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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21130 | |||||||||
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タイトル | Structure of TRPA1 bound with A-967079, PMAL-C8 | |||||||||
マップデータ | Full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / channel activity / : / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / : ...temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / channel activity / : / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / : / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to organic cyclic compound / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to hydrogen peroxide / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao J / Lin King JV / Paulsen CE / Cheng Y / Julius D | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Irritant-evoked activation and calcium modulation of the TRPA1 receptor. 著者: Jianhua Zhao / John V Lin King / Candice E Paulsen / Yifan Cheng / David Julius / 要旨: The transient receptor potential ion channel TRPA1 is expressed by primary afferent nerve fibres, in which it functions as a low-threshold sensor for structurally diverse electrophilic irritants, ...The transient receptor potential ion channel TRPA1 is expressed by primary afferent nerve fibres, in which it functions as a low-threshold sensor for structurally diverse electrophilic irritants, including small volatile environmental toxicants and endogenous algogenic lipids. TRPA1 is also a 'receptor-operated' channel whose activation downstream of metabotropic receptors elicits inflammatory pain or itch, making it an attractive target for novel analgesic therapies. However, the mechanisms by which TRPA1 recognizes and responds to electrophiles or cytoplasmic second messengers remain unknown. Here we use strutural studies and electrophysiology to show that electrophiles act through a two-step process in which modification of a highly reactive cysteine residue (C621) promotes reorientation of a cytoplasmic loop to enhance nucleophilicity and modification of a nearby cysteine (C665), thereby stabilizing the loop in an activating configuration. These actions modulate two restrictions controlling ion permeation, including widening of the selectivity filter to enhance calcium permeability and opening of a canonical gate at the cytoplasmic end of the pore. We propose a model to explain functional coupling between electrophile action and these control points. We also characterize a calcium-binding pocket that is highly conserved across TRP channel subtypes and accounts for all aspects of calcium-dependent TRPA1 regulation, including potentiation, desensitization and activation by metabotropic receptors. These findings provide a structural framework for understanding how a broad-spectrum irritant receptor is controlled by endogenous and exogenous agents that elicit or exacerbate pain and itch. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21130.map.gz | 47.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21130-v30.xml emd-21130.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21130_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21130.png | 78.3 KB | ||
マスクデータ | emd_21130_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-21130.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_21130_half_map_1.map.gz emd_21130_half_map_2.map.gz | 59 MB 59 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21130 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21130_validation.pdf.gz | 1020.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21130_full_validation.pdf.gz | 1020 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21130_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21130_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21130 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21130_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_21130_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_21130_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRPA1 bound with A-967079, solubilized in PMAL-C8
全体 | 名称: TRPA1 bound with A-967079, solubilized in PMAL-C8 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPA1 bound with A-967079, solubilized in PMAL-C8
超分子 | 名称: TRPA1 bound with A-967079, solubilized in PMAL-C8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 127.646539 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKRSLRKMWR PGEKKEPQGV VYEDVPDDTE DFKESLKVVF EGSAYGLQNF NKQKKLKRCD DMDTFFLHYA AAEGQIELME KITRDSSLE VLHEMDDYGN TPLHCAVEKN QIESVKFLLS RGANPNLRNF NMMAPLHIAV QGMNNEVMKV LLEHRTIDVN L EGENGNTA ...文字列: MKRSLRKMWR PGEKKEPQGV VYEDVPDDTE DFKESLKVVF EGSAYGLQNF NKQKKLKRCD DMDTFFLHYA AAEGQIELME KITRDSSLE VLHEMDDYGN TPLHCAVEKN QIESVKFLLS RGANPNLRNF NMMAPLHIAV QGMNNEVMKV LLEHRTIDVN L EGENGNTA VIIACTTNNS EALQILLKKG AKPCKSNKWG CFPIHQAAFS GSKECMEIIL RFGEEHGYSR QLHINFMNNG KA TPLHLAV QNGDLEMIKM CLDNGAQIDP VEKGRCTAIH FAATQGATEI VKLMISSYSG SVDIVNTTDG CHETMLHRAS LFD HHELAD YLISVGADIN KIDSEGRSPL ILATASASWN IVNLLLSKGA QVDIKDNFGR NFLHLTVQQP YGLKNLRPEF MQMQ QIKEL VMDEDNDGCT PLHYACRQGG PGSVNNLLGF NVSIHSKSKD KKSPLHFAAS YGRINTCQRL LQDISDTRLL NEGDL HGMT PLHLAAKNGH DKVVQLLLKK GALFLSDHNG WTALHHASMG GYTQTMKVIL DTNLKCTDRL DEDGNTALHF AAREGH AKA VALLLSHNAD IVLNKQQASF LHLALHNKRK EVVLTIIRSK RWDECLKIFS HNSPGNKCPI TEMIEYLPEC MKVLLDF CM LHSTEDKSCR DYYIEYNFKY LQCPLEFTKK TPTQDVIYEP LTALNAMVQN NRIELLNHPV CKEYLLMKWL AYGFRAHM M NLGSYCLGLI PMTILVVNIK PGMAFNSTGI INETSDHSEI LDTTNSYLIK TCMILVFLSS IFGYCKEAGQ IFQQKRNYF MDISNVLEWI IYTTGIIFVL PLFVEIPAHL QWQCGAIAVY FYWMNFLLYL QRFENCGIFI VMLEVILKTL LRSTVVFIFL LLAFGLSFY ILLNLQDPFS SPLLSIIQTF SMMLGDINYR ESFLEPYLRN ELAHPVLSFA QLVSFTIFVP IVLMNLLIGL A VGDIADVQ KHASLKRIAM QVELHTSLEK KLPLWFLRKV DQKSTIVYPN KPRSGGMLFH IFCFLFCTGE IRQEIPNADK SL EMEILKQ KYRLKDLTFL LEKQHELIKL IIQKMEIISE TEDDDSHCSF QDRFKKEQME QRNSRWNTVL RAVKAKTHHL EP UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |