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- EMDB-22443: Cryo-EM structure of ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22443
タイトルCryo-EM structure of ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4
マップデータ
試料
  • 複合体: ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4
    • 複合体: ABCG5/G8
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 5
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 8
    • 複合体: Fab 11F4
      • タンパク質・ペプチド: Fab 11F4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 11F4 light chain
    • 複合体: Fab 2E10
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2E10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2E10 light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / sterol transport / ABC transporters in lipid homeostasis / intestinal cholesterol absorption / cholesterol transfer activity / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う ...negative regulation of intestinal phytosterol absorption / negative regulation of intestinal cholesterol absorption / Defective ABCG8 causes GBD4 and sitosterolemia / Defective ABCG5 causes sitosterolemia / sterol transport / ABC transporters in lipid homeostasis / intestinal cholesterol absorption / cholesterol transfer activity / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / triglyceride homeostasis / response to muscle activity / bile acid signaling pathway / cholesterol efflux / response to ionizing radiation / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / response to nutrient / cholesterol homeostasis / transmembrane transport / receptor complex / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities ...ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family G member 8 / ATP-binding cassette sub-family G member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Huang CS / Yu X / Min X / Wang Z / Zhang H
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of ABCG5/G8 in complex with modulating antibodies.
著者: Hanzhi Zhang / Ching-Shin Huang / Xinchao Yu / Jonas Lee / Amit Vaish / Qing Chen / Mingyue Zhou / Zhulun Wang / Xiaoshan Min /
要旨: The heterodimer of ATP-binding cassette transporter ABCG5 and ABCG8 mediates the excretion of sterols from liver and intestine, playing a critical role in cholesterol homeostasis. Here, we present ...The heterodimer of ATP-binding cassette transporter ABCG5 and ABCG8 mediates the excretion of sterols from liver and intestine, playing a critical role in cholesterol homeostasis. Here, we present the cryo-EM structure of ABCG5/G8 in complex with the Fab fragments from two monoclonal antibodies at 3.3Å resolution. The high-resolution structure reveals a unique dimer interface between the nucleotide-binding domains (NBD) of opposing transporters, consisting of an ordered network of salt bridges between the conserved NPXDFXXD motif and serving as a pivot point that may be important for the transport cycle. While mAb 11F4 increases the ATPase activity potentially by stabilization of the NBD dimer formation, mAb 2E10 inhibits ATP hydrolysis, likely by restricting the relative movement between the RecA and helical domain of ABCG8 NBD. Our study not only provides insights into the structural elements important for the transport cycle but also reveals novel epitopes for potential therapeutic interventions.
履歴
登録2020年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月7日-
マップ公開2021年4月7日-
更新2021年5月12日-
現状2021年5月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jr7
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22443.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22443.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0588 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.09167688 - 0.15695038
平均 (標準偏差)-2.3756722e-06 (±0.0033401377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.168 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.05881.05881.0588
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.168381.168381.168
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0920.157-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4

全体名称: ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4
要素
  • 複合体: ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4
    • 複合体: ABCG5/G8
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 5
      • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family G member 8
    • 複合体: Fab 11F4
      • タンパク質・ペプチド: Fab 11F4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 11F4 light chain
    • 複合体: Fab 2E10
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2E10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2E10 light chain

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超分子 #1: ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4

超分子名称: ABCG5/G8 in complex with Fab 2E10 and 11F4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: ABCG5/G8

超分子名称: ABCG5/G8 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)

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超分子 #3: Fab 11F4

超分子名称: Fab 11F4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Fab 2E10

超分子名称: Fab 2E10 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: ATP-binding cassette sub-family G member 5

分子名称: ATP-binding cassette sub-family G member 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.578406 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MGDLSSLTPG GSMGLQVNRG SQSSLEGAPA TAPEPHSLGI LHASYSVSHR VRPWWDITSC RQQWTRQILK DVSLYVESGQ IMCILGSSG SGKTTLLDAM SGRLGRAGTF LGEVYVNGRA LRREQFQDCF SYVLQSDTLL SSLTVRETLH YTALLAIRRG N PGSFQKKV ...文字列:
MGDLSSLTPG GSMGLQVNRG SQSSLEGAPA TAPEPHSLGI LHASYSVSHR VRPWWDITSC RQQWTRQILK DVSLYVESGQ IMCILGSSG SGKTTLLDAM SGRLGRAGTF LGEVYVNGRA LRREQFQDCF SYVLQSDTLL SSLTVRETLH YTALLAIRRG N PGSFQKKV EAVMAELSLS HVADRLIGNY SLGGISTGER RRVSIAAQLL QDPKVMLFDE PTTGLDCMTA NQIVVLLVEL AR RNRIVVL TIHQPRSELF QLFDKIAILS FGELIFCGTP AEMLDFFNDC GYPCPEHSNP FDFYMDLTSV DTQSKEREIE TSK RVQMIE SAYKKSAICH KTLKNIERMK HLKTLPMVPF KTKDSPGVFS KLGVLLRRVT RNLVRNKLAV ITRLLQNLIM GLFL LFFVL RVRSNVLKGA IQDRVGLLYQ FVGATPYTGM LNAVNLFPVL RAVSDQESQD GLYQKWQMML AYALHVLPFS VVATM IFSS VCYWTLGLHP EVARFGYFSA ALLAPHLIGE FLTLVLLGIV QNPNIVNSVV ALLSIAGVLV GSGFLRNIQE MPIPFK IIS YFTFQKYCSE ILVVNEFYGL NFTCGSSNVS VTTNPMCAFT QGIQFIEKTC PGATSRFTMN FLILYSFIPA LVILGIV VF KIRDHLISR

