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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21849 | |||||||||
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タイトル | Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP![]() | |||||||||
![]() | Human V-ATPase in state 3 (composite map)![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() proton-transporting two-sector ATPase complex / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang L / Wu H / Fu TM | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly. 著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu / ![]() ![]() 要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton transfer. They play important roles in acidification of intracellular vesicles, organelles, and the extracellular milieu in eukaryotes. Here, we report cryoelectron microscopy structures of human V-ATPase in three rotational states at up to 2.9-Å resolution. Aided by mass spectrometry, we build all known protein subunits with associated N-linked glycans and identify glycolipids and phospholipids in the V complex. We define ATP6AP1 as a structural hub for V complex assembly because it connects to multiple V subunits and phospholipids in the c-ring. The glycolipids and the glycosylated V subunits form a luminal glycan coat critical for V-ATPase folding, localization, and stability. This study identifies mechanisms of V-ATPase assembly and biogenesis that rely on the integrated roles of ATP6AP1, glycans, and lipids. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 165.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29.1 KB 29.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59.2 KB | ||
その他 | ![]() | 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6wm4MC ![]() 6wlwC ![]() 6wlzC ![]() 6wm2C ![]() 6wm3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multi frame micrographs of human V-ATPase in complex with SidK [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human V-ATPase in state 3 (composite map) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Human V-ATPase in state 3
ファイル | emd_21849_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Human V-ATPase in state 3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Human V-ATPase with SidK and ADP
+超分子 #1: Human V-ATPase with SidK and ADP
+分子 #1: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
+分子 #2: V-type proton ATPase subunit C 1
+分子 #3: V-type proton ATPase subunit E 1
+分子 #4: V-type proton ATPase subunit G 1
+分子 #5: V-type proton ATPase subunit e 1
+分子 #6: Ribonuclease kappa
+分子 #7: V-type proton ATPase catalytic subunit A
+分子 #8: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
+分子 #9: SidK
+分子 #10: V-type proton ATPase subunit D
+分子 #11: V-type proton ATPase subunit F
+分子 #12: V-type proton ATPase subunit S1
+分子 #13: Renin receptor
+分子 #14: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
+分子 #15: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
+分子 #16: V-type proton ATPase subunit d 1
+分子 #17: V-type proton ATPase subunit H
+分子 #18: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #19: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.1 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1000000 |