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万見
- EMDB-22340: Type IV-B CRISPR Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22340
タイトルType IV-B CRISPR Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Csf CRISPR Complex
    • タンパク質・ペプチド: Csf2 (Cas7)
    • RNA: RNA (31-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Csf4 (Cas11)
キーワードCRISPR Complex / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RAMP superfamily protein probably involved in DNA repair / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium sp. JS623 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bravo JPK / Taylor DW
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-1938 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Structure of a type IV CRISPR-Cas ribonucleoprotein complex.
著者: Yi Zhou / Jack P K Bravo / Hannah N Taylor / Jurre A Steens / Ryan N Jackson / Raymond H J Staals / David W Taylor /
要旨: We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector ...We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector complex, consisting of a Cas7-like (Csf2) filament intertwined with a small subunit (Cas11) filament, but the complex lacks subunits for RNA processing and target DNA cleavage. Surprisingly, instead of assembling around a CRISPR-derived RNA (crRNA), the complex assembles upon heterogeneous RNA of a regular length arranged in a pseudo-A-form configuration. These findings provide a high-resolution glimpse into the assembly and function of enigmatic type IV CRISPR systems, expanding our understanding of class I CRISPR-Cas system architecture, and suggesting a function for type IV-B RNPs that may be distinct from other class 1 CRISPR-associated systems.
履歴
登録2020年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jhy
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22340.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22340.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-2.1174994 - 3.2306864
平均 (標準偏差)0.00030804813 (±0.0347061)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-2.1173.2310.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Csf CRISPR Complex

全体名称: Csf CRISPR Complex
要素
  • 複合体: Csf CRISPR Complex
    • タンパク質・ペプチド: Csf2 (Cas7)
    • RNA: RNA (31-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Csf4 (Cas11)

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超分子 #1: Csf CRISPR Complex

超分子名称: Csf CRISPR Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. JS623 (バクテリア)

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分子 #1: Csf2 (Cas7)

分子名称: Csf2 (Cas7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. JS623 (バクテリア)
分子量理論値: 32.085174 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSWSHPQFEK GAMTLSTIRW DVDIIAQSSI VHRDDYTSVG SDTFTLFRRE KIIGPDGQIL QIPLISGSSF RGVLRRVGEA LTAEVLGYE DVALPVPAAH LLTNGGRLAK SAHPLTDEEE RNLKELLPQI AVFGGAASGR VMSGLLSVSK VLPEIAELAH L LPRPPHST ...文字列:
MSWSHPQFEK GAMTLSTIRW DVDIIAQSSI VHRDDYTSVG SDTFTLFRRE KIIGPDGQIL QIPLISGSSF RGVLRRVGEA LTAEVLGYE DVALPVPAAH LLTNGGRLAK SAHPLTDEEE RNLKELLPQI AVFGGAASGR VMSGLLSVSK VLPEIAELAH L LPRPPHST PLLPAVLSVA DESFTHLPDH RPSTGGAPRT DHADGSPLGR FAIETLPAGT RLQTWARLDN ATEHQAAFFD NV LSTFAAH GHLGGRSAAG HGQVTATVTA TALRGSLPRP TVDWVNQLAD DRDAAIAALT RLT

UniProtKB: RAMP superfamily protein probably involved in DNA repair

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分子 #3: Csf4 (Cas11)

分子名称: Csf4 (Cas11) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. JS623 (バクテリア)
分子量理論値: 17.939254 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTTPTPTQVW RATVPELPPL VDEAGDTGSA TARAADTAER LLLLLHYSID WESSWVADPK HRKTYWDELL PGRVRRAAYR ADTLDRWWS EVAGQLGAPA PRHRDRRLEL ATLLREPALP VITVLRDSLP ALLLRVRIIA EAVAAQRGNN SAATSSADPN E PA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: RNA (31-MER)

分子名称: RNA (31-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. JS623 (バクテリア)
分子量理論値: 9.561382 KDa
配列文字列:
AUUUUUUUUU AUUAUUUUUA UUUUUUAUUU U

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296319
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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