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万見
- EMDB-2010: 3D reconstruction of a translating yeast 80S ribosome in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2010
タイトル3D reconstruction of a translating yeast 80S ribosome in complex with Dom34p and Rli1p
マップデータThis map represents a stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34 and Rli1 before sorting for P-site tRNA.
試料
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem-loop mRNA in complex with Dom34p and Rli1p
  • 複合体: S. cerevisiae 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Rli1p
  • タンパク質・ペプチド: Dom34p
キーワードtranslation / ribosome recycling / no-go mRNA decay
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / mTORC1-mediated signalling / nonfunctional rRNA decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / mTORC1-mediated signalling / nonfunctional rRNA decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of translational initiation / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / RNA endonuclease activity / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of translation / meiotic cell cycle / small-subunit processome / translational initiation / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / iron ion binding / translation / cell division / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation release factor pelota / Pelota/DOM34, N-terminal domain / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 ...Translation release factor pelota / Pelota/DOM34, N-terminal domain / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / 4Fe-4S binding domain / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL6A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Protein DOM34 / Translation initiation factor RLI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Becker T / Franckenberg S / Wickles S / Shoemaker CJ / Anger AM / Armache J-P / Sieber H / Ungewickell C / Berninghausen O / Daberkow I ...Becker T / Franckenberg S / Wickles S / Shoemaker CJ / Anger AM / Armache J-P / Sieber H / Ungewickell C / Berninghausen O / Daberkow I / Karcher A / Thomm M / Hopfner K-P / Green R / Beckmann R
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea.
著者: Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo ...著者: Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation ...Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation factor G, and several structures of bacterial recycling complexes have been determined. In the eukaryotic and archaeal kingdoms, however, recycling involves the ABC-type ATPase ABCE1 and little is known about its structural basis. Here we present cryo-electron microscopy reconstructions of eukaryotic and archaeal ribosome recycling complexes containing ABCE1 and the termination factor paralogue Pelota. These structures reveal the overall binding mode of ABCE1 to be similar to canonical translation factors. Moreover, the iron-sulphur cluster domain of ABCE1 interacts with and stabilizes Pelota in a conformation that reaches towards the peptidyl transferase centre, thus explaining how ABCE1 may stimulate peptide-release activity of canonical termination factors. Using the mechanochemical properties of ABCE1, a conserved mechanism in archaea and eukaryotes is suggested that couples translation termination to recycling, and eventually to re-initiation.
履歴
登録2011年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年2月15日-
マップ公開2012年2月17日-
更新2012年3月1日-
現状2012年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.32
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  • 原子モデル: PDB-3j16
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j16
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j16
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMBD_2010.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map represents a stalled yeast 80S ribosome in complex with Dom34 and Rli1 before sorting for P-site tRNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å		1.24 Å/pix.
x 368 pix.
= 455.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32 / ムービー #1: 0.32
最小 - 最大-0.78128618 - 1.73069727
平均 (標準偏差)0.0217575 (±0.14667007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-0.7811.7310.022

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem...

全体名称: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem-loop mRNA in complex with Dom34p and Rli1p
要素
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem-loop mRNA in complex with Dom34p and Rli1p
  • 複合体: S. cerevisiae 80S ribosome
  • タンパク質・ペプチド: Rli1p
  • タンパク質・ペプチド: Dom34p

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超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem...

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome stalled by a synthetic stem-loop mRNA in complex with Dom34p and Rli1p
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One 80S ribosome binds one Dom34p and one Rli1p
Number unique components: 3

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超分子 #1: S. cerevisiae 80S ribosome

超分子名称: S. cerevisiae 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: Baker's yeast 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

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分子 #1: Rli1p

分子名称: Rli1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ABCE1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pYES

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分子 #2: Dom34p

分子名称: Dom34p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Pelota / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pET28

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: 20 mM Tris/HCl pH 7.0, 150 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1.5 mM DTT, 0.005% Nikkol, 0.01 mg/ml Cycloheximide, 0.3% (w/v) Digitonin, 0.5 mM ADPNP
グリッド詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layer of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Final magnification of the object on the CCD image is 128200
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 5610 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダー: Dual tilt autoloader cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細mammalian Sec61 complex was added to saturate hydrophobic nascent polypeptide chains
CTF補正詳細: Wiener Filter
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: sorting for ribosome conformation and ligand presence was performed. This map represents the step after sorting for ligand presence but before sorting for p_site tRNA.
使用した粒子像数: 45700
最終 角度割当詳細: SPIDER

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3izq


Chain - Chain ID: 0
ソフトウェア名称: MDFF
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body followed by molecular dynamics flexible fitting. rigid body fitting of individual domains followed by molecular dynamics flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3j16:
Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3bk7


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: MDFF
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body followed by molecular dynamics flexible fitting. rigid body followed by molecular dynamics flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-3j16:
Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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