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万見
- PDB-1au8: HUMAN CATHEPSIN G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1au8
タイトルHUMAN CATHEPSIN G
要素CATHEPSIN G
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / INFLAMMATION / SPECIFICITY / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / N-(3-carboxypropanoyl)-L-valyl-N-[(1R)-5-amino-1-phosphonopentyl]-L-prolinamide / Chem-0H8 / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Bode, W. / Banbula, A. / Potempa, J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: HUMAN CATHEPSIN G
著者: Medrano, F.J. / Bode, W. / Banbula, A. / Potempa, J.
履歴
登録1997年9月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM RELEASED PDB ENTRY 1CGH
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: TAKEN FROM RELEASED PDB ENTRY 1CGH

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATHEPSIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9632
ポリマ－25,4841
非ポリマー4781
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.230, 63.460, 80.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CATHEPSIN G


分子量: 25484.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08311, EC: 3.4.21.20
#2: 化合物 ChemComp-0H8 / N-(3-carboxypropanoyl)-L-valyl-N-[(1R)-5-amino-1-phosphonopentyl]-L-prolinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 478.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H35N4O8P
参照: N-(3-carboxypropanoyl)-L-valyl-N-[(1R)-5-amino-1-phosphonopentyl]-L-prolinamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 18433 / % possible obs: 96.3 % / Rmerge(I) obs: 0.134

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATA/AGROVATAデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATA)データスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 -10 %
Rwork0.186 --
obs0.186 15130 97.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 31 138 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.874
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.87
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.44
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル最高解像度: 1.9 Å /
反射数%反射
Rwork15130 -
obs-97.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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