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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z39 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trichomonas vaginalis purine nucleoside phosphorylase complexed with 2'-deoxyinosine | ||||||
![]() | purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha-beta-alpha sandwich | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside phosphorylase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 2'-DEOXYINOSINE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Wang, W.H. / Wu, S.W. / Wang, C.C. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a subversive substrate of Trichomonas vaginalis purine nucleoside phosphorylase and the crystal structure of the enzyme-substrate complex. 著者: Zang, Y. / Wang, W.H. / Wu, S.W. / Ealick, S.E. / Wang, C.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | Sequence There is currently no match for the protein sequence in the standard databases |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 751.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 755.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25813.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-2ND / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG400, ethylene glycol, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9766 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→43.26 Å / Num. all: 14030 / Num. obs: 13005 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PKE 解像度: 2.6→43.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 138860.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5669 Å2 / ksol: 0.375963 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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