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- PDB-1y0g: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI YCEI PROTEIN, STRUCTURA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y0g
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI YCEI PROTEIN, STRUCTURAL GENOMICS
要素Protein yceI
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipocalin / cofactor / coenzyme / dehydrogenase / hydrolase / predicted / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / :
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0312/YceI / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8PP / Protein YceI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patskovsky, Y.V. / Strokopytov, B. / Ramagopal, U. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI YCEI PERIPLASMIC PROTEIN
著者: Patskovsky, Y.V. / Strokopytov, B. / Ramagopal, U. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_database_related / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_related.db_name ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_related.db_name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LIGAND 8PP PRESENT IN THE COORDINATES IS A LIGAND THAT HAS ...HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LIGAND 8PP PRESENT IN THE COORDINATES IS A LIGAND THAT HAS NATURALLY OCCURED AND WAS NOT ADDED DURING CRYSTALLIZATION. THE STRUCTURE OF THE 8PP LIGAND IS A PREDICTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein yceI
B: Protein yceI
C: Protein yceI
D: Protein yceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3148
ポリマ－83,7584
非ポリマー2,5564
水5,693316
1
A: Protein yceI
B: Protein yceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1574
ポリマ－41,8792
非ポリマー1,2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
2
C: Protein yceI
D: Protein yceI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1574
ポリマ－41,8792
非ポリマー1,2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.170, 41.930, 130.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A HOMODIMER, THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO HOMODIMERS

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要素

#1: タンパク質
Protein yceI


分子量: 20939.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yceI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8X2
#2: 化合物
ChemComp-8PP / 2-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYLDOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL]PHENOL


分子量: 639.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H70O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1.5418 / 波長: 0.9864 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.98641
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 42065 / Num. obs: 42065 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3976 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BRUTEモデル構築
CNS1精密化
BRUTE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FU6

1fu6


解像度: 2.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 273430.28 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1175 3.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.244 42065 --
obs0.228 38523 91.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.345 Å2 / ksol: 0.300653 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3 Å20 Å22.21 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3---2.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5292 0 188 316 5796
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.49
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.113
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.763.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.614.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 166 3.1 %
Rwork0.286 5191 -
obs-5191 77.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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