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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v45 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human PNP complexed with 3-deoxyguanosine | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / drug design / synchrotron | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / inosine catabolic process / deoxyadenosine catabolic process / nucleotide biosynthetic process / dAMP catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / inosine catabolic process / deoxyadenosine catabolic process / nucleotide biosynthetic process / dAMP catabolic process / urate biosynthetic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / nucleoside binding / guanosine phosphorylase activity / Purine catabolism / allantoin metabolic process / Purine salvage / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / response to xenobiotic stimulus / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
データ登録者 | Canduri, F. / Dos Santos, D.M. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / De Azevedo Jr., W.F. / Basso, L.A. / Santos, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Structure of human PNP complexed with ligands. 著者: Canduri, F. / Silva, R.G. / dos Santos, D.M. / Palma, M.S. / Basso, L.A. / Santos, D.S. / de Azevedo Jr., W.F. #1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Human Purine Nucleoside Phosphorylase at 2.3A Resolution 著者: De Azevedo Jr., W.F. / Canduri, F. / Dos Santos, D.M. / Silva, R.G. / De Oliveira, J.S. / De Carvalho, L.P. / Basso, L.A. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / Santos, D.S. #2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase complexed with acyclovir 著者: Dos Santos, D.M. / Canduri, F. / Pereira, J.H. / Dias, M.V.B. / Silva, R.G. / Mendes, M.A. / Palma, M.S. / Basso, L.A. / De Azevedo, W.F. / Santos, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v45.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v45.ent.gz | 52.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v45.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v45 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32053.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-23A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-3DG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.883 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: AMMONIUM SULFATE, CITRATE, pH 5.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 / 波長: 1.431 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月26日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.431 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.86→48.79 Å / Num. obs: 13192 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 2.86→3.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PWY 解像度: 2.86→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→8 Å
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