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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22343 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a proton-activated chloride channel | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of a proton-activated chloride channel | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | TMEM206 protein / TMEM206 protein family / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Proton-activated chloride channel 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Takifugu rubripes (トラフグ) / Takifugu bimaculatus (フタツボシフグ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng Z / Zhang J / Yuan P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of a proton-activated chloride channel TMEM206. 著者: Zengqin Deng / Yonghui Zhao / Jing Feng / Jingying Zhang / Haiyan Zhao / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Hongzhen Hu / Peng Yuan / 要旨: TMEM206 has been recently identified as an evolutionarily conserved chloride channel that underlies ubiquitously expressed, proton-activated, outwardly rectifying anion currents. Here, we report the ...TMEM206 has been recently identified as an evolutionarily conserved chloride channel that underlies ubiquitously expressed, proton-activated, outwardly rectifying anion currents. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of pufferfish TMEM206, which forms a trimeric channel, with each subunit comprising two transmembrane segments and a large extracellular domain. An ample vestibule in the extracellular region is accessible laterally from the three side portals. The central pore contains multiple constrictions. A conserved lysine residue near the cytoplasmic end of the inner helix forms the presumed chloride ion selectivity filter. Unprecedentedly, the core structure and assembly closely resemble those of the epithelial sodium channel/degenerin family of sodium channels that are unrelated in amino acid sequence and conduct cations instead of anions. Together with electrophysiology, this work provides insights into ion conduction and gating for a new class of chloride channels that is architecturally distinct from previously characterized chloride channel families. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22343.map.gz | 30.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22343-v30.xml emd-22343.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22343.png | 49.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22343 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22343 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22343_validation.pdf.gz | 382.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22343_full_validation.pdf.gz | 381.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22343_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22343_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22343 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22343 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22343.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of a proton-activated chloride channel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TMEM206
全体 | 名称: TMEM206 |
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要素 |
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-超分子 #1: TMEM206
超分子 | 名称: TMEM206 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Takifugu rubripes (トラフグ) |
組換発現 | 生物種: pichia pas (菌類) |
-分子 #1: Proton-activated chloride channel
分子 | 名称: Proton-activated chloride channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Takifugu bimaculatus (フタツボシフグ) |
分子量 | 理論値: 52.907641 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MRRNSYREFI DEDDEDDGNK DVPNCFDDVI DSPEEVEPND SASPDDDNRQ ESSRSRRFSK LCVKNVFTVL LILIYLLLTA LAAFLAYQT ISEVLEKLKN PVMSVTYQEV DSFPRPGIAL YPGNAQLLSC SHYYHNDIPP VVEPGRPQEI DCVVTEVTYV G PFSSQGEK ...文字列: MRRNSYREFI DEDDEDDGNK DVPNCFDDVI DSPEEVEPND SASPDDDNRQ ESSRSRRFSK LCVKNVFTVL LILIYLLLTA LAAFLAYQT ISEVLEKLKN PVMSVTYQEV DSFPRPGIAL YPGNAQLLSC SHYYHNDIPP VVEPGRPQEI DCVVTEVTYV G PFSSQGEK RALVVRGPSE VRSKEMVFMQ FSSNETGEDF SAISYMIFAD FTDLIDSQNK SRFMGECETN CSRWTFSGGF RT WVKMSLV KTFGKQNDSV EFRQESAVVK FNDRRPAAEQ INQLYFAVFQ WRDPYIQQNK MIVTANPWSS IAILSGVFMA LFK AANFAK LTIQWIIRMR KRHLRNKERE LKQADLEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDK SPDSP EMKDFRHGFD ILVGQIDDAL KLANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL SNSLEVLF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 62.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Image recording ID | 1 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 505115 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |