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- PDB-1tvk: The binding mode of epothilone A on a,b-tubulin by electron cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tvk
タイトルThe binding mode of epothilone A on a,b-tubulin by electron crystallography
要素
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / STRUCTURAL PROTEIN / epothilone / taxol / ligand interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity ...positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EPOTHILONE A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1D chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Nettles, J.H. / Li, H. / Cornett, B. / Krahn, J.M. / Snyder, J.P. / Downing, K.H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: The binding mode of epothilone A on alpha,beta-tubulin by electron crystallography.
著者: James H Nettles / Huilin Li / Ben Cornett / Joseph M Krahn / James P Snyder / Kenneth H Downing /
要旨: The structure of epothilone A, bound to alpha,beta-tubulin in zinc-stabilized sheets, was determined by a combination of electron crystallography at 2.89 angstrom resolution and nuclear magnetic ...The structure of epothilone A, bound to alpha,beta-tubulin in zinc-stabilized sheets, was determined by a combination of electron crystallography at 2.89 angstrom resolution and nuclear magnetic resonance-based conformational analysis. The complex explains both the broad-based epothilone structure-activity relationship and the known mutational resistance profile. Comparison with Taxol shows that the longstanding expectation of a common pharmacophore is not met, because each ligand exploits the tubulin-binding pocket in a unique and independent manner.
履歴
登録2004年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 240 EXPERIMENT TYPE : ELECTRON DIFFRACTION ELECTRON MICROSCOPE SAMPLE SAMPLE AGGREGATION STATE : TWO- ... EXPERIMENT TYPE : ELECTRON DIFFRACTION ELECTRON MICROSCOPE SAMPLE SAMPLE AGGREGATION STATE : TWO-DIMENSIONAL NAME OF SAMPLE : CRYSTAL TUBULIN- : EPOTHILONE A COMPLEX SAMPLE CONCENTRATION : 2MG/ML SAMPLE SUPPORT DETAILS : CONTINUOUS CARBON FILM SAMPLE VITRIFICATION DETAILS : TANNIC ACID AND GLUCOSE : EMBEDDING AND THEN : LIQUID NITROGEN : FREEZING SAMPLE BUFFER : 60mM MES, pH5.3, : 150mM NaCl, 2.5mM GTP, : 1mM MgSO4, 1mM ZnSO4, : 0.02mg/ml Pepstatin. PH : PH=5.3 SAMPLE DETAILS: NULL DATA ACQUISITION DATE OF EXPERIMENT : 1999-2000 NUMBER OF MICROGRAPHS-IMAGES : NULL TEMPERATURE (KELVIN) : 100.00 MICROSCOPE MODEL : JEOL 4000EX DETECTOR TYPE : GATAN 794 MINIMUM DEFOCUS (NM) : NULL MAXIMUM DEFOCUS (NM) : NULL MINIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : 15.00 MAXIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : 55.00 NOMINAL CS : NULL IMAGING MODE : DIFFRACTION ELECTRON DOSE (ELECTRONS NM**-2) : 1000.00 ILLUMINATION MODE : LOW-DOSE NOMINAL MAGNIFICATION : NULL CAMERA LENGTH : 150 CM CALIBRATED MAGNIFICATION : NULL SOURCE : LaB6 ACCELERATION VOLTAGE (KV) : 400 IMAGING DETAILS: A WEAK ELECTRON BEAM AND LONG EXPOSURE TIME (40-60S) WERE USED TO MINIMIZE THE VERTICAL BLOOMING STREAK IN THE DIFFRACTION PATTERN RECORDED WITH THE CCD CAMERA. A PATENT APPLICATION IS PENDING WITH RESPECT TO THESE COORDINATES. CONTACT EMORY UNIVERSITY OFFICE OF TECHNOLOGY TRANSFER FOR COMMERCIAL APPLICATIONS OR LICENSING OPPORTUNIES HTTP://WWW.OTT.EMORY.EDU CONTACT JHN FOR QUESTIONS REGARDING COORDINATES AND PROCESSING JHN@WELLYES.COM
Remark 400 COMPOUND THE MODEL OF THE A,B-TUBULIN/EPOTHILONE A COMPLEX WAS DERIVED USING HIGH RESOLUTION ... COMPOUND THE MODEL OF THE A,B-TUBULIN/EPOTHILONE A COMPLEX WAS DERIVED USING HIGH RESOLUTION ELECTRON DIFFRACTIONS FROM TWO DIMENSIONAL CRYSTALS OF TUBULIN INDUCED BY THE PRESENCE OF ZN++ IONS. DEPOSITED ARE COORDINATES FOR EPOTHILONE A BOUND TO AB-TUBULIN DIMER IN THE ZINC-INDUCED SHEETS. THE LIGAND MODEL WAS FIT INTO A DENSITY MAP FOR WHICH THE RESOLUTION IN THE PLANE OF THE SHEET WAS 2.89 ANGSTROMS AND THAT PERPENDICULAR TO THE SHEET WAS ABOUT 4.2 ANGSTROMS AS DESCRIBED IN THE SUPPLEMENTAL TEXT. PROTEIN MODEL HAS NOT BEEN OPTIMIZED AT THE RESOLUTION REPORTED IN REMARK 3 - SEE WWW.ORGANIC.EMORY.EDU/EPO R FREE REPORTED BY THE SOFTWARE ABOVE IS NOT RELEVANT. PHASES WERE DERIVED FROM A PREVIOUS MODEL OF ALPHA/BETA TUBULIN COMPLEXED WITH TAXOL (PDB ID 1JFF). "SHAKING", HIGH TEMPERATURE ANNEALING, AND MODEL AVERAGING WERE COMBINED TO PRODUCE AN OMIT MAP OF THE BOUND EPOTHILONE THAT MINIMIZED SYSTEMATIC BIAS. A NUMBER OF CONFORMATIONAL MODELS WERE FLEXIBLY FITTED INTO THE INITIAL MAP AND TESTED AGAINST THE DIFFRACTIONS BY DIFFERENCE MAP REFINEMENT AS DESCRIBED IN THE PRIMARY REFERENCE. REFINEMENT TO THE FINAL STRUCTURE WAS LIMITED WITHIN AN 8 A RADIUS OF THE LIGAND. ALTHOUGH THE REST OF THE PROTEIN SHOWS LITTLE DEVIATION FROM THAT SEEN IN 1JFF, CERTAIN RESIDUES DO NOT FULLY CONFORM TO RAMACHANDRAN CHARACTERISTICS AND SHOULD BE REGARDED WITH CAUTION. THE FINAL MAPS ASSOCIATED WITH THE PRESENT MODEL WERE DERIVED BY RIGID FITTING OF THE MODELED COMPLEX. AS SUCH, FREE R REPORTED BY THE SOFTWARE ABOVE IS NOT RELEVANT.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2705
ポリマ－96,8102
非ポリマー1,4603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.200, 93.500, 90.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 48869.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: see REMARK 400 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P02550, UniProt: Q2HJ86*PLUS
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 47940.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: see REMARK 400 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P02554, UniProt: Q6B856*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-EP / EPOTHILONE A / エポチロンA


