PDB-2o3k: Yeast Cytosine Deaminase D92E Triple Mutant bound to transition s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o3k

タイトル

Yeast Cytosine Deaminase D92E Triple Mutant bound to transition state analogue HPY

要素

Cytosine deaminase

キーワード

HYDROLASE / Homodimer / Transition State Analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity / cytosine deaminase / cytosine deaminase activity / UMP salvage / cytosine metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Korkegian, A.M. / Stoddard, B.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Yeast Cytosine Deaminase D92E Triple Mutant bound to transition state analogue HPY
著者: Stolworthy, T. / Korkegian, A.M. / Willmon, C. / Stoddard, B.L. / Black, M.E.

履歴

登録	2006年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o3k.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o3k.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/2o3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ysbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y51-d 5p64-d 5p20-d 4l6b-d 4y37-d 5c1q-d 5p8e-d 4kup-d 1rb7-d 5p8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosine deaminase

B: Cytosine deaminase

ヘテロ分子

36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.916, 69.090, 74.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytosine deaminase / Cytosine aminohydrolase 分子量: 17831.359 Da / 分子数: 2 / 変異: A23L, D92E, V108I, I140L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: FCY1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: Q12178, cytosine deaminase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-HPY / 4-HYDROXY-3,4-DIHYDRO-1H-PYRIMIDIN-2-ONE 分子量: 114.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 23% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, 0.1 M Calcium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13334 / Num. obs: 13334 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / R_sym value: 0.078 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.517 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.587

	最高解像度	最低解像度
Translation	1.6 Å	20 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR	2.5	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YSB

1ysb

解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1355	10.2 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.204	13204	99.3 %	-
all	-	13334	-	-

溶媒の処理

B_sol: 59.535 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.793 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.296 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.503 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2396	0	19	133	2548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.75
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.164	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.813	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.015	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.905	2.5

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used
2.3-2.33	0.267	50	0.206	443	X-RAY DIFFRACTION	27
2.33-2.36	0.263	48	0.198	422	X-RAY DIFFRACTION	27
2.36-2.39	0.279	43	0.209	433	X-RAY DIFFRACTION	27
2.39-2.43	0.297	60	0.209	391	X-RAY DIFFRACTION	27
2.43-2.46	0.288	58	0.212	430	X-RAY DIFFRACTION	27
2.46-2.5	0.284	43	0.206	421	X-RAY DIFFRACTION	27
2.5-2.54	0.316	53	0.22	443	X-RAY DIFFRACTION	27
2.54-2.59	0.286	61	0.196	407	X-RAY DIFFRACTION	27
2.59-2.63	0.296	43	0.202	445	X-RAY DIFFRACTION	27
2.63-2.68	0.298	58	0.225	427	X-RAY DIFFRACTION	27
2.68-2.74	0.283	40	0.219	441	X-RAY DIFFRACTION	27
2.74-2.8	0.296	50	0.203	433	X-RAY DIFFRACTION	27
2.8-2.86	0.237	47	0.209	424	X-RAY DIFFRACTION	27
2.86-2.93	0.229	41	0.188	443	X-RAY DIFFRACTION	27
2.93-3.01	0.324	33	0.194	449	X-RAY DIFFRACTION	27
3.01-3.1	0.254	43	0.229	455	X-RAY DIFFRACTION	27
3.1-3.2	0.264	56	0.213	432	X-RAY DIFFRACTION	27
3.2-3.32	0.243	54	0.196	434	X-RAY DIFFRACTION	27
3.32-3.45	0.243	46	0.194	436	X-RAY DIFFRACTION	27
3.45-3.61	0.271	70	0.201	426	X-RAY DIFFRACTION	27
3.61-3.8	0.209	45	0.178	439	X-RAY DIFFRACTION	27
3.8-4.03	0.212	45	0.193	470	X-RAY DIFFRACTION	27
4.03-4.35	0.23	55	0.192	430	X-RAY DIFFRACTION	27
4.35-4.78	0.221	56	0.166	453	X-RAY DIFFRACTION	27
4.78-5.47	0.185	46	0.187	460	X-RAY DIFFRACTION	27
5.47-6.89	0.267	55	0.239	467	X-RAY DIFFRACTION	27
6.89-50	0.311	56	0.269	495	X-RAY DIFFRACTION	27

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION	4	dhp.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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