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- PDB-1uhl: Crystal structure of the LXRalfa-RXRbeta LBD heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uhl
タイトルCrystal structure of the LXRalfa-RXRbeta LBD heterodimer
要素
  • 10-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 2
  • Oxysterols receptor LXR-alpha
  • Retinoic acid receptor RXR-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ligand-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / sterol response element binding / negative regulation of macrophage activation / negative regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / sterol homeostasis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity ...negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / sterol response element binding / negative regulation of macrophage activation / negative regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / sterol homeostasis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / triglyceride homeostasis / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of cholesterol transport / apoptotic cell clearance / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cholesterol binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of protein metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of lipid biosynthetic process / transcription regulator inhibitor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of proteolysis / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / VLDLR internalisation and degradation / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / nuclear body
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Liver X receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-444 / Chem-MEI / Retinoic acid receptor RXR-beta / Oxysterols receptor LXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Svensson, S. / Ostberg, T. / Jacobsson, M. / Norstrom, C. / Stefansson, K. / Hallen, D. / Johansson, I.C. / Zachrisson, K. / Ogg, D. / Jendeberg, L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the heterodimeric complex of LXRalpha and RXRbeta ligand-binding domains in a fully agonistic conformation
著者: Svensson, S. / Ostberg, T. / Jacobsson, M. / Norstrom, C. / Stefansson, K. / Hallen, D. / Johansson, I.C. / Zachrisson, K. / Ogg, D. / Jendeberg, L.
履歴
登録2003年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-alpha
C: 10-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 2
D: 10-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6196
ポリマ－56,8704
非ポリマー7502
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.634, 88.996, 90.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-beta / Retinoid X receptor


分子量: 26224.244 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 298-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P28702
#2: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-alpha / Liver X receptor alpha / Nuclear orphan receptor LXR-alpha


分子量: 28092.203 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 206-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13133

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide from Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 1276.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized / 参照: UniProt: Q15596

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非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-MEI / (2E,4E)-11-METHOXY-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,4-DIENOIC ACID / METOPRENIC ACID / (2Z,4E,7S)-11-メトキシ-3,7,11-トリメチル-2,4-ドデカジエン酸


分子量: 268.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H28O3
#5: 化合物 ChemComp-444 / N-(2,2,2-TRIFLUOROETHYL)-N-{4-[2,2,2-TRIFLUORO-1-HYDROXY-1-(TRIFLUOROMETHYL)ETHYL]PHENYL}BENZENESULFONAMIDE / T-0901317


分子量: 481.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12F9NO3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 305 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 305K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.65 Å / Num. all: 12550 / Num. obs: 12550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DKF

1dkf


解像度: 2.9→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 18.823 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.537 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32649 638 5.1 %RANDOM
Rwork0.21872 ---
all0.22394 12550 --
obs0.2239 12550 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 50 12 3707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0213762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7761.9785082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.6185445
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.22012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0161.52259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9323644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0831503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0854.51438
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.559 49
Rwork0.263 839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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