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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20221 | |||||||||
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タイトル | nhTMEM16 L302A +Ca2+ in nanodiscs | |||||||||
![]() | Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C2 symmetry. Used for model buidling. | |||||||||
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![]() | TMEM16 / scramblase / lipid transport / anoactamin | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Falzone M / Lee BC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamic modulation of the lipid translocation groove generates a conductive ion channel in Ca-bound nhTMEM16. 著者: George Khelashvili / Maria E Falzone / Xiaolu Cheng / Byoung-Cheol Lee / Alessio Accardi / Harel Weinstein / ![]() ![]() 要旨: Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein ...Both lipid and ion translocation by Ca-regulated TMEM16 transmembrane proteins utilizes a membrane-exposed hydrophilic groove. Several conformations of the groove are observed in TMEM16 protein structures, but how these conformations form, and what functions they support, remains unknown. From analyses of atomistic molecular dynamics simulations of Ca-bound nhTMEM16 we find that the mechanism of a conformational transition of the groove from membrane-exposed to occluded from the membrane involves the repositioning of transmembrane helix 4 (TM4) following its disengagement from a TM3/TM4 interaction interface. Residue L302 is a key element in the hydrophobic TM3/TM4 interaction patch that braces the open-groove conformation, which should be changed by an L302A mutation. The structure of the L302A mutant determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals a partially closed groove that could translocate ions, but not lipids. This is corroborated with functional assays showing severely impaired lipid scrambling, but robust channel activity by L302A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 224.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.8 MB 55.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 539.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 539.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C2 symmetry. Used for model buidling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0961 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with...
ファイル | emd_20221_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Final EM map for nhTMEM16 L302A/nanodisc complex with C1 symmetry. Used to analyze effects of nhTMEM16 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unfiltered map from refinement of the nhTMEM16 L302A/nanodisc....
ファイル | emd_20221_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered map from refinement of the nhTMEM16 L302A/nanodisc. Used to assist model building. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
全体 | 名称: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+ |
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要素 |
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-超分子 #1: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+
超分子 | 名称: nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the presence of Ca2+ タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 166 kDa/nm |
-分子 #1: nhTMEM16
分子 | 名称: nhTMEM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI |
分子量 | 理論値: 83.15793 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSNLKDFSQP GSGQESNFGV DFVIHYKVPA AERDEAEAGF VQLIRALTTV GLATEVRHGE NESLLVFVKV ASPDLFAKQV YRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW I KKWSSKYT ...文字列: MSNLKDFSQP GSGQESNFGV DFVIHYKVPA AERDEAEAGF VQLIRALTTV GLATEVRHGE NESLLVFVKV ASPDLFAKQV YRARLGDWL HGVRVSAPHN DIAQALQDEP VVEAERLRLI YLMITKPHNE GGAGVTPTNA KWKHVESIFP LHSHSFNKEW I KKWSSKYT LEQTDIDNIR DKFGESVAFY FAFLRSYFRF LVIPSAFGFG AWLLLGQFSY LYALLCGLWS VVFFEYWKKQ EV DLAVQWG VRGVSSIQQS RPEFEWEHEA EDPITGEPVK VYPPMKRVKT QLLQIPFALA CVVAAGALIV TCNSLEVFIN EVY SGPGKQ YLGFLPTIFL VIGTPTISGV LMGAAEKLNA MENYATVDAH DAALIQKQFV LNFMTSYMAL FFTAFVYIPF GHIL HPFLN FWRATAQTLT FSEKELPTRE FQINPARISN QMFYFTVTAQ IVNFATEVVV PYIKQQAFQK AKQLKSGSKV QEDHE EEAE FLQRVREECT LEEYDVSGDY REMVMQFGYV AMFSVAWPLA ACCFLVNNWV ELRSDALKIA ISSRRPIPWR TDSIGP WLT ALSFLSWLGS ITSSAIVYLC SNSKNGTQGE ASPLKAWGLL LSILFAEHFY LVVQLAVRFV LSKLDSPGLQ KERKERF QT KKRLLQENLG QDAAEEAAAP GIEHSEKITR EALEEEARQA SIRGHGTPEE MFWQRQRGMQ ETIEIGRRMI EQQLAAGK N GKKSAPAVPS EKAS UniProtKB: Plasma membrane channel protein |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | nhTMEM16 L302A reconstituted in nanodiscs in the absence of Ca2+ |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 70.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |