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- EMDB-21372: Cryo-EM structure of stabilized HIV-1 Env trimer CAP256.wk34.c80 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21372
タイトルCryo-EM structure of stabilized HIV-1 Env trimer CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードV1V2 / VRC26 / CAP256 / HIV-1 / SOSIP / Vaccine / Superinfecting / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of Super-Potent Antibody CAP256-VRC26.25 in Complex with HIV-1 Envelope Reveals a Combined Mode of Trimer-Apex Recognition.
著者: Jason Gorman / Gwo-Yu Chuang / Yen-Ting Lai / Chen-Hsiang Shen / Jeffrey C Boyington / Aliaksandr Druz / Hui Geng / Mark K Louder / Krisha McKee / Reda Rawi / Raffaello Verardi / Yongping ...著者: Jason Gorman / Gwo-Yu Chuang / Yen-Ting Lai / Chen-Hsiang Shen / Jeffrey C Boyington / Aliaksandr Druz / Hui Geng / Mark K Louder / Krisha McKee / Reda Rawi / Raffaello Verardi / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Bob Lin / Penny L Moore / Lynn Morris / Lawrence Shapiro / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: Antibodies targeting the V1V2 apex of the HIV-1 envelope (Env) trimer comprise one of the most commonly elicited categories of broadly neutralizing antibodies. Structures of these antibodies indicate ...Antibodies targeting the V1V2 apex of the HIV-1 envelope (Env) trimer comprise one of the most commonly elicited categories of broadly neutralizing antibodies. Structures of these antibodies indicate diverse modes of Env recognition typified by antibodies of the PG9 class and the PGT145 class. The mode of recognition, however, has been unclear for the most potent of the V1V2 apex-targeting antibodies, CAP256-VRC26.25 (named for donor-lineage.clone and referred to hereafter as VRC26.25). Here, we determine the cryoelectron microscopy structure at 3.7 Å resolution of the antigen-binding fragment of VRC26.25 in complex with the Env trimer thought to have initiated the lineage. The 36-residue protruding loop of VRC26.25 displays recognition incorporating both strand-C interactions similar to the PG9 class and V1V2 apex insertion similar to the PGT145 class. Structural elements of separate antibody classes can thus intermingle to form a "combined" class, which in this case yields an antibody of extraordinary potency.
履歴
登録2020年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月11日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vrw
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21372.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.52 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.52 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.1037374 - 2.7860277
平均 (標準偏差)0.011395817 (±0.078729734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.520339.520339.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.1042.7860.011

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21372_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unnsharpened map

ファイルemd_21372_additional.map
注釈Unnsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_21372_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_21372_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2

全体名称: HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2
要素
  • 複合体: HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2

超分子名称: HIV-1 Env trimer CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.322434 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLWVTVYYGV PVWREAKTTL FCASDAKSYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ ELVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC SDAKVNATYK GTREEIKNCS FNATTELRDK KRREYALFYR LDIVPLSGEG NNNSEYRLIN C NTSVITQI ...文字列:
GLWVTVYYGV PVWREAKTTL FCASDAKSYE KEVHNVWATH ACVPTDPNPQ ELVLENVTEN FNMWKNDMVD QMHEDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLNC SDAKVNATYK GTREEIKNCS FNATTELRDK KRREYALFYR LDIVPLSGEG NNNSEYRLIN C NTSVITQI CPKVTFDPIP IHYCAPAGYA ILKCNNKTFN GTGPCNNVST VQCTHGIKPV VSTQLLLNGS LAEEEIIIRS EN LTDNVKT IIVHLNESVE ITCTRPNNMT RKSVRIGPGQ TFYALGDIIG DIRQPHCNIS EIKWEKTLQR VSEKLREHFN KTI IFNQSS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSDLFFNKT FNETYSTGSN STNSTITLPC RIKQIINMWQ EVGRAMYAPP IAGN ITCKS NITGLLLTRD GGGNNSTKET FRPGGGNMRD NWRSELYKYK VVEVKPLGIA PTECNRTVVQ RRRRRR

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.355703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVVGLGAVFL GFLGAAGSTM GAASNTLTVQ ARQLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHMLQLGV WGFKQLQARV LAIERYLEVQ QLLGMWGCS GKLICCTNVP WNSSWSNKTY NEIWDNMTWM QWDREIGNYT DTIYKLLEVS QFQQEINEKD NLTLD

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細CAP256 SU.wk34.80 SOSIP.RnS2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1760 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 74.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 34008
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nf2


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6vrw:
Cryo-EM structure of stabilized HIV-1 Env trimer CAP256.wk34.c80 SOSIP.RnS2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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