYLDEA HSIGALGPTG RGVVEYFGLD PEDVDVMMGT FTKSFGASGG YIGGKKELID YLRT HSHSA VYATSLSPPV VEQIITSMKC IMGQDGTSLG KECVQQLAEN TRYFRRRLKE MGFIIYGNED SPVVPLMLYM PAKIG AFGR EMLKRNIGVV VVGFPATPII ESRARFCLSA AHTKEILDTA LKEIDEVGDL LQLKYSRHRL

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分子 #3: Serine palmitoyltransferase small subunit A

分子名称: Serine palmitoyltransferase small subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.471095 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAGMALARAW KQMSWFYYQY LLVTALYMLE PWERTVFNSM LVSIVGMALY TGYVFMPQHI MAILHYFEIV Q

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分子 #4: ORM1-like protein 3

分子名称: ORM1-like protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.512594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNVGTAHSEV NPNTRVMNSR GIWLSYVLAI GLLHIVLLSI PFVSVPVVWT LTNLIHNMGM YIFLHTVKGT PFETPDQGKA RLLTHWEQM DYGVQFTASR KFLTITPIVL YFLTSFYTKY DQIHFVLNTV SLMSVLIPKL PQLHGVRIFG INKY

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分子 #5: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

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分子 #6: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 14 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.53 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 169428
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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