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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tem | ||||||
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タイトル | 6 ALPHA HYDROXYMETHYL PENICILLOIC ACID ACYLATED ON THE TEM-1 BETA-LACTAMASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | TEM-1 BETA LACTAMASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TRANSPOSABLE ELEMENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Maveyraud, L. / Massova, I. / Samama, J.P. / Mobashery, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of 6Alpha-Hydroxymethylpenicillanate Complexed to the Tem-1 Beta-Lactamase from Escherichia Coli: Evidence on the Mechanism of Action of a Novel Inhibitor Designed by ...タイトル: Crystal Structure of 6Alpha-Hydroxymethylpenicillanate Complexed to the Tem-1 Beta-Lactamase from Escherichia Coli: Evidence on the Mechanism of Action of a Novel Inhibitor Designed by a Computer-Aided Process 著者: Maveyraud, L. / Massova, I. / Birck, C. / Miyashita, K. / Samama, J.P. / Mobashery, S. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995 タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of a Potent Mechanism-Based Inhibitor for the Tem Beta-Lactamase with Implications for the Enzyme Mechanism 著者: Miyashita, K. / Massova, I. / Taibi, P. / Mobashery, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tem.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tem.ent.gz | 50.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tem_validation.pdf.gz | 376.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tem_full_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tem_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tem_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/1tem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/1tem | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28984.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VARIANT V84I, A184V,ACYL-ENZYME COMPLEX / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ALP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE STRUCTURE DEPOSITED IS AN ACYL-ENZYME COMPLEX, BETWEEN 6ALPHA-HYDROXYMETHYL PENICILLOIC ACID ...THE STRUCTURE DEPOSITED IS AN ACYL-ENZYME COMPLEX, BETWEEN 6ALPHA-HYDROXYMET |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 6 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jelsch, C., (1992) J. Mol. Biol., 223, 377. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X31 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 17104 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. measured all: 42284 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2.02 Å / % possible obs: 94.8 % / Num. unique obs: 1524 / Num. measured obs: 3622 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 12.359 Å2 |