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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20125 | |||||||||
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タイトル | capsid of T5 virion | |||||||||
マップデータ | virion capsid with DNA and decoration protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | capsid / HK97-fold / dsDNA-phage / icosahedral / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | viral scaffold / T=13 icosahedral viral capsid / Phage capsid / Phage capsid family / evasion of host immune response / viral capsid / Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T5 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Huet A / Duda RL | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Capsid expansion of bacteriophage T5 revealed by high resolution cryoelectron microscopy. 著者: Alexis Huet / Robert L Duda / Pascale Boulanger / James F Conway / 要旨: The large (90-nm) icosahedral capsid of bacteriophage T5 is composed of 775 copies of the major capsid protein (mcp) together with portal, protease, and decoration proteins. Its assembly is a ...The large (90-nm) icosahedral capsid of bacteriophage T5 is composed of 775 copies of the major capsid protein (mcp) together with portal, protease, and decoration proteins. Its assembly is a regulated process that involves several intermediates, including a thick-walled round precursor prohead that expands as the viral DNA is packaged to yield a thin-walled and angular mature capsid. We investigated capsid maturation by comparing cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the prohead, the empty expanded capsid both with and without decoration protein, and the virion capsid at a resolution of 3.8 Å for the latter. We detail the molecular structure of the mcp, its complex pattern of interactions, and their evolution during maturation. The bacteriophage T5 mcp is a variant of the canonical HK97-fold with a high level of plasticity that allows for the precise assembly of a giant macromolecule and the adaptability needed to interact with other proteins and the packaged DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20125.map.gz | 613.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20125-v30.xml emd-20125.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20125_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20125.png | 316.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20125.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20125 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | virion capsid with DNA and decoration protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage T5
全体 | 名称: Escherichia phage T5 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage T5
超分子 | 名称: Escherichia phage T5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10726 / 生物種: Escherichia phage T5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 100 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: full-head / 直径: 900.0 Å / T番号(三角分割数): 13 |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T5 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 32.931359 KDa |
配列 | 文字列: AVNQSSSVEV SSESYETIFS QRIIRDLQKE LVVGALFEEL PMSSKILTML VEPDAGKATW VAASTYGTDT TTGEEVKGAL KEIHFSTYK LAAKSFITDE TEEDAIFSLL PLLRKRLIEA HAVSIEEAFM TGDGSGKPKG LLTLASEDSA KVVTEAKADG S VLVTAKTI ...文字列: AVNQSSSVEV SSESYETIFS QRIIRDLQKE LVVGALFEEL PMSSKILTML VEPDAGKATW VAASTYGTDT TTGEEVKGAL KEIHFSTYK LAAKSFITDE TEEDAIFSLL PLLRKRLIEA HAVSIEEAFM TGDGSGKPKG LLTLASEDSA KVVTEAKADG S VLVTAKTI SKLRRKLGRH GLKLSKLVLI VSMDAYYDLL EDEEWQDVAQ VGNDSVKLQG QVGRIYGLPV VVSEYFPAKA NS AEFAVIV YKDNFVMPRQ RAVTVERERQ AGKQRDAYYV TQRVNLQRYF ANGVVSGTYA AS UniProtKB: Major capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | 詳細: unspecified | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3523 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |