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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ml5 | ||||||
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タイトル | Structure of the E. coli ribosomal termination complex with release factor 2 | ||||||
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![]() | RIBOSOME / E. coli / termination of protein synthesis / release factor / cryo-eletron microscopy / angular reconstitution | ||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor activity, codon specific / translational termination / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / response to radiation / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...translation release factor activity, codon specific / translational termination / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / response to radiation / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14 Å | ||||||
![]() | Klaholz, B.P. / Pape, T. / Zavialov, A.V. / Myasnikov, A.G. / Orlova, E.V. / Vestergaard, B. / Ehrenberg, M. / van Heel, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Escherichia coli ribosomal termination complex with release factor 2. 著者: Bruno P Klaholz / Tillmann Pape / Andrey V Zavialov / Alexander G Myasnikov / Elena V Orlova / Bente Vestergaard / Måns Ehrenberg / Marin van Heel / ![]() 要旨: Termination of protein synthesis occurs when the messenger RNA presents a stop codon in the ribosomal aminoacyl (A) site. Class I release factor proteins (RF1 or RF2) are believed to recognize stop ...Termination of protein synthesis occurs when the messenger RNA presents a stop codon in the ribosomal aminoacyl (A) site. Class I release factor proteins (RF1 or RF2) are believed to recognize stop codons via tripeptide motifs, leading to release of the completed polypeptide chain from its covalent attachment to transfer RNA in the ribosomal peptidyl (P) site. Class I RFs possess a conserved GGQ amino-acid motif that is thought to be involved directly in protein-transfer-RNA bond hydrolysis. Crystal structures of bacterial and eukaryotic class I RFs have been determined, but the mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolysis remains unclear. Here we present the structure of the Escherichia coli ribosome in a post-termination complex with RF2, obtained by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Fitting the known 70S and RF2 structures into the electron density map reveals that RF2 adopts a different conformation on the ribosome when compared with the crystal structure of the isolated protein. The amino-terminal helical domain of RF2 contacts the factor-binding site of the ribosome, the 'SPF' loop of the protein is situated close to the mRNA, and the GGQ-containing domain of RF2 interacts with the peptidyl-transferase centre (PTC). By connecting the ribosomal decoding centre with the PTC, RF2 functionally mimics a tRNA molecule in the A site. Translational termination in eukaryotes is likely to be based on a similar mechanism. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 398 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 222.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABCab
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: tRNA P-SITE / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 6 NT LONG MRNA FRAGMENT / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 948280.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 Z
#6: タンパク質 | 分子量: 41300.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: EM reconstruction of the backbone trace of the ribosome 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWX
#7: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 10808.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 19種, 19分子 cdefghlmnopqrstuvwx
#27: タンパク質 | 分子量: 24736.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#28: タンパク質 | 分子量: 19283.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#29: タンパク質 | 分子量: 37412.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 26443.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 19202.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 15111.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 13369.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 15313.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: polymix buffer / pH: 7.5 / 詳細: polymix buffer | |||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: holey carbon grid at 20C; flash frozen into liquid ethan | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 電子顕微鏡法 / 詳細: Electron Microscopy |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST / 日付: 2001年9月6日 / 詳細: low dose mode |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 48000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.1 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 78 |
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解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping CTF correction of each particle as function of position in the micrograph | ||||||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: angular reconstitution, exact filtered back-projection 解像度: 14 Å / 粒子像の数: 15800 / ピクセルサイズ(公称値): 2.419 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.419 Å 倍率補正: scaling with respect to 70S crystal structure (PDB codes 1GIX and 1GIY) 詳細: iterative refinement procedure as described in Quat. Rev. of Biophysics 33, 4 (2000), pp. 307-369 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: best visual fit using the program O 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body fit of the 70S ribosome without individual fitting of proteins or RNA fragments. Rigid body fit of three individual domains of release factor RF2 keeping the ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body fit of the 70S ribosome without individual fitting of proteins or RNA fragments. Rigid body fit of three individual domains of release factor RF2 keeping the connectivity; linkers betweenn domains defined based on temperature factors of crystal structure, conserved Gly and Pro residues, proteolytic sites, and global domain architecture | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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