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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21042 | |||||||||
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タイトル | Structure of human 1G05 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
![]() | Dai YN / Fremont DH / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Antibodies Targeting Influenza B Virus Neuraminidase Active Site Are Broadly Protective. 著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / ...著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / Philip A Mudd / Viviana Simon / Rebecca J Cox / Daved H Fremont / Florian Krammer / Ali H Ellebedy / ![]() ![]() 要旨: Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). ...Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). Neuraminidase (NA), the second major surface protein on the influenza virus, is emerging as a target of broadly protective antibodies that recognize the NA active site of IAVs. However, similarly broadly protective antibodies against IBV NA have not been identified. Here, we isolated and characterized human monoclonal antibodies (mAbs) that target IBV NA from an IBV-infected patient. Two mAbs displayed broad and potent capacity to inhibit IBV NA enzymatic activity, neutralize the virus in vitro, and protect against lethal IBV infection in mice in prophylactic and therapeutic settings. These mAbs inserted long CDR-H3 loops into the NA active site, engaging residues highly conserved among IBV NAs. These mAbs provide a blueprint for the development of improved vaccines and therapeutics against IBVs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 55.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 24.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 506 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Structure of human 1G05 Fab in complex with influenza virus neura...
全体 | 名称: Structure of human 1G05 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013 |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of human 1G05 Fab in complex with influenza virus neura...
超分子 | 名称: Structure of human 1G05 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 400 KDa |
-超分子 #2: Influenza virus neuraminidase
超分子 | 名称: Influenza virus neuraminidase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: B/Phuket/3073/2013 |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Human antibody
超分子 | 名称: Human antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Neuraminidase
分子 | 名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 50.038824 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RWTYPRLSCP GSTFQKALLI SPHRFGETK GNSAPLIIRE PFIACGPKEC KHFALTHYAA QPGGYYNGTR EDRNKLRHLI SVKLGKIPTV ENSIFHMAAW S GSACHDGR ...文字列: ADPHHHHHHS SSDYSDLQRV KQELLEEVKK ELQKVKEEII EAFVQELRKR GSLVPRGSPS RWTYPRLSCP GSTFQKALLI SPHRFGETK GNSAPLIIRE PFIACGPKEC KHFALTHYAA QPGGYYNGTR EDRNKLRHLI SVKLGKIPTV ENSIFHMAAW S GSACHDGR EWTYIGVDGP DSNALLKIKY GEAYTDTYHS YAKNILRTQE SACNCIGGDC YLMITDGPAS GISECRFLKI RE GRIIKEI FPTGRVKHTE ECTCGFASNK TIECACRDNS YTAKRPFVKL NVETDTAEIR LMCTKTYLDT PRPNDGSITG PCE SDGDEG SGGIKGGFVH QRMASKIGRW YSRTMSKTKR MGMGLYVKYD GDPWTDSEAL ALSGVMVSME EPGWYSFGFE IKDK KCDVP CIGIEMVHDG GKTTWHSAAT AIYCLMGSGQ LLWDTVTGVN MTL |
-分子 #2: Antibody Fab heavy chain
分子 | 名称: Antibody Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.137275 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVRPSETLSL TCTVSGDSIG GSYWNWIRQP PGKGLQWIGY IYYTGITNYN PSLKSRVTMS LDTSKNQISL KMDSVTAAD TALYFCARGD YSGYDRDVQV ELMDVWGKGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列: QVQLQESGPG LVRPSETLSL TCTVSGDSIG GSYWNWIRQP PGKGLQWIGY IYYTGITNYN PSLKSRVTMS LDTSKNQISL KMDSVTAAD TALYFCARGD YSGYDRDVQV ELMDVWGKGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC RSLVPRGSSG HH HHHH |
-分子 #3: Antibody Fab light chain
分子 | 名称: Antibody Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.521156 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVRDKVT FVCRASQTIS IFLNWYQHKP GEAPKLLIYA ASRLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISGLQP EDFATYYCQ QSYSAPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVRDKVT FVCRASQTIS IFLNWYQHKP GEAPKLLIYA ASRLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISGLQP EDFATYYCQ QSYSAPWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #7: beta-D-mannopyranose
分子 | 名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: BMA |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BMA: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 182 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |