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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tmo | ||||||
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タイトル | TRIMETHYLAMINE N-OXIDE REDUCTASE FROM SHEWANELLA MASSILIA | ||||||
要素 | TRIMETHYLAMINE N-OXIDE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TMAO REDUCTASE / OXOTRANSFERASE / MOLYBDOENZYME / MO-COFACTOR / MOLYBDENUM / BIS (MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trimethylamine-N-oxide reductase / trimethylamine-N-oxide reductase (cytochrome c) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shewanella massilia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Czjzek, M. / Dos Santos, J.P. / Giordano, G. / Mejean, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of oxidized trimethylamine N-oxide reductase from Shewanella massilia at 2.5 A resolution. 著者: Czjzek, M. / Dos Santos, J.P. / Pommier, J. / Giordano, G. / Mejean, V. / Haser, R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Molecular Analysis of the Trimethylamine N-Oxide (Tmao) Reductase Respiratory System from a Shewanella Species 著者: Dos Santos, J.P. / Iobbi-Nivol, C. / Couillault, C. / Giordano, G. / Mejean, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tmo.cif.gz | 182.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tmo.ent.gz | 140.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tmo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tmo_validation.pdf.gz | 963.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tmo_full_validation.pdf.gz | 974.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tmo_validation.xml.gz | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tmo_validation.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/1tmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/1tmo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92476.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: MARINE BACTERIA, ISOLATED FROM THE FISH MULLUS SURMULETUS 由来: (天然) Shewanella massilia (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: O87948, EC: 1.6.6.9 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2MO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 |
検出器 | 日付: 1997年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 37497 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.14 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.61 Å / % possible obs: 81 % / Num. unique obs: 4403 / Rmerge(I) obs: 0.48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 詳細: TWO REFINEMENTS WERE DONE IN PARALLEL: ONE WITH TEST-SET AND ONE WITHOUT. THE FINAL, GLOBAL R-FACTOR GIVEN INCLUDES ALL REFLECTIONS AND NOT ONLY THOSE OF THE WORKING SET.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 3 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.225 |