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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uaq | ||||||
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タイトル | The crystal structure of yeast cytosine deaminase | ||||||
![]() | cytosine deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta-alpha | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytidine metabolic process / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / cytosine deaminase / pyrimidine-containing compound salvage / : / cytosine deaminase activity / UMP salvage / cytosine metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ko, T.-P. / Lin, J.-J. / Hu, C.-Y. / Hsu, Y.-H. / Wang, A.H.-J. / Liaw, S.-H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of yeast cytosine deaminase. Insights into enzyme mechanism and evolution 著者: Ko, T.-P. / Lin, J.-J. / Hu, C.-Y. / Hsu, Y.-H. / Wang, A.H.-J. / Liaw, S.-H. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of yeast cytosine deaminase 著者: Hsu, Y.-H. / Hu, C.-Y. / Lin, J.-J. / Liaw, S.-H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17530.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: fcy1 / プラスミド: pET-6H / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: isopropanol, PEG4000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Hsu, Y.-H., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 950. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: the rotated-inclined double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 42187 / Num. obs: 42187 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3945 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 277542 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 91.2 % / Num. unique obs: 3945 / Num. measured obs: 18894 / Rmerge(I) obs: 0.338 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.313 / Rfactor Rwork: 0.268 / Num. reflection obs: 3157 |