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万見
- EMDB-22569: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22569
タイトルCryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
マップデータCryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
試料
  • 複合体: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Ward A / Han J / Richey ST
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Polyclonal epitope mapping reveals temporal dynamics and diversity of human antibody responses to H5N1 vaccination.
著者: Julianna Han / Aaron J Schmitz / Sara T Richey / Ya-Nan Dai / Hannah L Turner / Bassem M Mohammed / Daved H Fremont / Ali H Ellebedy / Andrew B Ward /
要旨: Novel influenza A virus (IAV) strains elicit recall immune responses to conserved epitopes, making them favorable antigenic choices for universal influenza virus vaccines. Evaluating these immunogens ...Novel influenza A virus (IAV) strains elicit recall immune responses to conserved epitopes, making them favorable antigenic choices for universal influenza virus vaccines. Evaluating these immunogens requires a thorough understanding of the antigenic sites targeted by the polyclonal antibody (pAb) response, which single-particle electron microscopy (EM) can sensitively detect. In this study, we employ EM polyclonal epitope mapping (EMPEM) to extensively characterize the pAb response to hemagglutinin (HA) after H5N1 immunization in humans. Cross-reactive pAbs originating from memory B cells immediately bound the stem of HA and persisted for more than a year after vaccination. In contrast, de novo pAb responses to multiple sites on the head of HA, targeting previously determined key neutralizing sites on H5 HA, expanded after the second immunization and waned quickly. Thus, EMPEM provides a robust tool for comprehensively tracking the specificity and durability of immune responses elicited by novel universal influenza vaccine candidates.
履歴
登録2020年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0156
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0156
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å		1.03 Å/pix.
x 320 pix.
= 329.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0156 / ムービー #1: 0.0156
最小 - 最大-0.044490445 - 0.10579926
平均 (標準偏差)9.906467e-05 (±0.003100114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0440.1060.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22569_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 for CryoEM polyclonal immune complex...

ファイルemd_22569_half_map_1.map
注釈Half map 1 for CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for CryoEM polyclonal immune complex...

ファイルemd_22569_half_map_2.map
注釈Half map 2 for CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA...

全体名称: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
要素
  • 複合体: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28

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超分子 #1: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA...

超分子名称: CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: PBMC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 53.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4k62

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 25106
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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