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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22068 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Legionella pneumophila Dot T4SS OMC | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM Reconstruction of WT OMC from L. pneumophila | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Secretion / T4SS / Dot / PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Durie CL / Sheedlo MJ | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural analysis of the Dot/Icm type IV secretion system core complex. 著者: Clarissa L Durie / Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Brenda G Byrne / Min Su / Thomas Knight / Michele Swanson / D Borden Lacy / Melanie D Ohi / 要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver effector proteins into host cells. Compared to prototypical T4SSs, the Dot/Icm assembly is much larger, containing ~27 different components including a core complex reported to be composed of five proteins: DotC, DotD, DotF, DotG, and DotH. Using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report reconstructions of the core complex of the Dot/Icm T4SS that includes a symmetry mismatch between distinct structural features of the outer membrane cap (OMC) and periplasmic ring (PR). We present models of known core complex proteins, DotC, DotD, and DotH, and two structurally similar proteins within the core complex, DotK and Lpg0657. This analysis reveals the stoichiometry and contact interfaces between the key proteins of the Dot/Icm T4SS core complex and provides a framework for understanding a complex molecular machine. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22068.map.gz | 468 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22068-v30.xml emd-22068.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22068_fsc.xml | 17.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22068.png | 154.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22068.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22068 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22068_validation.pdf.gz | 633.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22068_full_validation.pdf.gz | 633.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22068_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22068_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22068 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22068 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM Reconstruction of WT OMC from L. pneumophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Legionella pneumophila Dot T4SS OMC
全体 | 名称: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC |
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要素 |
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-超分子 #1: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC
超分子 | 名称: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
-分子 #1: DotC
分子 | 名称: DotC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 34.162441 KDa |
配列 | 文字列: MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK ...文字列: MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK TKAEKEIWCI YTERGWKNGI DQANTILEEN IARIKEDFGG MILYRKLLAM NMVSPPYVSH TDLGVTGDGS EI HIDDRVL RITALPELNV NSAEWRAAVA KDENALERFK NMEKLANQAK IVITNKSWQP IIAPVS UniProtKB: DotC |
-分子 #2: Type IV secretion protein IcmK
分子 | 名称: Type IV secretion protein IcmK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 38.958926 KDa |
配列 | 文字列: MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV ...文字列: MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV IRLSQGFVSS LVFLDSTGAP WPIAAYDLGD PSSFNIQWDK TSNTLMIQAT KLYNYGNLAV RLRGLNTPVM LT LIPGQKA VDYRVDLRVQ GYGPNAKSMP TEEGIPPSAN DLLLHVLEGV PPPGSRRLVV SGGDARAWLS NEKMYVRTNL TIL SPGWLA SMTSADGTHA YEMQKSPVLL VSWHGKVMQL KVEGL UniProtKB: Type IV secretion protein IcmK |
-分子 #3: Inner membrane lipoprotein YiaD
分子 | 名称: Inner membrane lipoprotein YiaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 21.096492 KDa |
配列 | 文字列: MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY ...文字列: MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY TLGGDRSPNA RVEITFRRAV A UniProtKB: Inner membrane lipoprotein YiaD |
-分子 #4: Type IV secretion system unknown protein fragment
分子 | 名称: Type IV secretion system unknown protein fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 52 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 51.037672 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA A AAAAAAAA ...文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA A AAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA AAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA AAAAAA AAAAMRNLMR CLIMIKSLIK GVDMSRKLAK TRILGYGLMI CFLAGCFHPP YNNFQPDRRA VKRVGVDTGI GAVA GAIAS GTASGTLIGA AAGGTVGLVA SIYRDSKRKI IRDLQKQDIQ YVEYGDTRTL IIPTDKYFMF SSPRLNEICY PGLNN VIRL LNFYPQSTIY VAGFTDNVGS RSHKRKLSQA QAETMMTFLW ANGIAAKRLK AEGYGDKNAI SDNAIIHGSA QNRRIE IQW FTSPAQPPQP QMAYVK |
-分子 #5: DotD
分子 | 名称: DotD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.860678 KDa |
配列 | 文字列: MNNNKIVIMF IFSALLAGCA GTMKFKKPPI NNPSDDATIK LAEAAVSVSD SMLEMAKVEK VITPPSKDNT LTIPNAYNLQ ARASVDWSG PIEELTARIA KAAHFRFRVL GKSPSVPVLI SISTKDESLA EILRDIDYQA GKKASIHVYP NSQVVELRYA K IYS UniProtKB: DotD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |