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- EMDB-22424: Rabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22424
タイトルRabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: rCav1.1-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードrCav1.1 / Channels / Calcium Ion-Selective / TRANSPORT PROTEIN / drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin tight junction / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / : / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / : / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yan N / Gao S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1420541 米国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of the Modulation of the Voltage-Gated Calcium Ion Channel Ca 1.1 by Dihydropyridine Compounds*.
著者: Shuai Gao / Nieng Yan /
要旨: 1,4-Dihydropyridines (DHP), the most commonly used antihypertensives, function by inhibiting the L-type voltage-gated Ca (Ca ) channels. DHP compounds exhibit chirality-specific antagonistic or ...1,4-Dihydropyridines (DHP), the most commonly used antihypertensives, function by inhibiting the L-type voltage-gated Ca (Ca ) channels. DHP compounds exhibit chirality-specific antagonistic or agonistic effects. The structure of rabbit Ca 1.1 bound to an achiral drug nifedipine reveals the general binding mode for DHP drugs, but the molecular basis for chiral specificity remained elusive. Herein, we report five cryo-EM structures of nanodisc-embedded Ca 1.1 in the presence of the bestselling drug amlodipine, a DHP antagonist (R)-(+)-Bay K8644, and a titration of its agonistic enantiomer (S)-(-)-Bay K8644 at resolutions of 2.9-3.4 Å. The amlodipine-bound structure reveals the molecular basis for the high efficacy of the drug. All structures with the addition of the Bay K8644 enantiomers exhibit similar inactivated conformations, suggesting that (S)-(-)-Bay K8644, when acting as an agonist, is insufficient to lock the activated state of the channel for a prolonged duration.
履歴
登録2020年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jpv
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22424.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å		1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å		1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.09017215 - 0.13994378
平均 (標準偏差)0.0000056879153 (±0.0040600384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 311.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1141.1141.114
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.920311.920311.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0900.1400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : rCav1.1-1S

全体名称: rCav1.1-1S
要素
  • 複合体: rCav1.1-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: rCav1.1-1S

超分子名称: rCav1.1-1S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 212.240594 KDa
配列文字列: MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR ...文字列:
MEPSSPQDEG LRKKQPKKPL PEVLPRPPRA LFCLTLQNPL RKACISIVEW KPFETIILLT IFANCVALAV YLPMPEDDNN SLNLGLEKL EYFFLTVFSI EAAMKIIAYG FLFHQDAYLR SGWNVLDFII VFLGVFTAIL EQVNVIQSNT APMSSKGAGL D VKALRAFR VLRPLRLVSG VPSLQVVLNS IFKAMLPLFH IALLVLFMVI IYAIIGLELF KGKMHKTCYY IGTDIVATVE NE KPSPCAR TGSGRPCTIN GSECRGGWPG PNHGITHFDN FGFSMLTVYQ CITMEGWTDV LYWVNDAIGN EWPWIYFVTL ILL GSFFIL NLVLGVLSGE FTKEREKAKS RGTFQKLREK QQLEEDLRGY MSWITQGEVM DVEDLREGKL SLEEGGSDTE SLYE IEGLN KIIQFIRHWR QWNRVFRWKC HDLVKSRVFY WLVILIVALN TLSIASEHHN QPLWLTHLQD IANRVLLSLF TIEML LKMY GLGLRQYFMS IFNRFDCFVV CSGILELLLV ESGAMTPLGI SVLRCIRLLR LFKITKYWTS LSNLVASLLN SIRSIA SLL LLLFLFIIIF ALLGMQLFGG RYDFEDTEVR RSNFDNFPQA LISVFQVLTG EDWNSVMYNG IMAYGGPSYP GVLVCIY FI ILFVCGNYIL LNVFLAIAVD NLAEAESLTS AQKAKAEERK RRKMSRGLPD KTEEEKSVMA KKLEQKPKGE GIPTTAKL K VDEFESNVNE VKDPYPSADF PGDDEEDEPE IPVSPRPRPL AELQLKEKAV PIPEASSFFI FSPTNKVRVL CHRIVNATW FTNFILLFIL LSSAALAAED PIRAESVRNQ ILGYFDIAFT SVFTVEIVLK MTTYGAFLHK GSFCRNYFNI LDLLVVAVSL ISMGLESST ISVVKILRVL RVLRPLRAIN RAKGLKHVVQ CVFVAIRTIG NIVLVTTLLQ FMFACIGVQL FKGKFFSCND L SKMTEEEC RGYYYVYKDG DPTQMELRPR QWIHNDFHFD NVLSAMMSLF TVSTFEGWPQ LLYRAIDSNE EDMGPVYNNR VE MAIFFII YIILIAFFMM NIFVGFVIVT FQEQGETEYK NCELDKNQRQ CVQYALKARP LRCYIPKNPY QYQVWYVVTS SYF EYLMFA LIMLNTICLG MQHYHQSEEM NHISDILNVA FTIIFTLEMI LKLLAFKARG YFGDPWNVFD FLIVIGSIID VILS EIDTF LASSGGLYCL GGGCGNVDPD ESARISSAFF RLFRVMRLIK LLSRAEGVRT LLWTFIKSFQ ALPYVALLIV MLFFI YAVI GMQMFGKIAL VDGTQINRNN NFQTFPQAVL LLFRCATGEA WQEILLACSY GKLCDPESDY APGEEYTCGT NFAYYY FIS FYMLCAFLII NLFVAVIMDN FDYLTRDWSI LGPHHLDEFK AIWAEYDPEA KGRIKHLDVV TLLRRIQPPL GFGKFCP HR VACKRLVGMN MPLNSDGTVT FNATLFALVR TALKIKTEGN FEQANEELRA IIKKIWKRTS MKLLDQVIPP IGDDEVTV G KFYATFLIQE HFRKFMKRQE EYYGYRPKKD TVQIQAGLRT IEEEAAPEIR RTISGDLTAE EELERAMVEA AMEERIFRR TGGLFGQVDT FLERTNSLPP VMANQRPLQF AEIEMEELES PVFLEDFPQD ARTNPLARAN TNNANANVAY GNSNHSNNQM FSSVHCERE FPGEAETPAA GRGALSHSHR ALGPHSKPCA GKLNGQLVQP GMPINQAPPA PCQQPSTDPP ERGQRRTSLT G SLQDEAPQ RRSSEGSTPR RPAPATALLI QEALVRGGLD TLAADAGFVT ATSQALADAC QMEPEEVEVA ATELLKARES VQ GMASVPG SLSRRSSLGS LDQVQGSQET LIPPRP

