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- EMDB-22100: Hk97 prohead during packaging (sym6) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22100
タイトルHk97 prohead during packaging (sym6)
マップデータHk97 prohead during packaging (sym6)
試料
  • ウイルス: Escherichia virus HK97 (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / endonuclease activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Terminase large subunit-like / Terminase large subunit-like, ATPase domain / Terminase large subunit-like, endonuclease domain / Terminase large subunit, ATPase domain / Terminase large subunit, endonuclease domain / Phage capsid / Phage capsid family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Terminase small subunit / Terminase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia virus HK97 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Fung HKH / Grimes S / Huet A / Duda RLD / Chechick M / Gault J / Robinson CV / Jardine PJ / Conway JF / Baumann CG / Antson AA
資金援助 英国, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust095024MA 英国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD019995 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01GM047795 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of DNA packaging by a ring-type ATPase from an archetypal viral system.
著者: Herman K H Fung / Shelley Grimes / Alexis Huet / Robert L Duda / Maria Chechik / Joseph Gault / Carol V Robinson / Roger W Hendrix / Paul J Jardine / James F Conway / Christoph G Baumann / Alfred A Antson /
要旨: Many essential cellular processes rely on substrate rotation or translocation by a multi-subunit, ring-type NTPase. A large number of double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages and ...Many essential cellular processes rely on substrate rotation or translocation by a multi-subunit, ring-type NTPase. A large number of double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages and herpes viruses, use a homomeric ring ATPase to processively translocate viral genomic DNA into procapsids during assembly. Our current understanding of viral DNA packaging comes from three archetypal bacteriophage systems: cos, pac and phi29. Detailed mechanistic understanding exists for pac and phi29, but not for cos. Here, we reconstituted in vitro a cos packaging system based on bacteriophage HK97 and provided a detailed biochemical and structural description. We used a photobleaching-based, single-molecule assay to determine the stoichiometry of the DNA-translocating ATPase large terminase. Crystal structures of the large terminase and DNA-recruiting small terminase, a first for a biochemically defined cos system, reveal mechanistic similarities between cos and pac systems. At the same time, mutational and biochemical analyses indicate a new regulatory mechanism for ATPase multimerization and coordination in the HK97 system. This work therefore establishes a framework for studying the evolutionary relationships between ATP-dependent DNA translocation machineries in double-stranded DNA viruses.
履歴
登録2020年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月9日-
マップ公開2021年6月9日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22100.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hk97 prohead during packaging (sym6)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.11 Å/pix.
x 233 pix.
= 957.63 Å		4.11 Å/pix.
x 233 pix.
= 957.63 Å		4.11 Å/pix.
x 233 pix.
= 957.63 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6000.0 / ムービー #1: 6000
最小 - 最大-11533.75 - 30936.309
平均 (標準偏差)248.62029 (±3264.0745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-116-116-116
サイズ233233233
Spacing233233233
セルA=B=C: 957.63 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.114.114.11
M x/y/z233233233
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z957.630957.630957.630
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-116-116-116
NC/NR/NS233233233
D min/max/mean-11533.75030936.309248.620

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia virus HK97

全体名称: Escherichia virus HK97 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Escherichia virus HK97 (ウイルス)

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超分子 #1: Escherichia virus HK97

超分子名称: Escherichia virus HK97 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 37554 / 生物種: Escherichia virus HK97 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: escher (unknown)
分子量理論値: 13 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 350.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMtris
10.0 mMMgSo4
30.0 mMPotassium glutamate
1.0 mMbeta mercaptoethanol
1.0 mMAtp
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 8 sec blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 971 / 平均露光時間: 1.65 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 866
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM / 使用した粒子像数: 866
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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