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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v54 | ||||||
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タイトル | Bovine heart cytochrome c oxidase at the fully oxidized state | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / cytochrome-c oxidase / : / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. ...Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. / Ishimura, Y. / Yoshikawa, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2003 タイトル: The low-spin heme of cytochrome c oxidase as the driving element of the proton-pumping process. 著者: Tsukihara, T. / Shimokata, K. / Katayama, Y. / Shimada, H. / Muramoto, K. / Aoyama, H. / Mochizuki, M. / Shinzawa-Itoh, K. / Yamashita, E. / Yao, M. / Ishimura, Y. / Yoshikawa, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v54.cif.gz | 824.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v54.ent.gz | 670.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v54_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v54_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1v54_validation.xml.gz | 111.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v54_validation.cif.gz | 151.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 12種, 24分子 ANBOCPERFSGTHUIVJWKXLYMZ
#1: タンパク質 | 分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase #2: タンパク質 | 分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P68530, cytochrome-c oxidase #3: タンパク質 | 分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00415, cytochrome-c oxidase #5: タンパク質 | 分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00426, cytochrome-c oxidase #6: タンパク質 | 分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00428, cytochrome-c oxidase #7: タンパク質 | 分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P07471, cytochrome-c oxidase #8: タンパク質 | 分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00429, cytochrome-c oxidase #9: タンパク質 | 分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P04038, cytochrome-c oxidase #10: タンパク質 | 分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P07470, cytochrome-c oxidase #11: タンパク質 | 分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P13183, cytochrome-c oxidase #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00430, cytochrome-c oxidase #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P10175, cytochrome-c oxidase |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 DQ
#27: 糖 | #4: タンパク質 | 分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: heart / 参照: UniProt: P00423, cytochrome-c oxidase |
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-非ポリマー , 14種, 2020分子
#14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-HEA / #18: 化合物 | ChemComp-TGL / #19: 化合物 | ChemComp-PGV / ( #20: 化合物 | #21: 化合物 | ChemComp-CHD / #22: 化合物 | ChemComp-CDL / #23: 化合物 | ChemComp-PEK / ( #24: 化合物 | #25: 化合物 | #26: 化合物 | #28: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.76 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Yoshikawa, S., (1998) Science, 280, 1723. |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 200 Å / Num. obs: 604170 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6 % / Num. measured all: 3614983 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 59168 / Num. measured obs: 227862 / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40 Å 詳細: The (FO-FC) difference Fourier map shows a residual density between heme a3 iron and CuB.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.312 |