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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21561 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of human CST reveals a decameric assembly bound to telomeric DNA | |||||||||||||||||||||
マップデータ | CST decamer sharpened map with D5 symmetry refinement | |||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Lim C / Barbour AT / Zaug AJ / Goodrich KJ / McKay AE / Wuttke DS / Cech TR | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: The structure of human CST reveals a decameric assembly bound to telomeric DNA. 著者: Ci Ji Lim / Alexandra T Barbour / Arthur J Zaug / Karen J Goodrich / Allison E McKay / Deborah S Wuttke / Thomas R Cech / 要旨: The CTC1-STN1-TEN1 (CST) complex is essential for telomere maintenance and resolution of stalled replication forks genome-wide. Here, we report the 3.0-angstrom cryo-electron microscopy structure of ...The CTC1-STN1-TEN1 (CST) complex is essential for telomere maintenance and resolution of stalled replication forks genome-wide. Here, we report the 3.0-angstrom cryo-electron microscopy structure of human CST bound to telomeric single-stranded DNA (ssDNA), which assembles as a decameric supercomplex. The atomic model of the 134-kilodalton CTC1 subunit, built almost entirely de novo, reveals the overall architecture of CST and the DNA-binding anchor site. The carboxyl-terminal domain of STN1 interacts with CTC1 at two separate docking sites, allowing allosteric mediation of CST decamer assembly. Furthermore, ssDNA appears to staple two monomers to nucleate decamer assembly. CTC1 has stronger structural similarity to Replication Protein A than the expected similarity to yeast Cdc13. The decameric structure suggests that CST can organize ssDNA analogously to the nucleosome's organization of double-stranded DNA. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21561.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21561-v30.xml emd-21561.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21561_fsc.xml | 18.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21561.png | 88.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21561 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21561 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21561_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21561_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21561_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21561 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21561 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21561.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CST decamer sharpened map with D5 symmetry refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.078 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Decameric assembly of human CST complex with telomeric single-str...
全体 | 名称: Decameric assembly of human CST complex with telomeric single-stranded DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Decameric assembly of human CST complex with telomeric single-str...
超分子 | 名称: Decameric assembly of human CST complex with telomeric single-stranded DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 実験値: 2 MDa |
-分子 #1: Homo sapiens CST complex subunit CTC1
