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- PDB-1wap: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN IN COMPLEX WITH L-TRYPTOPHAN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wap
タイトルTRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN IN COMPLEX WITH L-TRYPTOPHAN
要素TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
キーワードRNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN / TRP OPERON / BACILLUS SUBTILIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of translational initiation / DNA-templated transcription termination / RNA binding
類似検索 - 分子機能
TRAP-like / Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Transcription attenuation protein MtrB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Gollnick, P.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The structure of trp RNA-binding attenuation protein.
著者: Antson, A.A. / Otridge, J. / Brzozowski, A.M. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Smith, T.M. / Yang, M. / Kurecki, T. / Gollnick, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: 11-Fold Symmetry of the Trp RNA-Binding Attenuation Protein (Trap)from Bacillus Subtilis Determined by X-Ray Analysis
著者: Antson, A.A. / Brzozowski, A.M. / Dodson, E.J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Kurecki, T. / Otridge, J. / Gollnick, P.
履歴
登録1995年2月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Derived calculations
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
B: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
C: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
I: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
J: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
K: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
L: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,04944
ポリマ－183,55722
非ポリマー4,49322
水36,4982026
1
A: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
B: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
C: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
D: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
E: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
F: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
G: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
H: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
I: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
J: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
K: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,02522
ポリマ－91,77811
非ポリマー2,24611
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24430 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
2
L: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
M: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
N: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
O: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
P: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
Q: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
R: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
S: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
T: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
U: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
V: TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,02522
ポリマ－91,77811
非ポリマー2,24611
水19811
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24680 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.910, 114.440, 105.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-133-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ...
TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN


分子量: 8343.479 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞株: BG2087 / 遺伝子: MTRB / プラスミド: PTZMTRAB / 遺伝子 (発現宿主): MTRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG62052/PGP1-2 / 参照: UniProt: P19466
#2: 化合物...
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1994年6月16日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 147134 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 147134 / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 --
Rwork0.178 --
obs0.178 147134 97.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11478 0 330 2026 13834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0420.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2471.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9172.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.0734
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.5686
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1720.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.6845
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.0810
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor36.0515
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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