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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20631 | |||||||||
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タイトル | Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||
マップデータ | Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / outer dynein arm / membrane-bounded organelle / outer dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / cilium movement involved in cell motility / establishment of protein localization to organelle / cilium movement / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / intracellular organelle / negative regulation of microtubule depolymerization / misfolded protein binding / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / motile cilium / microtubule associated complex / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / mitotic cytokinesis / chaperone cofactor-dependent protein refolding / microtubule-based process / cilium assembly / alpha-tubulin binding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / mitotic spindle organization / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / mitotic spindle / cilium / structural constituent of cytoskeleton / unfolded protein binding / protein refolding / microtubule / calmodulin binding / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma M / Stoyanova M / Rademacher G / Dutcher SK / Brown A / Zhang R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structure of the Decorated Ciliary Doublet Microtubule. 著者: Meisheng Ma / Mihaela Stoyanova / Griffin Rademacher / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang / 要旨: The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility ...The axoneme of motile cilia is the largest macromolecular machine of eukaryotic cells. In humans, impaired axoneme function causes a range of ciliopathies. Axoneme assembly, structure, and motility require a radially arranged set of doublet microtubules, each decorated in repeating patterns with non-tubulin components. We use single-particle cryo-electron microscopy to visualize and build an atomic model of the repeating structure of a native axonemal doublet microtubule, which reveals the identities, positions, repeat lengths, and interactions of 38 associated proteins, including 33 microtubule inner proteins (MIPs). The structure demonstrates how these proteins establish the unique architecture of doublet microtubules, maintain coherent periodicities along the axoneme, and stabilize the microtubules against the repeated mechanical stress induced by ciliary motility. Our work elucidates the architectural principles that underpin the assembly of this large, repetitive eukaryotic structure and provides a molecular basis for understanding the etiology of human ciliopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20631.map.gz | 204.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20631-v30.xml emd-20631.xml | 60.7 KB 60.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20631_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20631.png | 149.7 KB | ||
マスクデータ | emd_20631_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_20631_half_map_1.map.gz emd_20631_half_map_2.map.gz | 173.6 MB 173 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20631 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20631_validation.pdf.gz | 838.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20631_full_validation.pdf.gz | 838.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20631_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20631_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20631 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.403 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_20631_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat...
ファイル | emd_20631_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii (half map 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat...
ファイル | emd_20631_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Composite cryo-EM density map of the 48-nm repeat doublet microtubule from Chlamydomonas reinhardtii (half map 2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
+超分子 #1: Doublet microtubule from wild-type Chlamydomonas reinhardtii
+分子 #1: Tubulin beta
+分子 #2: Tubulin alpha
+分子 #3: PACRG
+分子 #4: FAP20
+分子 #5: FAP53
+分子 #6: FAP127
+分子 #7: RIB43a
+分子 #8: FAP112
+分子 #9: FAP210
+分子 #10: FAP45
+分子 #11: RIB30
+分子 #12: FAP363
+分子 #13: FAP126
+分子 #14: FAP52
+分子 #15: FAP67
+分子 #16: FAP85
+分子 #17: FAP106
+分子 #18: FAP115
+分子 #19: FAP143
+分子 #20: FAP161
+分子 #21: FAP166
+分子 #22: FAP252
+分子 #23: FAP276
+分子 #24: RIB72
+分子 #25: FAP141
+分子 #26: FAP222
+分子 #27: FAP95
+分子 #28: FAP182
+分子 #29: FAP129
+分子 #30: FAP21
+分子 #31: FAP273
+分子 #32: FAP107
+分子 #33: RIB21
+分子 #34: DC1
+分子 #35: DC2
+分子 #36: DC3
+分子 #37: FAP68
+分子 #38: FAP90
+分子 #39: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #40: MAGNESIUM ION
+分子 #41: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: HMDEKP 詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EGTA, 25 mM KCl, PH 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope is equipped with a Cs corrector エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 8314 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 38.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50 |
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得られたモデル | PDB-6u42: |