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万見
- EMDB-20113: Structure of the PCV2d virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20113
タイトルStructure of the PCV2d virus-like particle
マップデータPCV2d virus-like particle
試料
  • ウイルス: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードCircovirus / viral jelly roll / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Khayat R / Wen K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5SC1AI114843 米国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)5G12MD007603 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Virology / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of the PCV2d virus-like particle at 3.3 Å resolution reveals differences to PCV2a and PCV2b capsids, a tetranucleotide, and an N-terminus near the icosahedral 3-fold axes.
著者: Reza Khayat / Ke Wen / Aleksandra Alimova / Boris Gavrilov / Al Katz / Jose M Galarza / Paul Gottlieb /
要旨: Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging ...Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging genotype. The cryo-electron microscopy molecular envelope of PCV2d virus-like particles identifies differences between PCV2a, b and d genotypes that accompany the emergence of PCV2b from PCV2a, and PCV2d from PCV2b. These differences indicate that sequence analysis of genotypes is insufficient, and that it is important to determine the PCV2 capsid structure as the virus evolves. Structure-based sequence comparison demonstrate that each genotype possesses a unique combination of amino acids located on the surface of the capsid that undergo substitution. We also demonstrate that the capsid N-terminus moves in response to increasing amount of nucleic acid packaged into the capsid. Furthermore, we model a tetranucleotide between the 5- and 2-fold axes of symmetry that appears to be responsible for capsid stability.
履歴
登録2019年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年9月25日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ola
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ola
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PCV2d virus-like particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.04049722 - 0.12216126
平均 (標準偏差)0.0028415734 (±0.009130166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0400.1220.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Porcine circovirus 2

全体名称: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')

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超分子 #1: Porcine circovirus 2

超分子名称: Porcine circovirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 85708 / 生物種: Porcine circovirus 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 23.070059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YRWRRKNGIF NTRLSRTIGY TVKKTTVRTP SWNVDMMRFN INDFLPPGGG SNPLTVPFEY YRIRKVKVEF WPCSPITQGD RGVGSTAVI LDDNFVTKAN ALTYDPYVNY SSRHTITQPF SYHSRYFTPK PVLDRTIDYF QPNNKRNQLW LRLQTTGNVD H VGLGTAFE ...文字列:
YRWRRKNGIF NTRLSRTIGY TVKKTTVRTP SWNVDMMRFN INDFLPPGGG SNPLTVPFEY YRIRKVKVEF WPCSPITQGD RGVGSTAVI LDDNFVTKAN ALTYDPYVNY SSRHTITQPF SYHSRYFTPK PVLDRTIDYF QPNNKRNQLW LRLQTTGNVD H VGLGTAFE NSIYDQDYNI RITMYVQFRE FNLKDPPL

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*G)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 60 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Porcine circovirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 1.191818 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4442
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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