[日本語] English
万見
- PDB-1x92: CRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PHOSPHOHEPTOSE ISOMER... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x92
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE IN COMPLEX WITH REACTION PRODUCT D-GLYCERO-D-MANNOPYRANOSE-7-PHOSPHATE
要素PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / MIDWEST CENTRE FOR STRUCTURAL GENOMICS / SIS Domain / a/b protein / lipopolysaccharide biosynthesis / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoheptose isomerase / GmhA/DiaA / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M7P / Phosphoheptose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Walker, J.R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and function of sedoheptulose-7-phosphate isomerase, a critical enzyme for lipopolysaccharide biosynthesis and a target for antibiotic adjuvants.
著者: Taylor, P.L. / Blakely, K.M. / de Leon, G.P. / Walker, J.R. / McArthur, F. / Evdokimova, E. / Zhang, K. / Valvano, M.A. / Wright, G.D. / Junop, M.S.
#1: ジャーナル: Microbiology / 年: 2002
タイトル: Novel pathways for biosynthesis of nucleotide-activated glycero-manno-heptose precursors of bacterial glycoproteins and cell surface polysaccharides
著者: Valvano, M.A. / Messner, P. / Kosma, P.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Biosynthesis of inner core lipopolysaccharide in enteric bacteria identification and characterization of a conserved phosphoheptose isomerase
著者: Brooke, J.S. / Valvano, M.A.
履歴
登録2004年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8374
ポリマ－43,2572
非ポリマー5802
水3,531196
1
A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
B: PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6758
ポリマ－86,5144
非ポリマー1,1614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area17400 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.338, 126.338, 113.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The second part of the assembly can be generated by apply the matrix: 0.5000 0.8660 0.0000 0.8660 -.5000 0.0000 0.0000 0.0000 -1.000 63.1685 -109.4127 -18.8724

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASE / APC5045


分子量: 21628.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lpcA, gmhA / プラスミド: modified pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9HVZ0
#2: 糖 ChemComp-M7P / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / D-GLYCERO-D-MANNOPYRANOSE-7-PHOSPHATE / 7-O-phosphono-D-glycero-alpha-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-D-manno-heptose / 7-O-phosphono-D-glycero-manno-heptose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 290.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O10P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: D-SEDOHEPTULOSE-7-PHOSPHATE, AMMONIUM SULPHATE, K/NA TARTRATE, NA CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.07229 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111)DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07229 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 24669 / Num. obs: 24669 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 25.03
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 6.17 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE DETERMINED BY MAD PHASING IN SPACEGROUP P21212

解像度: 2.3→39.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2787370.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1222 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 24221 99.9 %-
all-24221 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.4621 Å2 / ksol: 0.353441 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.75 Å21.56 Å20 Å2
2---4.75 Å20 Å2
3---9.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 36 196 3200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 190 4.8 %
Rwork0.192 3752 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SP7F_2_PRO.PARAMSP7F_2_PRO.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る