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

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分子 #2: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.082254 KDa
配列文字列: MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS ...文字列:
MSPTEAPKVR VTLFCILVGI VLAMTAVVSD HWAVLSPHME NHNTTCEAAH FGLWRICTKR IALGEDRSCG PITLPGEKNC SYFRHFNPG ESSEIFEFTT QKEYSISAAA ISVFSLGFLI MGTICALMAF RKKRDYLLRP ASMFYVFAGL CLFVSLEVMR Q SVKRMIDS EDTVWIEYYY SWSFACACAA FVLLFLGGIS LLLFSLPRMP QNPWESCMDA EPEH

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

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分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 125.082906 KDa
配列文字列: MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV ...文字列:
MAAGRPLAWT LTLWQAWLIL IGPSSEEPFP SAVTIKSWVD KMQEDLVTLA KTASGVHQLV DIYEKYQDLY TVEPNNARQL VEIAARDIE KLLSNRSKAL VRLALEAEKV QAAHQWREDF ASNEVVYYNA KDDLDPEKND SEPGSQRIKP VFIDDANFRR Q VSYQHAAV HIPTDIYEGS TIVLNELNWT SALDDVFKKN REEDPSLLWQ VFGSATGLAR YYPASPWVDN SRTPNKIDLY DV RRRPWYI QGAASPKDML ILVDVSGSVS GLTLKLIRTS VSEMLETLSD DDFVNVASFN SNAQDVSCFQ HLVQANVRNK KVL KDAVNN ITAKGITDYK KGFSFAFEQL LNYNVSRANC NKIIMLFTDG GEERAQEIFA KYNKDKKVRV FTFSVGQHNY DRGP IQWMA CENKGYYYEI PSIGAIRINT QEYLDVLGRP MVLAGDKAKQ VQWTNVYLDA LELGLVITGT LPVFNITGQF ENKTN LKNQ LILGVMGVDV SLEDIKRLTP RFTLCPNGYY FAIDPNGYVL LHPNLQPKPI GVGIPTINLR KRRPNVQNPK SQEPVT LDF LDAELENDIK VEIRNKMIDG ESGEKTFRTL VKSQDERYID KGNRTYTWTP VNGTDYSLAL VLPTYSFYYI KAKIEET IT QARYSETLKP DNFEESGYTF LAPRDYCSDL KPSDNNTEFL LNFNEFIDRK TPNNPSCNTD LINRVLLDAG FTNELVQN Y WSKQKNIKGV KARFVVTDGG ITRVYPKEAG ENWQENPETY EDSFYKRSLD NDNYVFTAPY FNKSGPGAYE SGIMVSKAV EIYIQGKLLK PAVVGIKIDV NSWIENFTKT SIRDPCAGPV CDCKRNSDVM DCVILDDGGF LLMANHDDYT NQIGRFFGEI DPSLMRHLV NISVYAFNKS YDYQSVCEPG AAPKQGAGHR SAYVPSIADI LQIGWWATAA AWSILQQFLL SLTFPRLLEA A DMEDDDFT ASMSKQSCIT EQTQYFFDND SKSFSGVLDC GNCSRIFHVE KLMNTNLIFI MVESKGTCPC DTRLLIQAEQ TS DGPDPCD MVKQPRYRKG PDVCFDNNVL EDYTDCGGVS GLNPSLWSII GIQFVLLWLV SGSRHCLL

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before plunging.
詳細rCav1.1-1S was in lipid nanodisc

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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