分子量: 493.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H39NO6S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: tubulin 2D crystal / タイプ: COMPLEX
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
結晶溶媒含有率: 66.11 %

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 4000EX
詳細: A weak electron beam and long exposure time (40-60s) were used to minimize the vertical blooming streak in the diffraction pattern recorded with the CCD camera.
電子銃加速電圧: 400 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ温度: 100 K / 傾斜角・最大: 55 ° / 傾斜角・最小: 15 °
撮影電子線照射量: 100 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 詳細: 2K CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1CNS1.1モデルフィッティング
2QUANTAモデルフィッティングX-ligand module
3REFMAC5モデルフィッティング
4MRC３次元再構成image2000
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL
Target criteria: Analysis of comparitive difference densities
詳細: METHOD--annealing, rigid refining REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--THE MODEL WAS DERIVED USING HIGH RESOLUTION ELECTRON DIFFRACTIONS FROM TWO DIMENSIONAL CRYSTALS OF TUBULIN INDUCED ...詳細: METHOD--annealing, rigid refining REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--THE MODEL WAS DERIVED USING HIGH RESOLUTION ELECTRON DIFFRACTIONS FROM TWO DIMENSIONAL CRYSTALS OF TUBULIN INDUCED BY THE PRESENCE OF ZN++ IONS. WHAT FOLLOWS ARE THE COORDINATES FOR EPOLTHILONE-A BOUND TO AB-TUBULIN DIMER IN THE ZINC-INDUCED SHEETS. THE LIGAND MODEL WAS FIT INTO A DENSITY MAP FOR WHICH THE RESOLUTION IN THE PLANE OF THE SHEET WAS 2.89 ANGSTROMS AND THAT PERPENDICULAR TO THE SHEET WAS ABOUT 4.2 ANGSTROMS AS DESCRIBED IN THE SUPPLEMENTARY MATERIAL. PHASES WERE DERIVED FROM A PREVIOUS MODEL OF ALPHA/BETA TUBULIN COMPLEXED WITH TAXOL (1JFF). SHAKING, HIGH TEMPERATURE ANANEALING, AND MODEL WERE COMBINED TO PRODUCE AN OMIT MAP OF THE BOUND EPOTHILONE THAT SYSTEMATIC BIAS.A NUMBER OF CONFORMATIONAL MODELS WERE FLEXIBLY FITTED INITIAL MAP AND TESTED AGAINST THE DIFFRACTIONS BY DIFFERENCE MAP AS DESCRIBED IN THE PRIMARY REFERENCE. REFINEMENT TO THE FINAL STAGE WAS LIMITED WITHIN AN 8A RADIUS OF THE LIGAND. ALTHOUGH THE REMAINING PART OF THE PROTEIN SHOWS LITTLE DEVIATION FROM THAT SEEN IN 1JFF, CER NOT FULLY CONFORM WITH RAMACHANDRAN CHARACTERISTICS. AND SHOULD B THE FINAL MAPS ASSOCIATED WITH THE PRESENT MODEL WERE DERIVED BY COMPLEX. AS SUCH, FREE R REPORTED BY THE SOFTWARE BELOW IS NOT RE
原子モデル構築PDB-ID: 1JFF

1jff

精密化開始モデル: PDB ID 1JFF

1jff


解像度: 2.89→91.29 Å / SU ML: 0.846 / SU R Cruickshank DPI: 0.846 / SU Rfree: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.675 / ESU R Free: 0.651 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: SEE REMARK 400, COMPOUND
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32096 967 5 %RANDOM
Rwork0.33275 ---
all0.33214 18321 --
obs0.33214 18321 67.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.48 Å20 Å20.41 Å2
2---3.03 Å20 Å2
3---8.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 94 0 6672
LS精密化 シェル解像度: 2.89→3.046 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.469 66
Rwork0.519 1467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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