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万見
- EMDB-2236: Negative Staining Structure of Human Polycomb Repressive Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2236
タイトルNegative Staining Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
マップデータNegative Staining Reconstruction of the Polycomb Repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
試料
  • 試料: Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
  • タンパク質・ペプチド: RbAp48
  • タンパク質・ペプチド: Ezh2
  • タンパク質・ペプチド: Suz12
  • タンパク質・ペプチド: AEBP2
  • タンパク質・ペプチド: EED
キーワードPolycomb / PRC2 / epigenetic / gene silencing / nucleosome / labeling / chemical cross-linking / chromatin
機能・相同性ESC/E(Z) complex / SET domain
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Ciferri C / Lander GC / Maiolica A / Herzog F / Aebersold R / Nogales E
引用ジャーナル: Elife / 年: 2012
タイトル: Molecular architecture of human polycomb repressive complex 2.
著者: Claudio Ciferri / Gabriel C Lander / Alessio Maiolica / Franz Herzog / Ruedi Aebersold / Eva Nogales /
要旨: Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) is essential for gene silencing, establishing transcriptional repression of specific genes by tri-methylating Lysine 27 of histone H3, a process mediated by ...Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) is essential for gene silencing, establishing transcriptional repression of specific genes by tri-methylating Lysine 27 of histone H3, a process mediated by cofactors such as AEBP2. In spite of its biological importance, little is known about PRC2 architecture and subunit organization. Here, we present the first three-dimensional electron microscopy structure of the human PRC2 complex bound to its cofactor AEBP2. Using a novel internal protein tagging-method, in combination with isotopic chemical cross-linking and mass spectrometry, we have localized all the PRC2 subunits and their functional domains and generated a detailed map of interactions. The position and stabilization effect of AEBP2 suggests an allosteric role of this cofactor in regulating gene silencing. Regions in PRC2 that interact with modified histone tails are localized near the methyltransferase site, suggesting a molecular mechanism for the chromatin-based regulation of PRC2 activity.DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00005.001.
履歴
登録2012年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月12日-
マップ公開2012年12月12日-
更新2012年12月12日-
現状2012年12月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2236.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative Staining Reconstruction of the Polycomb Repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.14 Å/pix.
x 112 pix.
= 351.68 Å		3.14 Å/pix.
x 112 pix.
= 351.68 Å		3.14 Å/pix.
x 112 pix.
= 351.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.55 / ムービー #1: 3.55
最小 - 最大-6.36135721 - 22.46074295
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-56-56
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 351.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.143.143.14
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z351.680351.680351.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-56-56-56
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-6.36122.4610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2...

全体名称: Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
要素
  • 試料: Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
  • タンパク質・ペプチド: RbAp48
  • タンパク質・ペプチド: Ezh2
  • タンパク質・ペプチド: Suz12
  • タンパク質・ペプチド: AEBP2
  • タンパク質・ペプチド: EED

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超分子 #1000: Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2...

超分子名称: Negative Staining Reconstruction of Polycomb repressive Complex 2 bound to the co-factor AEBP2
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Pentameric Complex / Number unique components: 5
分子量理論値: 265 MDa

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分子 #1: RbAp48

分子名称: RbAp48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFast Bac
配列GO: ESC/E(Z) complex / InterPro: SET domain

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分子 #2: Ezh2

分子名称: Ezh2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFast Bac
配列GO: ESC/E(Z) complex / InterPro: SET domain

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分子 #3: Suz12

分子名称: Suz12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFast Bac
配列GO: ESC/E(Z) complex / InterPro: SET domain

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分子 #4: AEBP2

分子名称: AEBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFast Bac
配列GO: ESC/E(Z) complex / InterPro: SET domain

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分子 #5: EED

分子名称: EED / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Nucleus
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: pFast Bac
配列GO: ESC/E(Z) complex / InterPro: SET domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 25 mM Hepes pH 7.5, 138 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.05% NP40, 1 mM Tris(2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride [TCEP]
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl Formate
グリッド詳細: 400 mesh copper carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2011年4月11日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 500 / 平均電子線量: 20 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Material and Methods section of Paper
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: Appion, Leginon, Spider, Imagic, EMAN2, SPARX
使用した粒子像数: 39527
最終 2次元分類クラス数: 1000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2qxv

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: local rigid-body fitting algorithm
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2yb8

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: local rigid-body fitting algorithm
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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