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万見
- EMDB-21143: Cryo-EM structure of octameric chicken CALHM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21143
タイトルCryo-EM structure of octameric chicken CALHM1
マップデータsharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1
試料
  • 複合体: Octameric chicken CALHM1 in EDTA
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,CALHM1 chimera
キーワードtaste / assembly / calcium / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium homeostasis modulator protein 1 / Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium homeostasis modulator 1 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Syrjanen JL / Chou TH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structure and assembly of calcium homeostasis modulator proteins.
著者: Johanna L Syrjanen / Kevin Michalski / Tsung-Han Chou / Timothy Grant / Shanlin Rao / Noriko Simorowski / Stephen J Tucker / Nikolaus Grigorieff / Hiro Furukawa /
要旨: The biological membranes of many cell types contain large-pore channels through which a wide variety of ions and metabolites permeate. Examples include connexin, innexin and pannexin, which form gap ...The biological membranes of many cell types contain large-pore channels through which a wide variety of ions and metabolites permeate. Examples include connexin, innexin and pannexin, which form gap junctions and/or bona fide cell surface channels. The most recently identified large-pore channels are the calcium homeostasis modulators (CALHMs), through which ions and ATP permeate in a voltage-dependent manner to control neuronal excitability, taste signaling and pathologies of depression and Alzheimer's disease. Despite such critical biological roles, the structures and patterns of their oligomeric assembly remain unclear. Here, we reveal the structures of two CALHMs, chicken CALHM1 and human CALHM2, by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), which show novel assembly of the four transmembrane helices into channels of octamers and undecamers, respectively. Furthermore, molecular dynamics simulations suggest that lipids can favorably assemble into a bilayer within the larger CALHM2 pore, but not within CALHM1, demonstrating the potential correlation between pore size, lipid accommodation and channel activity.
履歴
登録2019年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vam
  • 表面レベル: 3.35
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21143.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21143.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.35 / ムービー #1: 3.35
最小 - 最大-5.750904 - 13.137108
平均 (標準偏差)0.04452046 (±0.5195984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.360271.360271.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-5.75113.1370.045

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1

ファイルemd_21143_additional.map
注釈unsharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1

ファイルemd_21143_additional_1.map
注釈unsharpened map of chicken calcium homeostasis modulator protein 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric chicken CALHM1 in EDTA

全体名称: Octameric chicken CALHM1 in EDTA
要素
  • 複合体: Octameric chicken CALHM1 in EDTA
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,CALHM1 chimera

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超分子 #1: Octameric chicken CALHM1 in EDTA

超分子名称: Octameric chicken CALHM1 in EDTA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Green fluorescent protein,CALHM1 chimera

分子名称: Green fluorescent protein,CALHM1 chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 71.65782 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG AHHHHHHHHA AAMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG D TLVNRIEL ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG AHHHHHHHHA AAMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG D TLVNRIEL KGIDFKEDGN ILGHKLEYNY NSHNVYIMAD KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PD NHYLSTQ SKLSKDPNEK RDHMVLLEFV TAAGITLGMD ELYKSGLRSG LEVLFQGPEF DKFRMVFQFL QSNQESFMSG ICG IMALAS AQLYSAFDFN CPCLPRYNLA YGLGVLLVPP LILFLLGFVL NNNVSMLAEE WRRPQGQRQK DAAVLRYMFC SMVQ RAMIA PAVWVSVTLL DGKCITCAFC TSLPVEALGN ASHHGLPQGE VKRVLARIPC KEIYDGQELI ANEVAVRYLR CISQA LGWC FVLLMTTLAF LVRSLRPCFT QAVFLKSRYW SHYIDIERKL FDETCAEHAK SFAKVCIQQF FQGMSKDLTA THCHPP RKA PTDAGEASEK LLGITDWDTM NIALKSWHRC KPPLHLHPDA PHSSNGWAGE WQPHTQPHTQ PPAPRREAVA YYSGV

UniProtKB: Green fluorescent protein, Calcium homeostasis modulator 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 308916
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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