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- PDB-1ycl: Crystal Structure of B. subtilis LuxS in Complex with a Catalytic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ycl
タイトルCrystal Structure of B. subtilis LuxS in Complex with a Catalytic 2-Ketone Intermediate
要素S-ribosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / Quorum Sensing / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


S-ribosylhomocysteine lyase / S-ribosylhomocysteine lyase activity / : / quorum sensing / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-ribosylhomocysteinase (LuxS) / S-ribosylhomocysteinase (LuxS) / S-ribosylhomocysteinase (LuxS) superfamily / S-Ribosylhomocysteinase (LuxS) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KRI / S-ribosylhomocysteine lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rajan, R. / Zhu, J. / Hu, X. / Pei, D. / Bell, C.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of S-Ribosylhomocysteinase (LuxS) in Complex with a Catalytic 2-Ketone Intermediate.
著者: Rajan, R. / Zhu, J. / Hu, X. / Pei, D. / Bell, C.E.
履歴
登録2004年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-ribosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9974
ポリマ－17,5751
非ポリマー4223
水1,856103
1
A: S-ribosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: S-ribosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9958
ポリマ－35,1502
非ポリマー8456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area4490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.530, 62.530, 149.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a dimer generated by crystallographic 2-fold symmetry ( x,x-y+1,-z-1/6)

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要素

#1: タンパク質 S-ribosylhomocysteinase / Autoinducer-2 production protein luxS / AI-2 synthesis protein


分子量: 17574.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: luxS / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34667, Hydrolases; Acting on carbon-sulfur bonds; Acting on carbon-sulfur bonds
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / 詳細: Chemical Synthesis
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-KRI / (S)-2-AMINO-4-[(2S,3R)-2,3,5-TRIHYDROXY-4-OXO-PENTYL]MERCAPTO-BUTYRIC ACID


分子量: 267.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Hepes, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月30日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→16.1 Å / Num. all: 22296 / Num. obs: 22296 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClearD*TREK (MSC/RIGAKU)データスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1JVI

1jvi


解像度: 1.8→16.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 223276.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1638 9.8 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.225 16736 --
obs0.225 16736 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0285 Å2 / ksol: 0.382694 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å21.58 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----3.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→16.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1220 0 23 103 1346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 256 9.6 %
Rwork0.421 2408 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARAMSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION5KRI.PARAMKRI.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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