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- EMDB-21007: Negative stain EM map of CODH/ACS in the half-extended conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21007
タイトルNegative stain EM map of CODH/ACS in the half-extended conformation
マップデータNegative stain EM map of CODH/ACS in the half-extended conformation
試料
  • 複合体: carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Carbon monoxide dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-CoA synthase
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 46.7 Å
データ登録者Cohen SE / Brignole EJ / Drennan CL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM039451 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM008334 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Negative-Stain Electron Microscopy Reveals Dramatic Structural Rearrangements in Ni-Fe-S-Dependent Carbon Monoxide Dehydrogenase/Acetyl-CoA Synthase.
著者: Steven E Cohen / Edward J Brignole / Elizabeth C Wittenborn / Mehmet Can / Samuel Thompson / Stephen W Ragsdale / Catherine L Drennan /
要旨: The Ni-Fe-S-containing A-cluster of acetyl-coenzyme A (CoA) synthase (ACS) assembles acetyl-CoA from carbon monoxide (CO), a methyl group (CH), and CoA. To accomplish this feat, ACS must bind CoA and ...The Ni-Fe-S-containing A-cluster of acetyl-coenzyme A (CoA) synthase (ACS) assembles acetyl-CoA from carbon monoxide (CO), a methyl group (CH), and CoA. To accomplish this feat, ACS must bind CoA and interact with two other proteins that contribute the CO and CH, respectively: CO dehydrogenase (CODH) and corrinoid Fe-S protein (CFeSP). Previous structural data show that, in the model acetogen Moorella thermoacetica, domain 1 of ACS binds to CODH such that a 70-Å-long internal channel is created that allows CO to travel from CODH to the A-cluster. The A-cluster is largely buried and is inaccessible to CFeSP for methylation. Here we use electron microscopy to capture multiple snapshots of ACS that reveal previously uncharacterized domain motion, forming extended and hyperextended structural states. In these structural states, the A-cluster is accessible for methylation by CFeSP.
履歴
登録2019年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.34
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21007.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of CODH/ACS in the half-extended conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.16 Å/pix.
x 64 pix.
= 458.24 Å		7.16 Å/pix.
x 64 pix.
= 458.24 Å		7.16 Å/pix.
x 64 pix.
= 458.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.34 / ムービー #1: 5.34
最小 - 最大-6.4559746 - 11.126742
平均 (標準偏差)0.037054237 (±0.7443583)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 458.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.167.167.16
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.240458.240458.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-6.45611.1270.037

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer

全体名称: carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer
要素
  • 複合体: carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Carbon monoxide dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-CoA synthase

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超分子 #1: carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer

超分子名称: carbon monoxide dheydrogenase/acetyl-CoA synthase tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Moorella thermoacetica (バクテリア)

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分子 #1: Carbon monoxide dehydrogenase

分子名称: Carbon monoxide dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
由来(天然)生物種: Moorella thermoacetica (バクテリア)
配列文字列: MPRFRDLSHN CRPSEAPRVM EPKNRDRTVD PAVLEMLVKS KDDKVITAFD RFVAQQPQCK IGYEGICCRF CMAGPCRIKA TDGPGSRGIC GASAWTIVAR NVGLMILTGA AAHCEHGNHI AHALVEMAEG KAPDYSVKDE AKLKEVCRRV GIEVEGKSVL ELAQEVGEKA ...文字列:
MPRFRDLSHN CRPSEAPRVM EPKNRDRTVD PAVLEMLVKS KDDKVITAFD RFVAQQPQCK IGYEGICCRF CMAGPCRIKA TDGPGSRGIC GASAWTIVAR NVGLMILTGA AAHCEHGNHI AHALVEMAEG KAPDYSVKDE AKLKEVCRRV GIEVEGKSVL ELAQEVGEKA LEDFRRLKGE GEATWLMTTI NEGRKEKFRT HNVVPFGIHA SISELVNQAH MGMDNDPVNL VFSAIRVALA DYTGEHIATD FSDILFGTPQ PVVSEANMGV LDPDQVNFVL HGHNPLLSEI IVQAAREMEG EAKAAGAKGI NLVGICCTGN EVLMRQGIPL VTSFASQELA ICTGAIDAMC VDVQCIMPSI SAVAECYHTR IITTADNAKI PGAYHIDYQT ATAIESAKTA IRMAIEAFKE RKESNRPVYI PQIKNRVVAG WSLEALTKLL ATQNAQNPIR VLNQAILDGE LAGVALICGC NNLKGFQDNS HLTVMKELLK NNVFVVATGC SAQAAGKLGL LDPANVETYC GDGLKGFLKR LGEGANIEIG LPPVFHMGSC VDNSRAVDLL MAMANDLGVD TPKVPFVASA PEAMSGKAAA IGTWWVSLGV PTHVGTMPPV EGSDLIYSIL TQIASDVYGG YFIFEMDPQV AARKILDALE YRTWKLGVHK EVAERYETKL CQGY

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分子 #2: Acetyl-CoA synthase

分子名称: Acetyl-CoA synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: CO-methylating acetyl-CoA synthase
由来(天然)生物種: Moorella thermoacetica (バクテリア)
配列文字列: MTDFDKIFEG AIPEGKEPVA LFREVYHGAI TATSYAEILL NQAIRTYGPD HPVGYPDTAY YLPVIRCFSG EEVKKLGDLP PILNRKRAQV SPVLNFENAR LAGEATWYAA EIIEALRYLK YKPDEPLLPP PWTGFIGDPV VRRFGIKMVD WTIPGEAIIL GRAKDSKALA ...文字列:
MTDFDKIFEG AIPEGKEPVA LFREVYHGAI TATSYAEILL NQAIRTYGPD HPVGYPDTAY YLPVIRCFSG EEVKKLGDLP PILNRKRAQV SPVLNFENAR LAGEATWYAA EIIEALRYLK YKPDEPLLPP PWTGFIGDPV VRRFGIKMVD WTIPGEAIIL GRAKDSKALA KIVKELMGMG FMLFICDEAV EQLLEENVKL GIDYIAYPLG NFTQIVHAAN YALRAGMMFG GVTPGAREEQ RDYQRRRIRA FVLYLGEHDM VKTAAAFGAI FTGFPVITDQ PLPEDKQIPD WFFSVEDYDK IVQIAMETRG IKLTKIKLDL PINFGPAFEG ESIRKGDMYV EMGGNRTPAF ELVRTVSESE ITDGKIEVIG PDIDQIPEGS KLPLGILVDI YGRKMQADFE GVLERRIHDF INYGEGLWHT GQRNINWLRV SKDAVAKGFR FKNYGEILVA KMKEEFPAIV DRVQVTIFTD EAKVKEYMEV AREKYKERDD RMRGLTDETV DTFYSCVLCQ SFAPNHVCIV TPERVGLCGA VSWLDAKASY EINHAGPNQP IPKEGEIDPI KGIWKSVNDY LYTASNRNLE QVCLYTLMEN PMTSCGCFEA IMAILPECNG IMITTRDHAG MTPSGMTFST LAGMIGGGTQ TPGFMGIGRT YIVSKKFISA DGGIARIVWM PKSLKDFLHD EFVRRSVEEG LGEDFIDKIA DETIGTTVDE ILPYLEEKGH PALTMDPIM

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.017 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
0.1 MNaClsodium chloride
0.05 MC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
詳細: Samples were prepared by blotting protein from EM grid using filter paper, followed by multiple rounds of staining and blotting.
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified
詳細The sample was predominantly monodisperse, as seen by negative-stain TEM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 23.0 e/Å2
詳細: Images were collected as tilt pairs at 0 and 55 degrees
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 62000
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 28685
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 118 / Random conical tilt - Tilt angle: 55 degrees
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 46.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 434
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1mjg

chain_id: A

1mjg

chain_id: B

1mjg

chain_id: M

1mjg

chain_id: N
詳細Initial fitting was done using chimera and then MDFF was used for flexible fitting. Fitting was performed with rigid domains connected by flexible linkers
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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