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万見
- PDB-1xc7: Binding of beta-D-glucopyranosyl bismethoxyphosphoramidate to gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xc7
タイトルBinding of beta-D-glucopyranosyl bismethoxyphosphoramidate to glycogen phosphorylase b: Kinetic and crystallographic studies
要素Glycogen phosphorylase, muscle form
キーワードTRANSFERASE / glycogenolysis / type 2 diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / : / : / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GL6 / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Kardakaris, R. / Bischler, N. / Leonidas, D.D. / Kannan, T. / Loganathan, D. / Oikonomakos, N.G.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Binding of beta-d-glucopyranosyl bismethoxyphosphoramidate to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies
著者: Chrysina, E.D. / Kosmopoulou, M.N. / Kardakaris, R. / Bischler, N. / Leonidas, D.D. / Kannan, T. / Loganathan, D. / Oikonomakos, N.G.
#1: ジャーナル: BIOCATAL.BIOTRANSFOR. / 年: 2003
タイトル: Crystallographic studies on alpha and beta-D-glucopyranosyl formamide analogues, inhibitors of glycogen phosphorylase
著者: Chrysina, E.D. / Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Kosmopoulou, M.N. / Bischler, N. / Leonidas, D. / Kovacs, L. / Docsa, T. / Gergely, P. / Somsak, L.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Binding of N-acetyl-N '-beta-D-glucopyranosyl urea and N-benzoyl-N '-beta-D-glucopyranosyl urea to glycogen phosphorylase b: kinetic and crystallographic studies
著者: Oikonomakos, N.G. / Kosmopoulou, M. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D. / Chrysina, E.D. / Somsak, L. / Nagy, V. / Praly, J.P. / Docsa, T. / Toth, B. / Gergely, P.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9224
ポリマ－97,2911
非ポリマー6303
水6,395355
1
A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,8438
ポリマ－194,5822
非ポリマー1,2616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7080 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area57330 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.733, 128.733, 116.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1320-

HOH

21A-1345-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase


分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Muscle / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 糖 ChemComp-GL6 / N-(dimethoxyphosphoryl)-beta-D-glucopyranosylamine / N-β-D-グルコピラノシルアミドりん酸ジメチル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 287.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18NO8P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8, SMALL TUBES, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Daresbury / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. all: 84865 / Num. obs: 84865 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1.83 / Observed criterion σ(I): 1.83 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4137 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→29.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3256777.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 4305 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 84727 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.8336 Å2 / ksol: 0.332471 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2--4.61 Å20 Å2
3----7.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6583 0 38 355 6976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.32.5
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 729 5.3 %
Rwork0.251 13129 -
obs--97.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLP.PARAMPLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DL-1B_SMALL.PARAMDL-1B_SMALL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.SULPHATETOP.SULPHATE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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