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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zz5 | ||||||
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タイトル | Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / Ribosome / A-site. double helix / restricted neomycin / cyclicneo / neocyclic | ||||||
機能・相同性 | Chem-CNY / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Q. / Zhao, F. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005 タイトル: Molecular recognition of RNA by neomycin and a restricted neomycin derivative 著者: Zhao, F. / Zhao, Q. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zz5.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zz5.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zz5_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zz5_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1zz5_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zz5_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/1zz5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The chains A and B, C and D form two double-helix RNA biological unit. The two units are related by non-crystallographic symmetry in the asymmetric unit. |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4903.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Escherichia coli (bacteria) except one residue was removed near 3' terminal #2: RNA鎖 | 分子量: 4380.691 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Escherichia coli (bacteria) except one residue was removed near 3' terminal #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CNY / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: MPD, magnesium acetate, cacodylate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9195, 0.9202, 0.9068 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 7800 / Num. obs: 6704 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 26.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 434 / % possible all: 56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.045
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