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万見
- EMDB-21045: Cryo-EM map of human symplekin CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21045
タイトルCryo-EM map of human symplekin CTD
マップデータhuman symplekin_CTD
試料
  • 複合体: The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR35GM118093 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM029832 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery.
著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Wei Shen Aik / Xiao-Cui Yang / William F Marzluff / Thomas Walz / Zbigniew Dominski / Liang Tong /
要旨: The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with ...The 3'-end processing machinery for metazoan replication-dependent histone precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) contains the U7 small nuclear ribonucleoprotein and shares the key cleavage module with the canonical cleavage and polyadenylation machinery. We reconstituted an active human histone pre-mRNA processing machinery using 13 recombinant proteins and two RNAs and determined its structure by cryo-electron microscopy. The overall structure is highly asymmetrical and resembles an amphora with one long handle. We captured the pre-mRNA in the active site of the endonuclease, the 73-kilodalton subunit of the cleavage and polyadenylation specificity factor, poised for cleavage. The endonuclease and the entire cleavage module undergo extensive rearrangements for activation, triggered through the recognition of the duplex between the authentic pre-mRNA and U7 small nuclear RNA (snRNA). Our study also has notable implications for understanding canonical and snRNA 3'-end processing.
履歴
登録2019年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 142.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human symplekin_CTD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 334 pix.
= 357.38 Å		1.07 Å/pix.
x 334 pix.
= 357.38 Å		1.07 Å/pix.
x 334 pix.
= 357.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0144 / ムービー #1: 0.0144
最小 - 最大-0.01852024 - 0.05167114
平均 (標準偏差)-0.00001601711 (±0.0014982913)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ334334334
Spacing334334334
セルA=B=C: 357.38 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z334334334
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.380357.380357.380
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS334334334
D min/max/mean-0.0190.052-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex

全体名称: The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex
要素
  • 複合体: The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex

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超分子 #1: The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex

超分子名称: The Symplekin C-terminal domain in histone cleavage complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 73.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 19315
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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