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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xym | ||||||
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タイトル | THE ROLE OF THE DIVALENT METAL ION IN SUGAR BINDING, RING OPENING, AND ISOMERIZATION BY D-XYLOSE ISOMERASE: REPLACEMENT OF A CATALYTIC METAL BY AN AMINO-ACID | ||||||
要素 | XYLOSE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces olivochromogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Allen, K.N. / Lavie, A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Role of the divalent metal ion in sugar binding, ring opening, and isomerization by D-xylose isomerase: replacement of a catalytic metal by an amino acid. 著者: Allen, K.N. / Lavie, A. / Glasfeld, A. / Tanada, T.N. / Gerrity, D.P. / Carlson, S.C. / Farber, G.K. / Petsko, G.A. / Ringe, D. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Isotopic Exchange Plus Substrate and Inhibition Kinetics of D-Xylose Isomerase Do not Support a Proton-Transfer Mechanism 著者: Allen, K.N. / Lavie, A. / Farber, G.K. / Glasfeld, A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: X-Ray Crystallographic Structures of D-Xylose Isomerase-Substrate Complexes Position the Substrate and Provide Evidence for Metal Movement During Catalysis 著者: Lavie, A. / Allen, K.N. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *SA1*, *SA2*, *SB1*, AND *SB2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *SA1*, *SA2*, *SB1*, AND *SB2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. THESE ARE REPRESENTED AS NINE-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS OF EACH SHEET ARE IDENTICAL. THERE ARE SEVERAL BIFURCATED SHEETS IN THIS STRUCTURE. THESE ARE REPRESENTED BY TWO SHEETS WHICH HAVE ONE OR MORE IDENTICAL STRANDS. SHEETS *SA1* AND *SB1* REPRESENT ONE BIFURCATED SHEET. SHEETS *SA2* AND *SB2* REPRESENT ANOTHER BIFURCATED SHEET. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xym.cif.gz | 218.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xym.ent.gz | 174.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xym.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xym_validation.pdf.gz | 400.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xym_full_validation.pdf.gz | 416.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xym_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xym_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/1xym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/1xym | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 186 / 2: CIS PROLINE - PRO B 886 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99927, 0.03829, -0.00045), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42844.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces olivochromogenes (バクテリア) 参照: UniProt: P15587, xylose isomerase #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE REPORTED HERE DISAGREES WITH THAT ORIGINALLY REPORTED (FARBER ET AL., BIOCHEMISTRY V. ...THE SEQUENCE REPORTED HERE DISAGREES WITH THAT ORIGINALLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 57060 / Observed criterion σ(I): 0 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 46227 / Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rwork: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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