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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21429 | ||||||||||||
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タイトル | Density-fitted Model Structure of Antibody Variable Domains of TyTx11 in Complex with Typhoid Toxin | ||||||||||||
マップデータ | Full map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / : / endonuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen T / Song J | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2021 タイトル: Mechanisms of typhoid toxin neutralization by antibodies targeting glycan receptor binding and nuclease subunits. 著者: Changhwan Ahn / Yi-An Yang / Durga P Neupane / Tri Nguyen / Angelene F Richards / Ji Hyun Sim / Nicholas J Mantis / Jeongmin Song / 要旨: Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. ...Nearly all clinical isolates of Typhi, the cause of typhoid fever, are antibiotic resistant. All Typhi isolates secrete an AB exotoxin called typhoid toxin to benefit the pathogen during infection. Here, we demonstrate that antibiotic-resistant Typhi secretes typhoid toxin continuously during infection regardless of antibiotic treatment. We characterize typhoid toxin antibodies targeting glycan-receptor-binding PltB or nuclease CdtB, which neutralize typhoid toxin and , as demonstrated by using typhoid toxin secreted by antibiotic-resistant Typhi during human cell infection and lethal dose typhoid toxin challenge to mice. TyTx11 generated in this study neutralizes typhoid toxin effectively, comparable to TyTx4 that binds to all PltB subunits available per holotoxin. Cryoelectron microscopy explains that the binding of TyTx11 to CdtB makes this subunit inactive through CdtB catalytic-site conformational change. The identified toxin-neutralizing epitopes are conserved across all Typhi clinical isolates, offering critical insights into typhoid toxin-neutralizing strategies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21429.map.gz | 26.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21429-v30.xml emd-21429.xml | 28.4 KB 28.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21429_fsc.xml | 7.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21429.png | 54.1 KB | ||
マスクデータ | emd_21429_msk_1.map | 34.3 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21429_additional_1.map.gz emd_21429_additional_2.map.gz emd_21429_half_map_1.map.gz emd_21429_half_map_2.map.gz | 32.2 MB 2.5 MB 26.4 MB 26.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21429 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21429_validation.pdf.gz | 188.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21429_full_validation.pdf.gz | 188.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21429_validation.xml.gz | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21429_validation.cif.gz | 373 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21429 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21429 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21429_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION 3 Postprocess Map
ファイル | emd_21429_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION 3 Postprocess Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: RELION 3 Postprocess Map - Masked
ファイル | emd_21429_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | RELION 3 Postprocess Map - Masked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_21429_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_21429_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin
全体 | 名称: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin
超分子 | 名称: Complex of TyTx11 Fab with Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Map of Fab segment of IgG antibody TyTx11 in complex with purified Typhoid toxin |
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-超分子 #2: Typhoid toxin
超分子 | 名称: Typhoid toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4-#5 / 詳細: S. Typhi A2B5 toxin wild type |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-超分子 #3: TyTx11 Fab
超分子 | 名称: TyTx11 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3 / 詳細: Fab segment of IgG antibody TyTx11 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: Hybridoma |
-分子 #1: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody
分子 | 名称: Variable Domain of Kappa Chain of TyTx11 Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞: Hybridoma |
分子量 | 理論値: 11.689935 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSSSY LSVSQGDRVT ITCKASDHID NWLAWYQQKP GNAPRLLISG ATSLKTGLPS RFSGSGSGKD FSLSITNLQT EDVASYYCQ QYWRTPYTFG GGTKLEI |
-分子 #2: Pertussis like toxin subunit B
分子 | 名称: Pertussis like toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 12.563042 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EWTGDNTNAY YSDEVISELH VGQIDTSPYF CIKTVKANGS GTPVVACAVS KQSIWAPSFK ELLDQARYFY STGQSVRIHV QKNIWTYPL FVNTFSANAL VGLSSCSATQ CFGPK |
-分子 #3: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11
分子 | 名称: Variable Domain of Heavy Chain of Antibody TyTx11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 20.049723 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLQQSGPV LVKPGPSVKI SCKASGYSFI DYFMNWVMQS HGKSLEWIGR IDPYSGDTFY NQKFKGKATL TVDKSSTTAH MELRSLASE DSAVYYCARE VLNYYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSPWYI SFLKLNKIF(UNK) RE(UNK) |
-分子 #4: Pertussis toxin-like subunit ArtA
分子 | 名称: Pertussis toxin-like subunit ArtA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 25.117145 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: VDFVYRVDST PPDVIFRDGF SLLGYNRNFQ QFISGRSCSG GSSDSRYIAT TSSVNQTYAI ARAYYSRSTF KGNLYRYQIR ADNNFYSLL PSITYLETQG GHFNAYEKTM MRLQREYVST LSILPENIQK AVALVYDSAT GLVKDGVSTM NASYLGLSTT S NPGVIPFL ...文字列: VDFVYRVDST PPDVIFRDGF SLLGYNRNFQ QFISGRSCSG GSSDSRYIAT TSSVNQTYAI ARAYYSRSTF KGNLYRYQIR ADNNFYSLL PSITYLETQG GHFNAYEKTM MRLQREYVST LSILPENIQK AVALVYDSAT GLVKDGVSTM NASYLGLSTT S NPGVIPFL PEPQTYTQQR IDAFGPLISS CFSIGSVCHS HRGQRADVYN MSFYDARPVI ELILSK |
-分子 #5: Cytolethal distending toxin subunit B
分子 | 名称: Cytolethal distending toxin subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 28.149777 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: NISDYKVMTW NLQGSSASTE SKWNVNVRQL LSGTAGVDIL MVQEAGAVPT SAVPTGRHIQ PFGVGIPIDE YTWNLGTTSR QDIRYIYHS AIDVGARRVN LAIVSRQRAD NVYVLRPTTV ASRPVIGIGL GNDVFLTAHA LASGGPDAAA IVRVTINFFR Q PQMRHLSW ...文字列: NISDYKVMTW NLQGSSASTE SKWNVNVRQL LSGTAGVDIL MVQEAGAVPT SAVPTGRHIQ PFGVGIPIDE YTWNLGTTSR QDIRYIYHS AIDVGARRVN LAIVSRQRAD NVYVLRPTTV ASRPVIGIGL GNDVFLTAHA LASGGPDAAA IVRVTINFFR Q PQMRHLSW FLAGDFNRSP DRLENDLMTE HLERVVAVLA PTEPTQIGGG ILDYGVIVDR APYSQRVEAL RNPQLASDHY PV AFLARSC LEHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.0 second before plunging. | |||||||||
詳細 | Freshly prepared size-exclusion-chromatography purified complex of TyTx11 IgG and Typhoid toxin wild-type |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 63000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Initial local fitting was done using Chimera and then Coot was used for rebuilding Fab variable domains into correct sequences. Refinement was performed using Real Space Refine in PHENIX and was iterated with manual building in Coot. | ||||||||
得られたモデル | PDB-6vx4: |