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分子 #2: ATP-binding cassette sub-family G member 8

分子名称: ATP-binding cassette sub-family G member 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.752523 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MAGKAAEERG LPKGATPQDT SGLQDRLFSS ESDNSLYFTY SGQPNTLEVR DLNYQVDLAS QVPWFEQLAQ FKMPWTSPSC QNSCELGIQ NLSFKVRSGQ MLAIIGSSGC GRASLLDVIT GRGHGGKIKS GQIWINGQPS SPQLVRKCVA HVRQHNQLLP N LTVRETLA ...文字列:
MAGKAAEERG LPKGATPQDT SGLQDRLFSS ESDNSLYFTY SGQPNTLEVR DLNYQVDLAS QVPWFEQLAQ FKMPWTSPSC QNSCELGIQ NLSFKVRSGQ MLAIIGSSGC GRASLLDVIT GRGHGGKIKS GQIWINGQPS SPQLVRKCVA HVRQHNQLLP N LTVRETLA FIAQMRLPRT FSQAQRDKRV EDVIAELRLR QCADTRVGNM YVRGLSGGER RRVSIGVQLL WNPGILILDE PT SGLDSFT AHNLVKTLSR LAKGNRLVLI SLHQPRSDIF RLFDLVLLMT SGTPIYLGAA QHMVQYFTAI GYPCPRYSNP ADF YVDLTS IDRRSREQEL ATREKAQSLA ALFLEKVRDL DDFLWKAETK DLDEDTCVES SVTPLDTNCL PSPTKMPGAV QQFT TLIRR QISNDFRDLP TLLIHGAEAC LMSMTIGFLY FGHGSIQLSF MDTAALLFMI GALIPFNVIL DVISKCYSER AMLYY ELED GLYTTGPYFF AKILGELPEH CAYIIIYGMP TYWLANLRPG LQPFLLHFLL VWLVVFCCRI MALAAAALLP TFHMAS FFS NALYNSFYLA GGFMINLSSL WTVPAWISKV SFLRWCFEGL MKIQFSRRTY KMPLGNLTIA VSGDKILSVM ELDSYPL YA IYLIVIGLSG GFMVLYYVSL RFIKQKPSQD W

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分子 #3: Fab 11F4 heavy chain

分子名称: Fab 11F4 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.173945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTITGYSIT SDYAWNWIRQ FPGNKLEWMG YISYSGTTYY NPSLKSRFSI TRDTSRNQFF LQFNSVTTE DTGTYFCARM ITTVYYFDYW GQGTTLTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCTITGYSIT SDYAWNWIRQ FPGNKLEWMG YISYSGTTYY NPSLKSRFSI TRDTSRNQFF LQFNSVTTE DTGTYFCARM ITTVYYFDYW GQGTTLTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RD

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分子 #4: Fab 11F4 light chain

分子名称: Fab 11F4 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.191529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLTQSPTI MSASLGERVT MTCTASSSAS SSYLHWYQQK PGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISNME AEDAATYYC HQHHRSPPTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD ...文字列:
QIVLTQSPTI MSASLGERVT MTCTASSSAS SSYLHWYQQK PGSSPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISNME AEDAATYYC HQHHRSPPTF GAGTKLELKR ADAAPTVSIF PPSSEQLTSG GASVVCFLNN FYPKDINVKW KIDGSERQNG V LNSWTDQD SKDSTYSMSS TATLTKDEYE RHNSYTCEAT HKTSTSPIVK SFNRA

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分子 #5: Fab 2E10 heavy chain

分子名称: Fab 2E10 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.132939 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVHLQQSGAE LVRPGTSVKM SCKAAGYTFT YWWIGWLKQR PGHGLEWIGD FFPVSGHTNF NEKFRDKATL TADTSSSTAY MQLNSLTSE DSAIYYCARK QDSSGPLYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列:
QVHLQQSGAE LVRPGTSVKM SCKAAGYTFT YWWIGWLKQR PGHGLEWIGD FFPVSGHTNF NEKFRDKATL TADTSSSTAY MQLNSLTSE DSAIYYCARK QDSSGPLYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRD

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分子 #6: Fab 2E10 light chain

分子名称: Fab 2E10 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.286709 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSSSY LSVSLGGRVT ITCKASDHIN NWLAWYQQKP GNAPRLLISA ATSLETGVPS RFSGSGSGKD YTLSIISLQT EDVATYYCQ QYWSTPFTFG SGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSTTDQDS ...文字列:
DIQMTQSSSY LSVSLGGRVT ITCKASDHIN NWLAWYQQKP GNAPRLLISA ATSLETGVPS RFSGSGSGKD YTLSIISLQT EDVATYYCQ QYWSTPFTFG SGTKLEIKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSTTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 47.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 492931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る