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万見
- PDB-1yow: human Steroidogenic Factor 1 LBD with bound Co-factor Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yow
タイトルhuman Steroidogenic Factor 1 LBD with bound Co-factor Peptide
要素
  • Steroidogenic factor 1
  • TIF2 peptide
キーワードTRANSCRIPTION / Steroidogenic factor 1 / SF1 / phospholipid / phosphatidyl ethanolamine / phosphatidyl glycerol
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / regulation of steroid biosynthetic process / luteinization / sex determination / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development ...primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / regulation of steroid biosynthetic process / luteinization / sex determination / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / female gonad development / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / adrenal gland development / calcineurin-mediated signaling / hormone-mediated signaling pathway / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYL ETHANOL / Steroidogenic factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / Juzumiene, D. / Williams, J.D. / Ingraham, H.A. / Willson, T.M. / Williams, S.P. / Montana, V. ...Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / Juzumiene, D. / Williams, J.D. / Ingraham, H.A. / Willson, T.M. / Williams, S.P. / Montana, V. / Madauss, K.P. / Moore, J. / Bynum, J.M. / Lebedeva, L. / MacKay, J.A. / Suzawa, M. / Guy, R.K. / Thornton, J.W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Structural analyses reveal phosphatidyl inositols as ligands for the NR5 orphan receptors SF-1 and LRH-1
著者: Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / MacKay, J.A. / Juzumiene, D. / Bynum, J.M. / Madauss, K.P. / Montana, V. / Lebedeva, L. / Suzawa, M. / Williams, J.D. / Williams, S.P. ...著者: Krylova, I.N. / Sablin, E.P. / Xu, R.X. / Waitt, G.M. / MacKay, J.A. / Juzumiene, D. / Bynum, J.M. / Madauss, K.P. / Montana, V. / Lebedeva, L. / Suzawa, M. / Williams, J.D. / Williams, S.P. / Guy, R.K. / Thornton, J.W. / Fletterick, R.J. / Willson, T.M. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2005年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: TIF2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5013
ポリマ－28,7842
非ポリマー7171
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.335, 73.335, 139.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor homolog 1


分子量: 27742.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A1, AD4BP, FTZF1, SF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 [DE3] / 参照: UniProt: Q13285
#2: タンパク質・ペプチド TIF2 peptide


分子量: 1041.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
#3: 化合物 ChemComp-P0E / PHOSPHATIDYL ETHANOL / (2S)-2-[(9E)-HEXADEC-9-ENOYLOXY]-3-{[HYDROXY(2-HYDROXYETHOXY)PHOSPHORYL]OXY}PROPYL (9E)-OCTADEC-9-ENOATE


分子量: 716.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H73O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M NaCitrate pH5.6, 0.2M Li2SO4, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11
シンクロトロンAPS 17-ID21.0, 0.979, 0.985
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月16日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
30.9851
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 8888 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 86.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 869 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNX library / 詳細: Simulated annealing followed by CG minimization
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 596 -Random
Rwork0.246 ---
all0.25 8898 --
obs0.25 8080 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: -0.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.302 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 0 46 96 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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