分子 | 名称: Homo sapiens CST complex subunit CTC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 2XFLAG-CTC1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKAAG RAQVPSSEQA WLEDAQVFIQ KTLCPAVKEP NVQLTPLVID CVKTVWLSQG RNQGSTLPLS YSFVSVQDLK THQRLPCCSH LSWSSSAYQA WAQEAGPNGN PLPREQLLLL GTLTDLSADL EQECRNGSLY VRDNTGVLSC ELIDLDLSWL ...文字列: MDYKDDDDKD YKDDDDKAAG RAQVPSSEQA WLEDAQVFIQ KTLCPAVKEP NVQLTPLVID CVKTVWLSQG RNQGSTLPLS YSFVSVQDLK THQRLPCCSH LSWSSSAYQA WAQEAGPNGN PLPREQLLLL GTLTDLSADL EQECRNGSLY VRDNTGVLSC ELIDLDLSWL GHLFLFPRWS YLPPARWNSS GEGHLELWDA PVPVFPLTIS PGPVTPIPVL YPESASCLLR LRNKLRGVQR NLAGSLVRLS ALVKSKQKAY FILSLGRSHP AVTHVSIIVQ VPAQLVWHRA LRPGTAYVLT ELRVSKIRGQ RQHVWMTSQS SRLLLLKPEC VQELELELEG PLLEADPKPL PMPSNSEDKK DPESLVRYSR LLSYSGAVTG VLNEPAGLYE LDGQLGLCLA YQQFRGLRRV MRPGVCLQLQ DVHLLQSVGG GTRRPVLAPC LRGAVLLQSF SRQKPGAHSS RQAYGASLYE QLVWERQLGL PLYLWATKAL EELACKLCPH VLRHHQFLQH SSPGSPSLGL QLLAPTLDLL APPGSPVRNA HNEILEEPHH CPLQKYTRLQ TPSSFPTLAT LKEEGQRKAW ASFDPKALLP LPEASYLPSC QLNRRLAWSW LCLLPSAFCP AQVLLGVLVA SSHKGCLQLR DQSGSLPCLL LAKHSQPLSD PRLIGCLVRA ERFQLIVERD VRSSFPSWKE LSMPGFIQKQ QARVYVQFFL ADALILPVPR PCLHSATPST PQTDPTGPEG PHLGQSRLFL LCHKEALMKR NFCVPPGASP EVPKPALSFY VLGSWLGGTQ RKEGTGWGLP EPQGNDDNDQ KVHLIFFGSS VRWFEFLHPG QVYRLVAPGP ATPMLFEKDG SSCISRRPLE LAGCASCLTV QDNWTLELES SQDIQDVLDA NKSLPESSLT DLLSDNFTDS LVSFSAEILS RTLCEPLVAS LWMKLGNTGA MRRCVKLTVA LETAECEFPP HLDVYIEDPH LPPSLGLLPG ARVHFSQLEK RVSRSHNVYC CFRSSTYVQV LSFPPETTIS VPLPHIYLAE LLQGGQSPFQ ATASCHIVSV FSLQLFWVCA YCTSICRQGK CTRLGSTCPT QTAISQAIIR LLVEDGTAEA VVTCRNHHVA AALGLCPREW ASLLDFVQVP GRVVLQFAGP GAQLESSARV DEPMTMFLWT LCTSPSVLRP IVLSFELERK PSKIVPLEPP RLQRFQCGEL PFLTHVNPRL RLSCLSIRES EYSSSLGILA SSC |
-分子 #2: Homo sapiens CST complex subunit STN1
分子 | 名称: Homo sapiens CST complex subunit STN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: 6xHIS-STN1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ...文字列: MHHHHHHQPG SSRCEEETPS LLWGLDPVFL AFAKLYIRDI LDMKESRQVP GVFLYNGHPI KQVDVLGTVI GVRERDAFYS YGVDDSTGVI NCICWKKLNT ESVSAAPSAA RELSLTSQLK KLQETIEQKT KIEIGDTIRV RGSIRTYREE REIHATTYYK VDDPVWNIQI ARMLELPTIY RKVYDQPFHS SALEKEEALS NPGALDLPSL TSLLSEKAKE FLMENRVQSF YQQELEMVES LLSLANQPVI HSASSDQVNF KKDTTSKAIH SIFKNAIQLL QEKGLVFQKD DGFDNLYYVT REDKDLHRKI HRIIQQDCQK PNHMEKGCHF LHILACARLS IRPGLSEAVL QQVLELLEDQ SDIVSTMEHY YTAF |
-分子 #3: Homo sapiens CST complex subunit TEN1
分子 | 名称: Homo sapiens CST complex subunit TEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: 6xHIS-TEN1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMS QLVVDICKLN QVLLNLNERS KEIFTNSSRR FRVVAQLLDI QPYDDEENEG FLCKLIVGNL PDFHAQILDD VAHFTQVKNV RLELYVSESL YRSTFDINCS NRTPELYDAV DLTVAIWNNG FINIKCEVID IEILNLEEVN ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMS QLVVDICKLN QVLLNLNERS KEIFTNSSRR FRVVAQLLDI QPYDDEENEG FLCKLIVGNL PDFHAQILDD VAHFTQVKNV RLELYVSESL YRSTFDINCS NRTPELYDAV DLTVAIWNNG FINIKCEVID IEILNLEEVN QLREFIASPM GQEFLQLSNS TGDYSQPNT |
-分子 #4: 3xTEL
分子 | 名称: 3xTEL / タイプ: dna / ID: 4 詳細: Three repeats of TTAGGG single-stranded DNA molecule 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TTAGGGTTAG GGTTAGGG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 500 mM NaCl, 15 mM imidazole, 1 mM TCEP |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | 3xTELssDNA molecules were added at 1.2-fold excess of CST monomers and incubated on ice for 2 hr before applying to EM grids. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 28053 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Two datasets of 0 deg (20,826 movies) and 30 deg (7,227 movies) stage-tilt were collected on the FEI Titan Krios. Collection was done with super-resolution CDS mode at 0.539 angstroms/pixel |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |