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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20508 | |||||||||
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タイトル | MscS Nanodisc with N-terminal His-Tag | |||||||||
![]() | MscS ND with N-terminal His-Tag | |||||||||
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![]() | MscS / Nanodisc / Mechanosensitive Channel of Small Conductance / Mechanosensitive / Channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / protein homooligomerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Reddy BG / Perozo E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of force-from-lipids gating in the mechanosensitive channel MscS. 著者: Bharat Reddy / Navid Bavi / Allen Lu / Yeonwoo Park / Eduardo Perozo / ![]() 要旨: Prokaryotic mechanosensitive (MS) channels open by sensing the physical state of the membrane. As such, lipid-protein interactions represent the defining molecular process underlying ...Prokaryotic mechanosensitive (MS) channels open by sensing the physical state of the membrane. As such, lipid-protein interactions represent the defining molecular process underlying mechanotransduction. Here, we describe cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the small-conductance mechanosensitive channel (MscS) in nanodiscs (ND). They reveal a novel membrane-anchoring fold that plays a significant role in channel activation and establish a new location for the lipid bilayer, shifted ~14 Å from previous consensus placements. Two types of lipid densities are explicitly observed. A phospholipid that 'hooks' the top of each TM2-TM3 hairpin and likely plays a role in force sensing, and a bundle of acyl chains occluding the permeation path above the L105 cuff. These observations reshape our understanding of force-from-lipids gating in MscS and highlight the key role of allosteric interactions between TM segments and phospholipids bound to key dynamic components of the channel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.5 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 721.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6pwnMC ![]() 6pwoC ![]() 6pwpC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: MscS Nanodisc with N-terminal His-Tag [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MscS ND with N-terminal His-Tag | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unfiltered Half Map 2
ファイル | emd_20508_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered Half Map 1
ファイル | emd_20508_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mechanosensitive Channel of Small Conductance
全体 | 名称: Mechanosensitive Channel of Small Conductance |
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要素 |
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-超分子 #1: Mechanosensitive Channel of Small Conductance
超分子 | 名称: Mechanosensitive Channel of Small Conductance / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Small-conductance mechanosensitive channel
分子 | 名称: Small-conductance mechanosensitive channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 33.094258 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV QIFSTTMRTA DGKIIVIPNG KIIAGNIINF SREPVRRNEF IIGVAYDSDI DQVKQILTNI IQSEDRILKD RE MTVRLNE LGASSINFVV RVWSNSGDLQ NVYWDVLERI KREFDAAGIS FPYPQMDVNF KRVKEDKAA UniProtKB: Small-conductance mechanosensitive channel |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-R16: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 22C. Blot Force 3 for 3 seconds. Double application with a blotting between applications.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6pwn: |