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万見
- EMDB-2228: The Structure of Lactococcal Phage TP901-1 by electron microscopy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2228
タイトルThe Structure of Lactococcal Phage TP901-1 by electron microscopy: the helical tail
マップデータHelical Reconstruction of a tail fragment of TP901-1.
試料
  • 試料: Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample containing the full phage)
  • ウイルス: Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
キーワードtail / tp901 / lactococcal phage / helical processing
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Bebeacua C / Lai L / Skovgaard Vegge C / Brondsted L / van Heel M / Veesler D / Cambillau C
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Visualizing a complete Siphoviridae member by single-particle electron microscopy: the structure of lactococcal phage TP901-1.
著者: Cecilia Bebeacua / Livia Lai / Christina Skovgaard Vegge / Lone Brøndsted / Marin van Heel / David Veesler / Christian Cambillau /
要旨: Tailed phages are genome delivery machines exhibiting unequaled efficiency acquired over more than 3 billion years of evolution. Siphophages from the P335 and 936 families infect the Gram-positive ...Tailed phages are genome delivery machines exhibiting unequaled efficiency acquired over more than 3 billion years of evolution. Siphophages from the P335 and 936 families infect the Gram-positive bacterium Lactococcus lactis using receptor-binding proteins anchored to the host adsorption apparatus (baseplate). Crystallographic and electron microscopy (EM) studies have shed light on the distinct adsorption strategies used by phages of these two families, suggesting that they might also rely on different infection mechanisms. Here, we report electron microscopy reconstructions of the whole phage TP901-1 (P335 species) and propose a composite EM model of this gigantic molecular machine. Our results suggest conservation of structural proteins among tailed phages and add to the growing body of evidence pointing to a common evolutionary origin for these virions. Finally, we propose that host adsorption apparatus architectures have evolved in correlation with the nature of the receptors used during infection.
履歴
登録2012年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月21日-
マップ公開2012年11月21日-
更新2013年1月9日-
現状2013年1月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2228.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical Reconstruction of a tail fragment of TP901-1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.64 Å/pix.
x 72 pix.
= 334.08 Å		4.64 Å/pix.
x 72 pix.
= 334.08 Å		4.64 Å/pix.
x 72 pix.
= 334.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.07433943 - 0.12858985
平均 (標準偏差)0.00049921 (±0.01387033)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 334.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.644.644.64
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.080334.080334.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.0740.1290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample cont...

全体名称: Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample containing the full phage)
要素
  • 試料: Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample containing the full phage)
  • ウイルス: Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)

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超分子 #1000: Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample cont...

超分子名称: Helical tail of the lactococcal phage TP901-1 (from a sample containing the full phage)
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexameric (C6)-Helical symmetry / Number unique components: 1

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超分子 #1: Lactococcus phage TP901-1

超分子名称: Lactococcus phage TP901-1 / タイプ: virus / ID: 1
詳細: The sample contained the full phages with tail and baseplate.
NCBI-ID: 35345 / 生物種: Lactococcus phage TP901-1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 100 mM sodium chloride, 10 mM magnesium sulfate, 50 mM Tris [pH 7.5], and 0.01% [wt/vol] gelatin
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The sample was incubated for one minute on glow-discharged grids and stained with 2% uranyl acetate for 10 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh carbon grids were glow discharged for 20 seconds.
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 130,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
日付2008年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 200 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

CTF補正詳細: Images
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC
詳細: The fragments were initially part of full-phage particles. After an initial refinement of the full-phage, the full phage was cut into fragments that were combined into one dataset and ...詳細: The fragments were initially part of full-phage particles. After an initial refinement of the full-phage, the full phage was cut into fragments that were combined into one dataset and submitted to helical processing.
使用した粒子像数: 4000
最終 角度割当詳細: C6-Helical symmetry imposed

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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