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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20113 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the PCV2d virus-like particle | ||||||||||||
マップデータ | PCV2d virus-like particle | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Circovirus / viral jelly roll / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Porcine circovirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Khayat R / Wen K | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2019 タイトル: Structural characterization of the PCV2d virus-like particle at 3.3 Å resolution reveals differences to PCV2a and PCV2b capsids, a tetranucleotide, and an N-terminus near the icosahedral 3-fold axes. 著者: Reza Khayat / Ke Wen / Aleksandra Alimova / Boris Gavrilov / Al Katz / Jose M Galarza / Paul Gottlieb / 要旨: Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging ...Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging genotype. The cryo-electron microscopy molecular envelope of PCV2d virus-like particles identifies differences between PCV2a, b and d genotypes that accompany the emergence of PCV2b from PCV2a, and PCV2d from PCV2b. These differences indicate that sequence analysis of genotypes is insufficient, and that it is important to determine the PCV2 capsid structure as the virus evolves. Structure-based sequence comparison demonstrate that each genotype possesses a unique combination of amino acids located on the surface of the capsid that undergo substitution. We also demonstrate that the capsid N-terminus moves in response to increasing amount of nucleic acid packaged into the capsid. Furthermore, we model a tetranucleotide between the 5- and 2-fold axes of symmetry that appears to be responsible for capsid stability. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20113.map.gz | 94.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20113-v30.xml emd-20113.xml | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20113.png | 79.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20113.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20113 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20113 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20113_validation.pdf.gz | 569 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20113_full_validation.pdf.gz | 568.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20113_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20113_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20113 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20113 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PCV2d virus-like particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Porcine circovirus 2
全体 | 名称: Porcine circovirus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Porcine circovirus 2
超分子 | 名称: Porcine circovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 85708 / 生物種: Porcine circovirus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.070059 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: YRWRRKNGIF NTRLSRTIGY TVKKTTVRTP SWNVDMMRFN INDFLPPGGG SNPLTVPFEY YRIRKVKVEF WPCSPITQGD RGVGSTAVI LDDNFVTKAN ALTYDPYVNY SSRHTITQPF SYHSRYFTPK PVLDRTIDYF QPNNKRNQLW LRLQTTGNVD H VGLGTAFE ...文字列: YRWRRKNGIF NTRLSRTIGY TVKKTTVRTP SWNVDMMRFN INDFLPPGGG SNPLTVPFEY YRIRKVKVEF WPCSPITQGD RGVGSTAVI LDDNFVTKAN ALTYDPYVNY SSRHTITQPF SYHSRYFTPK PVLDRTIDYF QPNNKRNQLW LRLQTTGNVD H VGLGTAFE NSIYDQDYNI RITMYVQFRE FNLKDPPL UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 60 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.191818 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DG)(DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4442 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |