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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20658 | |||||||||
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タイトル | Electron cryomicroscopy structure of C. albicans FAS in the KS-stalled state | |||||||||
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![]() | Fungal Fatty acid synthase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mitotic nuclear membrane biogenesis / palmitic acid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase ...mitotic nuclear membrane biogenesis / palmitic acid biosynthetic process / fatty-acyl-CoA synthase system / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / : / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Lou JW / Mazhab-Jafari MT | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Electron cryomicroscopy observation of acyl carrier protein translocation in type I fungal fatty acid synthase. 著者: Jennifer W Lou / Kali R Iyer / S M Naimul Hasan / Leah E Cowen / Mohammad T Mazhab-Jafari / ![]() 要旨: During fatty acid biosynthesis, acyl carrier proteins (ACPs) from type I fungal fatty acid synthase (FAS) shuttle substrates and intermediates within a reaction chamber that hosts multiple spatially- ...During fatty acid biosynthesis, acyl carrier proteins (ACPs) from type I fungal fatty acid synthase (FAS) shuttle substrates and intermediates within a reaction chamber that hosts multiple spatially-fixed catalytic centers. A major challenge in understanding the mechanism of ACP-mediated substrate shuttling is experimental observation of its transient interaction landscape within the reaction chamber. Here, we have shown that ACP spatial distribution is sensitive to the presence of substrates in a catalytically inhibited state, which enables high-resolution investigation of the ACP-dependent conformational transitions within the enoyl reductase (ER) reaction site. In two fungal FASs with distinct ACP localization, the shuttling domain is targeted to the ketoacyl-synthase (KS) domain and away from other catalytic centers, such as acetyl-transferase (AT) and ER domains by steric blockage of the KS active site followed by addition of substrates. These studies strongly suggest that acylation of phosphopantetheine arm of ACP may be an integral part of the substrate shuttling mechanism in type I fungal FAS. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 83.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 276.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.7 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 580.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 580.5 KB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Fatty acid synthase
全体 | 名称: Fatty acid synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Fatty acid synthase
超分子 | 名称: Fatty acid synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.6 MDa |
-分子 #1: Fatty acid synthase subunit alpha
分子 | 名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 190.261984 KDa |
配列 | 文字列: MKPEIEQELS HTLLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKQHN TERIIEIGPS PTLAGMANRT IKAKYESYDA ALSLQRQVLC YSKDAKEIY YKPDPADLAP KETPKQEEST PSAPAAATPT PAAAAAPTPA PAPASAGPVE SSSGAGSGAG AANSGGAVVD S AALDALTA ...文字列: MKPEIEQELS HTLLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKQHN TERIIEIGPS PTLAGMANRT IKAKYESYDA ALSLQRQVLC YSKDAKEIY YKPDPADLAP KETPKQEEST PSAPAAATPT PAAAAAPTPA PAPASAGPVE SSSGAGSGAG AANSGGAVVD S AALDALTA ENKKLAKQQL EVLARYLQVD LNKGSAKSFI KEKEASAVLQ KELDLWEAEH GEFYAKGIQP TFSALKSRTY DS YWNWARQ DVLSMYFDII FGKLTSVDRE TINQCIQIMN RANPTLIKFM QYHIDHCPEY KGETYKLAKR LGQQLIDNCK QVL TEDPVY KDVSRITGPK TKVSAKGNIE YEETQKDSVR KFEQYVYEMA QGGAMTKVSQ PTIQEDLARV YKAISKQASK DSKL ELQRV YEDLLKVVES SKEIETEQLT KDILQAATVP TTPTEEVDDP CTPSSDDEIA SLPDKTSIIQ PVSSTIPSQT IPFLH IQKK TKDGWEYNKK LSSLYLDGLE SAAINGLTFK DKYVLVTGAG AGSIGAEILQ GLISGGAKVI VTTSRFSKKV TEYYQN MYA RYGAAGSTLI VVPFNQGSKQ DVDALVQYIY DEPKKGGLGW DLDAIIPFAA IPENGNGLDN IDSKSEFAHR IMLTNLL RL LGAVKSKKTT DTRPAQCILP LSPNHGTFGF DGLYSESKIS LETLFNRWYS EDWGSKLTVC GAVIGWTRGT GLMSANNI I AEGIEKLGVR TFSQKEMAFN ILGLLTPEIV QLCQEEPVMA DLNGGLQFID NLKDFTSKLR TDLLETADIR RAVSIESAI EQKVVNGDNV DANYSKVMVE PRANMKFDFP TLKSYDEIKQ IAPELEGMLD LENVVVVTGF AEVGPWGNSR TRWEMEAYGE FSLEGAIEM AWIMGFIKYH NGNLKGKPYS GWVDAKTQTP IDEKDIKSKY EEEILEHSGI RLIEPELFNG YDPKKKQMIQ E VVVQHDLE PFECSKETAE QYKHEHGEKC EIFEIEESGE YTVRILKGAT LYVPKALRFD RLVAGQIPTG WDARTYGIPE DT ISQVDPI TLYVLVATVE ALLSAGITDP YEFYKYVHVS EVGNCSGSGM GGVSALRGMF KDRYADKPVQ NDILQESFIN TMS AWVNML LLSSSGPIKT PVGACATAVE SVDIGIETIL SGKAKVVLVG GYDDFQEEGS YEFANMNATS NSIEEFKHGR TPKE MSRPT TTTRNGFMEA QGSGIQVIMT ADLALKMGVP IHAVLAMTAT ATDKIGRSVP APGKGILTTA REHHGNLKYP SPLLN IEYR KRQLNKRLEQ IKSWEETELS YLQEEAELAK EEFGDEFSMH EFLKERTEEV YRESKRQVSD AKKQWGNSFY KSDPRI APL RGALAAFNLT IDDIGVASFH GTSTVANDKN ESATINNMMK HLGRSEGNPV FGVFQKYLTG HPKGAAGAWM LNGAIQI LE SGLVPGNRNA DNVDKLLEQY EYVLYPSRSI QTDGIKAVSV TSFGFGQKGA QAVVVHPDYL FAVLDRSTYE EYATKVSA R NKKTYRYMHN AITRNTMFVA KDKAPYSDEL EQPVYLDPLA RVEENKKKLV FSDKTIQSSQ SYVGEVAQKT AKALSTLNK SSKGVGVDVE LLSAINIDNE TFIERNFTGN EVEYCLNTAH PQASFTGTWS AKEAVFKALG VESKGAGASL IDIEITRDVN GAPKVILHG EAKKAAAKAG VKNVNISISH DDFQATAVAL SEF UniProtKB: Fatty acid synthase subunit alpha |
-分子 #2: Fatty acid synthase subunit beta
分子 | 名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fatty-acyl-CoA synthase system |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 228.177609 KDa |
配列 | 文字列: MSTHRPFQLT HGSIEHTLLV PNDLFFNYSQ LKDEFIKTLP EPTEGFAGDD EPSSPAELYG KFIGFISNAQ FPQIVELSLK DFESRFLDN NNDNIHSFAV KLLDDETYPT TIAKVKENIV KNYYKAVKSI NKVESNLLYH CKHDAKLVAI FGGQGNTDDY F EELRELYT ...文字列: MSTHRPFQLT HGSIEHTLLV PNDLFFNYSQ LKDEFIKTLP EPTEGFAGDD EPSSPAELYG KFIGFISNAQ FPQIVELSLK DFESRFLDN NNDNIHSFAV KLLDDETYPT TIAKVKENIV KNYYKAVKSI NKVESNLLYH CKHDAKLVAI FGGQGNTDDY F EELRELYT LYQGLIEDLL VSIAEKLNQL HPSFDKIYTQ GLNILSWLKH PETTPDQDYL LSVPVSCPVI CVIQLCHYTI TC KVLGLTP GEFRNSLKWS TGHSQGLVTA VTIAASDSWD SFLKNSLTAV SLLLFIGSRC LSTYPRTSLP PTMLQDSLDN GEG RPSPML SVRDLSIKQV EKFIEQTNSH LPREKHIAIS LINGARNLVL SGPPESLYGF NLNLRNQKAP MGLDQSRVPF SERK LKCSN RFLPIFAPFH SHLLADATEL ILDDVKEHGL SFEGLKIPVY DTFDGSDFQA LKEPIIDRVV KLITELPVHW EEATN HKAT HILDFGPGGV SGLGVLTHRN KEGTGARIIL AGTLDSNPID DEYGFKHEIF QTSADKAIKW APDWLKELRP TLVKNS EGK IYVKTKFSQL LGRAPLMVAG MTPTTVNTDI VSASLNAGYH IELAGGGYFS PVMMTRAIDD IVSRIKPGYG LGINLIY VN PFMLQWGIPL IKDLREKGYP IQSLTIGAGV PSIEVATEYI EDLGLTHLGL KPGSVDAISQ VIAIAKAHPT FPIVLQWT G GRGGGHHSFE DFHQPIIQMY SKIRRCSNIV LVAGSGFGSD EDTYPYLSGY WSEKFNYPPM PFDGVLFGSR VMTSKESHT SLAAKKLIVE CKGVPDQQWE QTYKKPTGGI ITVRSEMGEP IHKIATRGVM FWKELDDTIF NLPKNKLLDA LNKKRDHIIK KLNNDFQKP WFGKNANGVC DLQEMTYKEV ANRLVELMYV KKSHRWIDVS LRNMYGDFLR RVEERFTSSA GTVSLLQNFN Q LNEPEQFT ADFFEKFPQA GKQLISEEDC DYFLMLAARP GQKPVPFVPV LDERFEFFFK KDSLWQSEDL ESVVDEDVQR TC ILHGPVA SQYTSKVDEP IGDILNSIHE GHIARLIKEE YAGDESKIPV VEYFGGKKPA SVSATSVNII DGNQVVYEID SEL PNKQEW LDLLAGTELN WLQAFISTDR IVQGSKHVSN PLHDILTPAK HSKVTIDKKT KKLTAFENIK GDLLPVVEIE LVKP NTIQL SLIEHRTADT NPVALPFLYK YNPADGFAPI LEIMEDRNER IKEFYWKLWF GSSVPYSNDI NVEKAILGDE ITISS QTIS EFTHAIGNKC DAFVDRPGKA TLAPMDFAIV IGWKAIIKAI FPKSVDGDLL KLVHLSNGYK MITGAAPLKK GDVVST KAE IKAVLNQPSG KLVEVVGTIY REGKPVMEVT SQFLYRGEYN DYCNTFQKVT ETPVQVAFKS AKDLAVLRSK EWFHLEK DV QFDVLTFRCE STYKFKSANV YSSIKTTGQV LLELPTKEVI QVGSVDYEAG TSYGNPVTDY LSRNGKTIEE SVIFENAI P LSSGEELTSK APGTNEPYAI VSGDYNPIHV SRVFAAYAKL PGTITHGMYS SASIRALVEE WAANNVAARV RAFKCDFVG MVLPNDTLQT TMEHVGMING RKIIKVETRN VETELPVLIG EAEIEQPTTT YVFTGQGSQE QGMGMELYNS SEVAREVWDK ADRHFVNNY GFSILDIVQN NPNELTIHFG GAKGRAIRDN YIGMMFETIG EDGALKSEKI FKDIDETTTS YTFVSPTGLL S ATQFTQPA LTLMEKAAYE DIKSKGLIPS DIMFAGHSLG EYSALSSLAN VMPIESLVDV VFYRGMTMQV AVPRDELGRS NY GMVAVNP SRVSATFDDS ALRFVVDEVA NKTKWLLEIV NYNVENQQYV AAGDLRALDT LTNVLNVLKI NKIDIVKLQE QMS IEKVKE HLYEIVDEVA AKSLAKPQPI DLERGFAVIP LKGISVPFHS SYLMSGVKPF QRFLCKKIPK SSVKPQDLIG KYIP NLTAK PFELTKEYFQ SVYDLTKSEK IKSILDNWEQ YE UniProtKB: Fatty acid synthase subunit beta |
-分子 #3: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAP |
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分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAP: |
-分子 #4: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FMN |
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分子量 | 理論値: 456.344 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FMN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 24417 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: cryoSPARC2 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) |